Независимый, Джон Оуэн, самый великий из конгрегационалистских теологов, стал деканом Крайст-Черча и вице-канцлером Оксфордского университета, другие, соответственно, главами колледжа Святой Магдалины, Университетского колледжа и Иезуитского колледжа в Оксфорде, Пембрук-Холл в Кембридже и Тринити-колледжа в Дублине. Их администрации редко оказывались полезными образованию.
Помещения в Уайт-Холл, в которых ранее находился архиепископ Лауд, с 1650 года занимал неистовый индепендент Хуго Питер, капеллан Государственного совета. В 1653 году «Бэрбонский парламент», названный так по имени одного из активных членов парламента Бэрбона по прозвищу «кожа да кости» (существовал с июля по декабрь 1653 года), попытался проверить, можно ли управлять страной только в соответствии с библейскими принципами. И конгрегации независимых пришлось принять соответствующее участие, назвав членов этой бесполезной ассамблеи.
Конгрегация индепендентов собиралась в одной из самых больших церквей страны, Вестминстерском аббатстве в Кентербери и в других соборах. Небольшая группа сторонников пятой монархии встречалась в углу собора Святого Павла.
Собор в Экстере разделили кирпичной стеной, пресвитерианская конгрегация расположилась с одной стороны, конгрегация индепендентов с другой. В Честере, Дувре и Бристоле конгрегационная церковь собиралась в замке — бесспорно, потому, что пользовалась поддержкой среди солдат гарнизона.
В 1660 году примерно 130 индепендентских священников заняли приходы в «учрежденной» Кромвелем церкви. Некоторые из них к тому же были избраны конгрегациями, однако это была маска, прикрывавшая расширение движения. Все же многие приняли назначение из рук своего покровителя. И все же оставалось несколько конгрегационных церквей, например в Сент-Эдмондсбери, которая предпочитала оставаться снаружи, даже если учреждение было разработано, чтобы удовлетворить конгрегационалистов. Государство и доходы «учрежденного» духовенства во многом складывались из правительственных грантов со старых земель епископов и каноников.
Все прекратилось во время реставрации короля Карла II. Однако события гражданской войны, республики и протектората убедили, что в Англии, как и в Новой Англии, конгрегационалисты и баптисты стали постоянными составляющими религиозной жизни. Вернуться назад, ко времени ликвидации архиепископа Лауда, было уже невозможно.
Религиозное смятение английских гражданских войн представляло уникальную возможность для небольших групп всякого рода, как традиционных, так и других. Богохульные эксцентрики или странные фанатики, которые со временем приспособились к терпимости, не требуют пояснений. Они показались современникам настолько шокирующими, что пресвитерианские деятели просто перечислили их и их «доктрины» как еретиков. Они писали, что таких ересиархов христианский мир не видел со времен святого Епифания, то есть с конца IV века.
Вспышки апокалиптических настроений вновь вызвали появление несогласных. Встречались приверженцы Пятой монархии, намеревавшиеся устроить монархию, обещанную в Книге пророка Даниила (2; 44), и говорившие, что Христос станет править миром тысячу лет.
Отметим и маглтонцев, сторонников эксцентричного лондонского портного Маглтона, заявлявшего, что он и его кузен оказались двумя свидетелями событий, описанных в 11-й главе Откровения. Они отвергали молитвы, учили, что следует слушать только проповедников с коротко стриженными волосами, а те, кто пытается рассуждать, находятся под влиянием дьявола.
Дородный констебль Ричард Сейл ходил по улицам Дерби босиком, одетый во власяницу и посыпав голову пеплом, с приятно пахнущими цветами в правой руке и воняющими водорослями в левой.
В ноябре 1652 года портной из Фарна по имени Джеймс Мильнер после четырнадцатидневного поста стал проповедовать, что вторник 2 декабря станет первым днем нового творения, когда четырехконечная простыня с ангцем спустится с небес.
Важно помнить, что в то время, когда происходили эти события, новое поколение было охвачено страхом перед будущим, опасаясь, как оно проявит себя. Многие вспышки набожности умерли вместе с их прародителями. Некоторым была суждена длительная история, например небольшая группа последователей Маглтона существовала во времена королевы Виктории (р. 1819, правила в 1837–1901).
В связи с крайней радикальностью тех идей, что по-прежнему были известны как анабаптистские, благочестие являлось резкой реакцией против всех внешних форм. Реформация являлась протестом против институционализации, замены внешних форм внутренней реальностью, спасения с помощью покупки индульгенций вместо истинного раскаяния.
Многие индепенденты отвергали использование установленных образцов литургии, считая, что верующие должны быть «свободны». Во время гражданской войны сохранялись группы «ищущих», ожидавших прямого откровения Духа и испытывавших отвращение от всех внешних форм, даже от причастия и чтения Библии.