Епископ попытался восстановить порядок, но в него полетели стулья и другие прдметы, когда же бунтарей выдворили, они продолжили свои действия вне церкви, угрожая епископу после службы. Шотландский совет сразу же и охотно приостановил действие книги. История стала известной, полагают, что именно продавец овощей по имени Дженни Джедд первой бросила свою книгу в епископа, впервые о ней говорится в 1670 году. Предполагаемое «орудие» сохранилось в Национальном музее Шотландии.
С трудом удерживаясь от решительных действий, Карл I с упрямством, достойным лучшего применения, осудил совет и настоял на продвижении книги. 28 февраля 1638 года в Эдинбурге представителями шотландской аристократии, дворянства, духовенства и городов был подписан Национальный ковенант — манифест оппозиции, осуждавший попытки реформирования пресвитерианской церкви и предусматривающий совместные действия шотландской нации для защиты религии. Ковенант также утвердил супрематию парламента в законодательной сфере, сохранив, однако, лояльность королю. Копии этого манифеста были разосланы в основные города и графства Шотландии, и по всей стране прошло массовое подписание клятвы верности Ковенанту. Шотландский народ сплотился вокруг Национального ковенанта на защиту своей веры.
На переговоры с ковенантерами король направил маркиза Гамильтона и предложил приостановить действие новых канонов и литургии. Однако это уже не могло удовлетворить шотландцев, требующих теперь полной ликвидации епископата. Провал миссии Гамильтона заставил Карла I расширить свои уступки: 10 сентября 1638 года было отменено действие «Пяти статей», всех новаций в богослужении и подтверждено «Негативное исповедание» шотландского короля Якова VI (он же позже английский король Яков I). Карл согласился также на созыв генеральной ассамблеи шотландской церкви в Глазго. На выборах ковенантеры одержали полную победу. В результате ассамблея, отменив все церковные реформы короля, приняла решение об упразднении епископата. Это означало разрыв с королем и начало войн между Карлом I и его шотландскими подданными, вошедших в историю под названием «Епископские войны».
Английская гражданская война не являлась религиозной, это была война за конституцию. Но на конфликт короля с парламентом за право управлять страной и взимать налоги наложилось противостояние между лаудианцами и пуританами. Все выглядело так, как будто все то, чего хотели пуритане, им могла дать англиканская церковь.
Согласно акту парламента 1641 года запрещались Звездная палата (чрезвычайный королевский суд) и Высшая комиссия. По другому акту 1642 года из палаты лордов изгнали епископов. Вместе с вспышкой гражданской войны в 1642 году члены-роялисты исчезли из Лондона, перейдя на сторону короля, и парламенту пришлось начать собственные реформы в Англии в той части страны, где войска могли принудить выполнять их закон. Объявленные указом епископы, деканы и капелланы упразднялись, их земли конфисковывались.
Страх перед католиками составлял часть английского патриотизма. Лауд и его партия, король и его королева-католичка вызывали осознанные и неосознанные опасения, что их поддерживает римский католицизм. В 1641 году ирландские католики восстали и умертвили тысячи протестантов, и тем не менее король говорил об использовании ирландских войск для подавления шотландских и английских повстанцев. Наконец оказалось, что секретарь короля вел переговоры с папой и просил денег и оружия.
Страх перед «варварскими» ирландскими захватчиками и боязнь Рима слились в одно чувство. И все подобные опасения, носившие рациональный или иррациональный характер, напоминали двуколку, потихоньку перемещавшую архиепископа Лауда, несгибаемого идеалиста, на плаху.
В начале декабря 1640 года палата общин приняла решение обвинить Лауда в предательстве. Однако, поместив его в Тауэр, они не знали, что делать дальше. В мае 1643 года распространился слух, что Лауда вышлют в Америку. Той же осенью решили предать его суду. Защитником на процессе выступил Уильям Принн, который заявлял, что потерял свои уши под руководством Лауда, но не верил, что членам суда удастся сохранить беспристрастность.
Лауда обвинили в попытке отмены прав парламента, незаконном взимании пошлин с кораблей, попытках сбросить реформистскую религию Англии и восстановить в Англии католичество. Свидетельствами стали нелепые куски распятий, алтарных перил, письма к католическим священникам и преследуемым пуританам. Как и следовало ожидать, улики не доказывали наличие измены.
В соответствии с парламентским законом о наказании виновного в государственной измене без судебного разбирательства Лауд предстал перед парламентом. Крики лондонской толпы сломали сопротивление пэров, и парламент казнил Лауда, сделав первый шаг к тому, что в течение многих лет англичане продолжали связывать пуританство с несправедливостью и беззаконием.