Вопреки статье 12 Федерального кодекса «О федеральном бюджете на 1995 год», были выставлены Госимуществом России на торги и залоговые аукционы пакеты акций нефтяных кампаний «Юкос», «Лукойл», «Санданко», «Сургутнефтегаз» и др.
Органы государственной власти субъектов РФ принимали решения, в ряде случаев противоречащие решениям, федеральных органов. Указом Президиума ВС Башкирии от 4 ноября 1992 года № 6/494 было приостановлено действие Указа Президента РФ от 17 ноября 1992 года № 1403 «Об особенностях приватизации и преобразования в акционерные общества государственных предприятий, производственных и научно-производственных объединений нефтяной, нефтеперерабатывающей промышленности и нефтепродуктообеспечения» по закреплению в федеральной собственности 38 % акций 28 акционерных обществ, расположенных на территории Республики Башкортостан.
В результате отсутствия порядка перечисления денежных средств от приватизации государственного имущества в 1996 году в федеральный бюджет было перечислено лишь 55 % от общей суммы. В 1997 году помимо федерального бюджета было кем-то получено от приватизации 4941 миллиард рублей (в ценах 1997 г.).
В результате приватизации было резко снижено производство. Например, приватизация Усть-Илимского лесопромышленного комплекса без учета того, что он является составной частью единого технологического комплекса по заготовке и обработке древесины, явилась причиной снижения производства продукции на 40–45 %.
He контролировался в стране процесс скупки иностранными лицами через подставных лиц пакетов акций стратегически и экономически значимых для России предприятий и на вторичном фондовом рынке. Так, малоизвестная американская компания Nick and Sid Corporation через подставную фирму «Столица» приобрела пакет акций 19 авиационных предприятий оборонно-промышленного комплекса.
Глюкозно-паточный комбинат «Ефремовский» был куплен фирмой АОЗТ «Декарт», являющийся дочерней компанией американской фирмы «Каргилл»; 35 % акций ПО «Новомосковскбытхим», выпускающего до 80 % синтетических моющих средств в России, были приобретены компанией «Проктор энд Гембл Истерн Юрон», являющейся основным конкурентом российского производства на внутреннем рынке. На приватизации этого объекта Россия потеряла от 77,4 до 115 млн долларов США.
В результате ослабления влияния государства на деятельность РАО «ЕЭС России» за 1995–1997 годы контрольный пакет акций, принадлежащий государству, уменьшился с 64,4 % до 52,5 %. По состоянию на 30 апреля 1999 года иностранные инвесторы уже владели 34,45 % акций РАО «ЕЭС России».
Отсутствие государственного контроля за проведением приватизационных конкурсов приводило к занижению цены продаваемых активов, и, в конечном итоге, к материальному ущербу. В 1991 году для продажи было оценено имущество «Ингосстрах» без учета действительной стоимости, в результате чего государству был нанесен ущерб в размере 6 млрд рублей (в ценах 1991 г.). По итогам деятельности выборочных проверок Счетной комиссией было установлено, что упущенная выгода для федерального бюджета составила 115 млрд рублей.
При определении продажной цены пакета акций ОАО «Тюменская нефтяная компания» не была учтена стоимость извлекаемых запасов нефти и газа, находящихся на балансе организации, в результате цена продажи пакета акций была занижена минимум на 920 млн долларов США. Примеров упущенной выгоды при приватизации было множество.
Залоговые аукционы приносили только вред государству. Сделка кредитования Российской Федерации под залог акций государственных предприятий по существу сводились к тому, что банки фактически «кредитовали» государство государственными деньгами.
Нарушения, связанные с занижением стоимости продаваемых активов и неэффективностью продаж, были в массовом порядке выявлены и на региональном уровне.
В ходе приватизации получили широкое распространение такие виды преступлений, как подделка ценных бумаг, мошеннические операции с ваучерами, организация финансовых пирамид, недобросовестные рекламные организации и т. д. Сформировались условия по отмыванию теневых капиталов, по передаче значительной части государственных капиталов в собственность криминальных и полукриминальных структур, расцвела коррумпированность государственного аппарата.
Широкое распространение получили случаи учреждения руководителями предприятий дочерних структур с внесением основных фондов, объектов недвижимости и т. д. в качестве доли в уставный капитал вновь образованных хозяйственных субъектов. В результате рядовые работники фактически становились собственниками заведомо убыточных пред приятий, что привело в конечном итоге к существенному уменьшению доли государства на предприятиях, имеющих федеральные пакеты акций, а как следствие контроля за его работой.