В конце концов, Иоанн Кантакузин в холодную ночь со 2 на 3 февраля 1347 г. сумел проникнуть в Город через подкоп под Золотыми воротами, который проделали его сторонники изнутри, и с немногочисленным войском из латинов-италийцев укрепился в находившейся при воротах крепости-цитадели. Ему удалось заключить мир со своим юным соперником, «законным» василевсом, 14-летним Иоанном V Палеологом, которого он тут же обвенчал со своей младшей дочерью Еленой. В обретенной им столице Ромейского царства свирепствовали голод и нищета. Даже «храм храмов» Империи — прославленная Св. София не действовала и стояла с обвалившейся стеной.
Действуя весьма осмотрительно, победитель удержал свои войска от грабежей, объявил о свержении регентства, об амнистии всем своим противникам и весной был еще раз, но уже вполне официально коронован Константинопольским патриархом в храме Богоматери Влахернской. Решение о его отлучении от Церкви было отменено. Согласно достигнутому компромиссному соглашению, Иоанну VI Кантакузину в течение десяти лет должна была принадлежать вся полнота власти в Ромейской державе. Затем его зять, младший Иоанн становился соправителем с равным статусом василевса и автократора. Символично, что все это произошло как раз в страшный канун накатывавшегося на Ближний Восток, Византию и остальную Европу чудовищной пандемии бубонной чумы, занесенной зараженными блохами и крысами, — той самой «черной смерти», колоссальные потери которой за пять лет изменят мир и заставят его начать жить по новому.
В разгар этого бедствия, в 1349 г. пришла очередь и отрезанной от Ромейского царства Фессалоникской «республики»: окруженные кольцом осады, зилоты недолго смогли сопротивляться. Без союзников, разобщенное внутри и изолированное от внешнего мира извне, городское движение оказалось обречено на неудачу. Иоанн VI в очередной раз призвал к себе на помощь сербов и турок, которые довершили дело. «Республика» героически отстаивала независимость, даже начала вести переговоры о союзе с достигшим пика своего могущества сербским царем Стефаном Душаном, пытаясь заинтересовать его, но силы были явно неравны. После того, как предводитель зилотов Андрей Палеолог бежал к сербам, тайный кантакузинист, архонт Алексей Метохит, сдал город подошедшим правительственным войскам обоих василевсов, предварительно натравив бедноту на городских моряков, главную опору зилотов. Митрополитом Фессалоники был поставлен Григорий Палама — духовный лидер исихастов, которые закрепили свою победу с приходом Кантакузина на константинопольский престол. Последний оплот антифеодальной борьбы пал. А с ним развеялись и слабые надежды на иной путь развития, чтобы спасти исчезающую, агонизирующую Империю ромеев от засилья динатов и иноземцев.