Роберт Бейл, один из шотландских посланцев на Вестминстерскую ассамблею, признавался, что присутствие шотландской армии стало главной поддержкой для учреждения пресвитерианства в Англии. Ведь английская армия скорее оставалась независимой, чем пресвитерианской.
Оливер Кромвель и многие из его военачальников верили в свободу вероисповедания. Офицеры, находясь среди солдат, часто проводили молитвы или произносили проповеди. Они хотели свободы вероисповедания и для себя, и для тех многочисленных небольших независимых или баптистских конгрегаций, которые появились в стране благодаря отсутствию репрессий во время войны.
Некоторые из них принимали точку зрения республиканцев, в то время как большинство в парламенте связывало свои устремления с конституционной монархией. Некоторые придерживались демократии Левеллера. Парламент стал игрушкой в их руках и не смог им заплатить, прежде чем они рассеялись. Так армия начала управлять страной.
Смерть короля оказалась необходимой для республиканской партии. Существовала фанатичная партия среди солдат (хотя те и были инструментами в руках Господа), настаивавшая на обезглавливании короля, хотя и английские, и шотландские пресвитерианцы считали казнь безнравственной. Однако своим сопротивлением пресвитерианцы не снискали себе уважения в глазах последующих поколений.
Бесспорно, смерть короля не принесла пользы никакой из духовных партий, только старому священству. Уничтожение короля и его последствия подтвердили, наконец, наличие двух старых религиозных направлений в протестантской Англии (пуританского и епископального), именно второму и было суждено захватить лидерство в англиканской церкви.
Сам король верил в епископальную традицию, теологов, равно как и в политику. Он мог, как и любой из его епископов, рассуждать над текстами Священного Писания и шотландских богословов. Смерть Карла I не только вызвала сочувственное отношение к нему в Европе, но в глазах некоторых сделала его мучеником, пострадавшим за епископальную политику и молитвенник.
Вскоре после его смерти появилась Eikon Basilike, книга-описание последних часов короля вместе с рассказом о том, что якобы являлось его частными привязанностями. Несмотря на попытки изъятия, в течение 1649 года появилось пятьдесят изданий. На фронтисписе изображен король, преклоняющийся перед столом, на котором лежит Библия, его королевская корона лежит на полу.
В правой руке Карл I держит терновый венец, его глаза подняты к короне славы, расположенной сверху. Написанная умеренным церковником Джоном Гауденом, эта книга помогла превратить Карла I, казненного короля, в мученика, павшего от рук фанатиков.
Конец гражданской войны в Англии создал религиозную ситуацию, уникальную в христианской истории: стало существовать большое государство при военном правителе, который сам предпочитал независимость и изо всех сил стремился, чтобы основную религиозную силу государства составляли небольшие, но увеличивающиеся группы. Для этого Кромвель использовал одного из своих секретарей, крупного индепендентского публициста Джона Мильтона.
Трудно было создать религиозное устройство одним из ретивых людей, отрицавших, что магистрат способен на законном основании вмешиваться в религию, и большинство страны продолжало склоняться к тому, чтобы оставаться умеренными англиканцами или пресвитерианцами.
Даже во времена Кромвеля индепенденты оставались в меньшинстве, на окраине государственной религии. Однако именно индепенденты могли обеспечить действительную терпимость в большом государстве. Папистов исключили за их неверность Англии, высших англиканцев выставили за неверность режиму, им запретили использовать молитвенник. Тем не менее режим оставался действительно терпимым.
В 1650 году был повторен закон, принуждавший к посещению приходских церквей. Англичанам также предписывалось осуществлять совместное поклонение Богу в воскресенье, однако, поскольку подобное требование оказалось неосуществимым, воззвание оказалось значимым для религиозной свободы Кромвеля.
Хотя он предпочитал добродетельный пуританизм, его правление оказалось достаточно либеральным, чтобы позволить распространение мистических и критических, небанальных и рациональных, восторженных и экзальтированных идей, позволявших религиозной мысли Англии сбросить с себя оковы, в которые хотели ее заключить Лауд или Вестминстерское аббатство.
Контроль над новым и более широким устройством церкви парламент предоставил Комитету, который только и наделялся полномочиями определять готовность кандидатов на пасторское служение. Комитет 1654 года назначил тридцать восемь человек, они объединились с пресвитерианцами и независимыми, а также несколькими баптистами.