Сам ход восстания изучен достаточно хорошо. Известно, что переговоры о начале восстания велись втайне, поэтому ускользнули от внимания не только широкой массы местного населения, но и самых опытных агентов полиции[922]. Восстание было не «цельным» событием, а представляло собой серию масштабных, но разрозненных бунтов. Оно началось в Ходженте 4 июля 1916 г., а 10 июля перекинулось на Семиреченскую область[923]. Восстание в «оседлых» регионах было слабее, чем у кочевых казахов и киргизов Туркестана и Степного края[924]. У восставших кочевников сначала не было вождей, и они выдвинулись потом, уже в ходе восстания. Такими вождями стали видные «родовые авторитеты», провозглашенные ханами[925].
До кровопролития доходило далеко не везде, т.к. кочевники при виде регулярных войск обычно разбегались[926]. В Семиреченской области восставшие пытались взять Пржевальск и Токмак, но им это не удалось, и они ушли в горы, а затем – в Китай[927], попутно разграбив русские селения[928].
Противодействие восстанию вначале шло с трудом, т.к. «европейское» население Туркестана фактически охранять было некому. Позднее были созданы отряды самообороны, в которые вошли пожилые и нестроевые казаки. С августа 1916 г. началось подавление восстания под руководством нового генерал-губернатора А.Н. Куропаткина, которое историки оценивают как жесткое, но не жестокое[929]. Восстание в Семиречье и Степном крае, в основном, было разгромлено к октябрю 1916 г.
Восстание туркмен-иомудов в Закаспийской области приняло трансграничный характер и продолжалось до конца января 1917 г.[930] После вооруженного столкновения с полицейскими силами в Красноводском уезде в августе 1916 г. многочисленные иомуды перешли в Персию. Там они атаковали русские села, которые возникли к тому времени в Горганской степи, и столкнулись с русскими отрядами, которые тоже перешли границу[931].
Интересным фактом является участие в Среднеазиатском восстании одного из вождей туркмен-иомудов Джунаид-хана, который впоследствии, в 1920-е – 1930-е гг., был одним из лидеров басмачей. Джунаид мечтал о самостоятельном туркменском ханстве, во главе которого видел себя. Он примкнул к восстанию, однако со своим отрядом в основном занимался грабежами и убийствами мирного населения городов и сел Хивинского ханства, чем вызвал ненависть и презрение местных жителей. После неудачи с захватом власти в Хивинском ханстве в феврале 1917 г. он скрылся в Каракумах, а затем ушел в Персию и Афганистан. Джунаид всерьез опасался других повстанцев, угрожавших ему расправой за предательское поведение во время восстания[932].
Тяжелыми последствиями восстания прежде всего была гибель людей. Были убиты 2325 чел., пропали без вести 1384 чел. из числа «европейского» населения (в основном, женщины). Западные исследователи считают, что погибли до 100 тыс. казахов и киргизов[933]. За активное участие в восстании были приговорены к смертной казни 347 чел.[934].
Восстание вызвало волну беженцев. К середине октября 1916 г. из киргизских земель в Китай ушли до 25 волостей, в каждой до 3 тыс. мужчин[935]. Всего в Китай эмигрировали от 266 до 300 тыс. казахов и киргизов (по мнению Н.Н. Аблажей, казахов из них было не менее 100 тыс. чел.)[936]. Рано наступили холода, и скот беженцев из-за отсутствия подножного корма почти весь погиб, и они пришли в Китай нищими[937]. Там беженцы, чтобы выжить, распродали оставшийся скот и даже детей. Многие из них вернулись на родину в 1917 г., однако после возвращения их судьба была незавидной[938].
Восстание сильно ударило по экономике «кочевых» регионов и прилегающих к ним оседлых районов. У русских переселенцев погиб почти весь скот и урожай[939]. Были разорены почти 10 тыс. хозяйств, из них 2315 сожжены[940].
Русское и другое «европейское» население было озлоблено на повстанцев[941]. Хотя до того российские власти далеко не всегда поддерживали переселенцев, после восстания администрация стала на путь содействия русскому населению. Были выдвинуты предложения о конфискации земель участников восстания площадью до 2,5 млн дес. на побережье Иссык-Куля и в долинах рек Чу и Текес. Было предложено создать там русские поселения, а участвовавшие в восстании волости расселить в другие местности, в том числе в пески Прибалхашья и горный Нарынский регион[942].
Что касается итогов отправки на тыловые работы, которая стала триггером восстания, то после восстания из Туркестана были мобилизованы около 123 тыс. чел.[943]. Мобилизованные, зачисленные в рабочие дружины, попали в непривычные для них климатические условия запада России, находились в тяжелых условиях. Это привело к их высокой заболеваемости и смертности[944]. В начале 1917 г. мобилизованные стали возвращаться[945].