В Папской крипте похоронено девять понтификов и восемь других высших иерархов Римской церкви; при этом на стенах крипты сохранились подлинные надписи, которые сделали по-гречески папы Понциан (230–235 гг.), Антер (235–236 гг.), Фабиан (236–250 гг.), Люций I (253 г.) и Евтихиан (274–283 гг.). В полу крипты погребен папа Сикст II (257–258 гг.). В соседней крипте находится могила св. Цецилии, нетленные мощи которой были обнаружены в 821 г. На стенах крипты сохранились фрески IX в., изображающие молящуюся Цецилию, Спасителя и папу Урбана I. Чуть дальше, в галерее конца II в., сохранились фрески первой половины III в., изображающие крещение, причащение, воскресение из мертвых.
В другом районе, святых Гая и Евсевия, сохранились несколько крипт с могилами понтификов и римской эпиграфикой. В частности, в двойной кубикуле Севера (не позже 304 г.) хранится ритмизованная надпись, в которой римский епископ Марцеллин (296–304 гг.) в первый раз назван папой. В несколько более отдаленном районе папы Корнелия (251–253 гг.) прекрасно сохранились византийские фрески VII–VIII вв. В одной из кубикул этого района сохранились фрески конца II – начала III в., одни из самых старых в римских катакомбах: на потолке представлено изображение Доброго пастыря, а на полу – двух рыб с хлебной корзиной на спине, то есть символов таинства причащения.
Еще одни катакомбы названы в память св. Себастьяна. Он принял христианство, но хранил это в тайне. Во время гонений Диоклетиана Себастьян вступил в армию, чтобы быть полезным при случае братьям-христианам и обращать в веру Христа язычников. Он быстро дослужился до командного поста в преторианской гвардии.
Когда открылась принадлежность Себастьяна к христианству, его подвергли жесточайшим мукам, от которых он умер. Христианке Люцине во сне открылось место, где было захоронено тело великомученика. Она перенесла тело Себастьяна в катакомбы. Уже в Новое время здесь появился бюст святого, авторство которого приписывают Л. Бернини. В V в. на могиле Себастьяна создана крипта, как назывались тогда капеллы (часовни), в которых хоронили святых. Позднее на дневной поверхности появился храм, освященный в память св. Себастьяна. Однако в III в. катакомбы назывались Апостольскими, потому что там долгое время хранились мощи святых апостолов Петра и Павла.
Кроме св. Себастьяна, в катакомбах хранятся мощи святых Квирина, епископа Паннонии, и Евтихия. Мощи св. Себастьяна в IX в. были перенесены в пределы городских стен, а в настоящее время снова заняли место в кладбищенской базилике Сан-Себастьяно фуори ле Мура. До создания кладбища на его месте находилась большая яма (или карьер), где римляне добывали строительный камень пуццолан (спрессовавшиеся рыхлые продукты вулканических извержений: туфолавы, вулканический пепел, пемза и пр.). Разработки камня прекратились только в конце II в.
Образовавшейся большущей ямище и обязано появлением само слово «катакомбы»; оно возникло от слияния греческих слов «ката» и «кюмбе», что буквально означает «в чаше». Со временем в катакомбах Сан-Себастьяно сложились четыре яруса галерей; первый из них в настоящее время почти полностью разрушен.
В 1933 г. на остатках древней постройки реконструирована античная базилика. В центральной части катакомб наиболее интересна так называемая «пьяццола», вокруг которой раскопаны три мавзолея античного времени, частично покрытые изображениями христианских символов (рыбы, якоря). На более высоком уровне в середине III в. появились еще три монумента: «триклия», вместительный зал для похоронных банкетов, стены которого испещрены надписями с призывам к Петру и Павлу; покрытое мрамором сооружение, за которым археологи признают место хранения мощей обоих апостолов; крытое помещение с колодцем посредине. На некоторых участках катакомб сохранились фрески: например, в кубикуле Ионы (IV в.) или в капелле Гонория III (XIII в.).
Катакомбы Присциллы на Виа Салариа известны своими фресками. Галереи и залы высекали из туфа во II – начале V в. Катакомбы получили название либо в честь основательницы подземного кладбища, либо в честь женщины, предоставившей для этой цели свои земельные владения. Общая длина подземных галерей составляет около 13 км. Глубина трехуровневых захоронений достигает 35 м. Всего в катакомбах погребено около 40 тыс. христиан. Наиболее массовые захоронения происходили во времена гонений на христиан в III–IV вв. Здесь нашли последний приют останки многих и многих мучеников. Именно из-за великого множества захоронений эти катакомбы в древности называли «Царицей катакомб».