Подвергая человека этим упражнениям, Лойола намеревался обучить его управлять своей волей. Для этого ему необходимо уйти в уединенную келью, отречься от внешнего мира и провести месяц в тишине, прерываясь только на литургию и общение со своим наставником. Упражнения распределяются на четыре этапа — недели (название «неделя» — достаточно условное, в зависимости от успехов упражняющегося каждая неделя может быть сокращена или же увеличена). Первая неделя — очищающая (vita purgativa). В этот период человек вспоминает грехи, совершенные в истории мира и им самим, в его личной жизни, прилагая усилия к тому, чтобы «достичь первичного обращения»: выйти из состояния греха и обрести благодать. Вторая неделя — просвещающая (vita illuminativa), она посвящена молитвенным размышлениям о земной жизни Иисуса: от Его Рождества до конца Его служения людям. Вторая неделя рассматривается как подготовка к решению, ответу на призыв следовать за Христом, к определенному жизненному выбору. Третья неделя — соединение с Христом в Его крестном страдании и смерти. Таким образом, упражняющийся умирает со Христом, чтобы с Ним вместе воскреснуть. Четвертая неделя — Воскресение и Вознесение. Духовный плод всех недель заключается в высшем созерцании ради обретения любви (contemplatio ad amorem), которое дает возможность все возлюбить в Боге, а Бога — во всем.
Планировалось, что через месяц человек придет к сознательному решению начать вести новый образ жизни, подчиняясь учению и предписаниям церкви. Выводились и другие правила, в частности: подчинение высшему и полное самоотречение являются условием полного подчинения Господу. Душа должна повиноваться церкви, как невеста Христова, жертвуя своими собственными суждениями, исповедоваться, часто причащаться, отводить часы для молитвы. Устанавливались такие институты церкви, как монастыри, целибат духовенства, реликвии, посты, индульгенции, паломничество. Провозглашалась защита схоластической теологии, церковных традиций и декретов пап.
Книга заканчивается «Правилами раздумья вместе с церковью». В них проводится мысль о доминанте церковной службы, если человек готов поверить в то, что кажется ему белым, а на самом деле является черным, если церковь заявляет, что это так. Однако в противоположность общему мнению доказано, что в течение многих лет ученики Лойолы постоянно не занимались подобными упражнениями.
В 1523 году Лойола совершает паломничество в Иерусалим. В 1526 году он становится студентом Алькалы, готовящим себя к рукоположению. Его жесткость и небольшие группы набожных сторонников заставляют испанскую инквизицию с подозрением относиться к нему, и в течение некоторого времени Лойола находится под стражей.
Свою деятельность Лойола попытался продолжить в Саламанке и снова попал в тюрьму. Новую попытку он предпринял в Сорбонне, где его снова обвинила инквизиция. Тогда Лойола начал, наконец, учиться мудрости и осмотрительности при подборе учеников. В Париже к его братству присоединились первые шесть человек — его земляк Франциск Хавьер (Ксаверий), Лайнес, Фабер (Пьер ле Февр), Сальмерон, Бобадилья и Родригес.
В часовне на Монмартре 15 августа 1534 года небольшая группа вознамерилась идти в Палестину, чтобы начать обращение турок, что оказалось невозможным. Они хотели предложить папе, чтобы тот поручил им любой вид деятельности по его выбору, даже если таковой окажется миссия к туркам или другим, если это необходимо.
К 1538 году стало ясно, что в Палестину попасть невозможно, и, хотя мысленно Хавьер (Ксаверий) уже был в Индии, все же они предложили свои услуги папе. Им стало известно о вопиющих нуждах итальянских парий. Позже сторонники Лойолы получили известность как воспитатели детей, проводники уединенной жизни, как общественные проповедники, капелланы в госпиталях.
В Риме весной 1539 года они образовали орден Иисуса, целью которого было наставление детей и просвещение их заповедям Господа. Его члены выказывали особое послушание папе, отправляясь туда, куда он их посылал. Священники ордена, хотя и связанные часами молитвы, не выполняли вместе свои обязанности, поскольку не могли остановить свою благотворительную деятельность.
Их деятельность протекала не в благоприятное для установления новых порядков время. При папском дворе реформы начали спотыкаться во время правления папы Адриана VI (1522–1523), продолжая оставаться в том же состоянии, при Клименте VII (1523–1534) все стало даже хуже. Подобное положение сохранялось и в 1539 году при Павле III, ставшем папой и начавшем заметно влиять на общественное мнение в Риме. Во многих местах встречались революционно настроенные личности. Каноник Гудиччони, с которым папа советовался по поводу иезуитов, поверил, что все существующие мужские ордена, кроме четырех (возможно даже, одного), следует запретить. Наконец, буллой от 27 сентября 1540 года учредили общество Regimini militantis ecclesiae.