Палата общин, наделенная соответствующими исполнительными полномочиями, которые до этого принадлежали королю, придала супрематии короля парламентскую форму и управляла церковью точно так же, как она управляла государством. Палата общин назначала священников в приходы, создавала комитеты, чтобы распределять конфискованные доходы, контролировала плату за места в церкви.
Тогда же палата общин объявила, что шотландские пасторы могут иметь приходы в Англии. Учредила комитет, чтобы увольнять дискредитированных священников и помогать ограбленным священникам. Признав, что с духовенством надо консультироваться, палата общин собрала в Вестминстере ассамблею из 121 священника и тридцати членов парламента. Ассамблея собиралась в Иерусалимской комнате дома декана и заседала с 1643 по 1649 год.
Поверив, что некоторые из ее членов походят на членов национальной ассамблеи реформированной церкви, эти люди решили, что одна палата может советовать другой, как той следовало поступать. Ведущую роль в ассамблее играли пресвитерианцы и кальвинисты, они хотели установить в английской церкви дисциплинарную систему, состоящую из старейшин и пресвитерианцев. Как и правительства других кальвинистских стран, английский парламент не хотел уступать им свою власть в области дисциплины и исключений.
На Вестминстерской ассамблее присутствовали не только убежденные пресвитерианцы. Такие английские адвокаты, как Джон Селден, подозрительно относившийся к превосходству духовенства любого рода, и, следовательно, всем формам кальвинистской политики, намеревался сохранять светский контроль над церковью как гарантию разумной свободы мнений и морали.
В ассамблее оставалось десять или двенадцать индепендентов, которые много разговаривали и по любому поводу препятствовали законодательному установлению пресвитерианства, резонно опасаясь, что новые пресвитерианцы подавят индепендентов. Именно так следует прочитать известные строки Мильтона, столь враждебные по отношению к пресвитерианцам, — «новые пресвитерианцы являются не кем иным, как старыми священниками, и даже больше».
Военный союз с шотландцами, направленный против короля, Священная лига и Ковенант 1643 года, стремившийся лишь унифицировать церковную политику в Англии и Шотландии, заставили палату общин принять многие притязания пресвитерианцев, больше, чем хотелось бы членам парламента.
Предписание разделило Лондон на двенадцать «классов», запрещалось использование молитвенника, который следовало заменить «Руководством общественного поклонения», более мягким распоряжением о поклонении, исходящим от шотландцев и удаленным от женевской традиции.
В 1645 году парламент распорядился учредить пресвитерии и избрать старейшин. Однако парламент отказался передавать им право отлучения. Старейшины же могли отлучать только в том случае, если оскорбления действительно наносились. В случае других обид исключать могли только с санкции парламентской комиссии, находившейся в той же провинции. Вестминстерская ассамблея выступила против этой системы и смогла добиться некоторого смягчения, однако сохранялось право обращения старейшин в парламентский комитет.
В 1646 году теоретически система заработала. На самом же деле она действовала лишь в Лондоне и Ланкашире и еще нескольких местах. Все священники, имевшие приход, должны были подчиниться Ковенанту (общественному договору) и Директории.
Ассамблея, попытавшаяся видоизменить тридцать девять статей в интересах кальвинистов, предпочла выдвинуть новую формулу веры — Вестминстерское исповедание, вероучительная часть которого была ратифицирована парламентом. В нем содержалось метко оформленное и бескомпромиссное заявление кальвинистских богословов, вскоре ставшее классическим выражением английской и шотландской пресвитерианской доктрины.
Оно осталось формулой, которую кандидаты на шотландское священство должны были одобрять. Ассамблея также приготовила более длинный и короткий катехизисы. Короткий катехизис стал обычным катехизисом в Шотландии, позже распространился среди английских нонконформистов. Но для всех остальных районов Англии труды Вестминстерской ассамблеи остались пустым звуком.
Парламент никогда не управлял всей страной. Даже инструкции по поводу того, чтобы принять Ковенант, повсеместно нарушались. Ричард Бакстер, позже ставший лидером английских пресвитерианцев, помешал своим людям в Киддерминстере принять Ковенант, а затем убедил священников Вустершира не представлять его населению.
Когда, наконец, армия короля потерпела поражение в битве при Нэйзби (Нэзби) в 1645 году и в стране воцарился мир, армия, но не парламент управляла страной. (В битве при Нейзби 14 июня 1965 года парламентская армия под командованием Т. Фэрфакса (14 000, в т. ч. 6500 конницы) разбила войско Карла I (7000, в т. ч. 4000 конницы). —