Многие крестьяне оказывались должниками своих господ, и некоторые исследователи утверждают, что закрепощение было по преимуществу экономическим процессом, следствием неизбежного роста задолженности. Конечно, долги сыграли свою роль. Закладничество – выдача краткосрочных займов – широко распространилось в последние десятилетия XVI и начале XVII века; государство старалось бороться с этим явлением, запрещая дворянам и горожанам становиться закладчиками (заемщиками), так как первым это мешало нести воинскую службу, а вторым – уплачивать налоги. Были разновидности долговых обязательств, которые вели к фактическому порабощению – человек становился холопом. Заемщик попадал в кабалу на тот или иной срок и был вынужден отрабатывать долг личной службой. Согласно указам 1586 и 1597 годов, такое кабальное холопство прекращалось лишь со смертью заимодавца, что ухудшало положение должников, но зато стабильно обеспечивало дворян рабочей силой. Существовали и другие виды холопов, всего же, по оценкам историков, к этой категории принадлежало до 10 % населения Московского государства. Военнопленные также становились холопами, но в основном это были русские, отдававшие себя в кабалу из-за бедности. Ричард Хелли считает холопство в Московском государстве своеобразной системой социальной поддержки. Холопы использовались в качестве домашней прислуги, работали в поле, отправлялись вместе со своим господином на войну (даточные люди). Часто они жили бок о бок с крепостными, в деревне или усадьбе землевладельца, официально являлись собственностью своего владельца и не несли тягла, но при этом не смешивались с остальным населением. После введения подушной подати (1723) холопство было упразднено, а все холопы превращены в податных крепостных крестьян.
На упадок крестьянской экономики государство отреагировало ограничением мобильности крестьян, с 1580-х годов объявляя «заповедные лета» (года, в которые не мог совершаться переход к другому владельцу; ограничение мыслилось как временное) и устраивая с конца XVI столетия земельные переписи для регистрации городских и сельских тяглецов. «Заповедные лета» объявлялись регулярно, а с 1603 года стали фактически постоянными. Данные писцовых книг, начиная с 1592 года, послужили основой для указа 1597 года, согласно которому землевладелец мог разыскивать любых беглых крестьян, приписанных к его владениям в течение последних пяти лет. С 1590-х по 1640-е годы дворяне регулярно подавали коллективные челобитные, жалуясь на бегство крестьян и нечестное поведение крупных землевладельцев, приманивавших беглецов; в ответ на это государство продлило срок розыска до девяти лет, а в 1642 году – до 15. Согласно Уложению 1649 года, розыск стал бессрочным, что положило конец законным переходам крестьян.
Уложение не только прикрепляло крепостных к земле, но и привязывало горожан и крестьян, не принадлежавших к крепостным, к общинам, в которых они состояли. По иронии судьбы, дворянство получило привязанную к земле рабочую силу именно в то время, когда в военном отношении его стали оттеснять на второй план полки «нового строя», пешие и конные. Это решение было по своей сути политическим, а не экономическим, обеспечивая лояльность старой элиты и создавая – фактически – систему управления, охватившую самые густонаселенные области страны.
Для полноценной эксплуатации тяглового населения была изменена система налогообложения. Помимо новых налогов, которые шли на конкретные цели (для покрытия расходов на полки «нового строя» и укреплений, для выкупа пленников), вводились особые сборы (для финансирования военных реформ и войн) и государственные монополии (важнейшая из которых касалась продажи спиртного). До середины XVII века налоги взимались в зависимости от количества и качества земли, обрабатывавшейся членами одного домовладения, что обеспечивало некоторую гибкость при оценке размера выплаты для семьи. В 1647 году особые сборы стали взиматься подворно, а в 1679 году эту систему распространили и на прямые налоги, в связи с чем были составлены новые писцовые книги. В 1718 году произошел переход к более выгодному для государства подушному налогообложению, следствием чего стала перепись населения 1724 года (первая «ревизия»). Таким образом, после 1649 года крестьяне и горожане восточнославянского происхождения были прикреплены к владениям своих хозяев, царской фамилии либо государства.