Не следует, однако, сбрасывать со счетов и русское присутствие. В Левобережной Украине было расквартировано от 50 до 75 русских полков, поглощавших значительное количество местных ресурсов. Тысячи казаков посылались на театры военных действий. В 1755 году министр Петр Шувалов осуществил ряд камералистских реформ, включая упразднение внутренних тарифов и таможен во всей империи – в частности, на границе России и Гетманщины. Это снизило доходы последней, тогда как русские купцы оказались в выигрыше. Книгоиздание на украинском языке не запретили, но поставили под контроль. В наибольшей степени русское влияние испытала православная церковь, не желавшая, чтобы западные нововведения влияли на украинскую религиозную живопись, архитектуру, другие виды искусства.
В 1760-е годы энергичный гетман Кирилл Разумовский приступил к масштабной реформе судебной системы, стремясь приблизить ее к той, что существовала в Речи Посполитой – в частности, упорядочить иерархию судебных округов, упростить процедуры в соответствии с Литовским статутом, четче разграничить полномочия гражданских и уголовных судов. И гетман, и казацкая старшина были воодушевлены перспективой реформ армии и системы образования. Однако взошедшая на престол Екатерина II совершенно по-другому смотрела на империю и на данный регион. В ходе двух последовательных реформ она упразднила автономию Гетманщины: это был не акт возмездия за оппозиционные действия, а попытка упорядочить устройство империи в камералистском духе. В 1764 году была упразднена должность гетмана: его обязанности стала исполнять Малороссийская коллегия во главе с генерал-губернатором Петром Румянцевым. В следующее десятилетие, несмотря на то что России приходилось подавлять восстания в Правобережье и вести войну с Турцией (1768–1774), Румянцев все теснее привязывал Гетманщину к империи и все больше уподоблял казаков регулярным войскам. Он ввел единый для всех рублевый оклад, шедший на содержание русских войск, улучшил сбор налогов и установил бюджетные процедуры, завязанные на общеимперское казначейство, создал особые гвардейские подразделения и реформировал военную организацию казаков по русскому образцу.
Вторая стадия упразднения украинской автономии совпала с административными реформами Екатерины II; дополнительным толчком послужили волнения в приграничье в связи с ликвидацией Запорожской Сечи, о которых говорилось выше. Реформы были нацелены на усиление контроля со стороны властей: число губерний удвоилось, местных учреждений стало больше. В Гетманщине к реформе приступили в 1779 году, опираясь на результаты инициированной Румянцевым описи края (закончена в 1781 году). Вместо десяти полков создавались три территориальные единицы, названные не губерниями, как в России, а наместничествами (Киевское, Черниговское, Новгород-Северское); они делились на уезды, границы которых в большинстве случаев совпадали с границами старых единиц – повитов. Однако в них создавались финансовые, административные и судебные органы, предусмотренные реформой. Давняя украинская традиция выбирать должностных лиц посредством местных собраний была пресечена – отныне они назначались из центра или выбирались внутри какой-либо одной социальной группы.
Россия продолжала добиваться единообразия в военной и церковной сферах. В 1783 году казачьи полки были упразднены, рядовые казаки влились в регулярную армию. После начала войн с Турцией (1787) и Швецией (1788) в Гетманщине впервые была введена рекрутская повинность для всего податного населения – крестьян, горожан, рядовых казаков (1789). Принцип, согласно которому местные жители служили только в пределах Украины, пересмотрели – теперь их могли посылать в любую область империи. В 1786 году подверглись секуляризации обширные владения церкви – мера, принятая в России еще в 1764 году. Сорок два монастыря примерно с тысячью насельников были закрыты – осталось всего 19 с четырьмя сотнями монахов и монахинь. Церковные крестьяне стали государственными, взимаемый с них оброк отныне пополнял имперскую казну. Границы епархий были скорректированы в соответствии с новым административным делением. В результате всех этих реформ духовенство сделалось замкнутым сословием, как в России: в него могли вливаться только представители неподатного населения. Семинарское образование стало доступным только для сыновей священников, число приходских служителей алтаря жестко контролировалось. Получая образование в русских семинариях, украинское священство становилось не только более сплоченным, но и более подверженным русскому влиянию.