Другим сдерживающим фактором, который, возможно, был менее важен, но который определенно проще было бы изменить и потому привлекал в то время больше внимания, являлась ограничительная политика бухарских властей и русская позиция невмешательства в отношении русских торговцев. В 1875 году русские торговцы в Бухаре жаловались, что местные власти облагают русские товары не только 2 %-ным закятом, разрешенным договором 1873 года, но еще и другими незаконными комиссиями, благодаря которым общий размер поборов достигает 10 %. В начале 1880-х годов к русским торговцам в Бухаре относились с подозрением, и власти пристально следили за каждым их шагом. Однако в период с 1873 по 1885 год ни Петербург, ни Ташкент не предприняли попытки проконтролировать соблюдение статей закона 1873 года. Более активные меры для продвижения русской торговли в Бухаре правительством империи даже не рассматривались. В декабре 1884 года Н.В. Чарыков писал, что русской торговле в ханстве пойдет на пользу, если от Каттакургана до бухарской столицы будет проложена почтовая дорога, если между Бухарой и русским Туркестаном будет установлено регулярное почтовое сообщение и если в ханстве будет учреждена должность русского агента для защиты законных прав и интересов русских торговцев. Вскоре такие шаги были сделаны, но в первую очередь вовсе не в интересах русских торговцев. Несмотря на то что радикальное улучшение в сфере коммуникаций благодаря железной дороге, Амударьинской флотилии и построенным позже новым дорогам принесло огромную пользу русской торговле в Бухаре, этот результат был совершенно случайным и не связанным со стратегическими соображениями, которыми Россия руководствовалась в каждом конкретном случае.
Точно так же учреждение политического агентства, хотя и имело огромную ценность для русской торговли, стало результатом длительной неудовлетворенности прежним способом общения с эмиром, которая в конце концов вылилась в решение о строительстве железной дороги. Формирование русских поселений и расширение экстерриториальной юрисдикции действительно стали ответом Петербурга на проблемы, возникшие в связи с проникновением в Бухару русской частной инициативы, но в не меньшей степени, чем в продвижении бизнес-интересов русских подданных, его намерение состояло в защите бухарской автономии. Политическое агентство и мировые суды заботились об интересах коренных жителей, а русские поселения служили для географического ограничения активности русских, поскольку правительство определенно не поддерживало распространение русской торговли на бухарскую глубинку. Свою роль в переносе таможенной границы на Амударью сыграли как экономические, так и военные соображения. И только учреждение монетарного контроля было направлено исключительно на защиту интересов русской торговли.
Ближе к концу первого десятилетия XX века пренебрежение России интересами своих торговцев в Бухаре наряду со многими другими аспектами ситуации в своих центрально-азиатских протекторатах подверглось серьезным нападкам. Полковник Д.Н. Логофет, один из наиболее настойчивых и громогласных критиков ситуации в Бухаре и проводимой там политики России, убеждал, что Россия должна содействовать своей торговле с помощью дальнейшего улучшения коммуникаций в ханстве: организации новых телеграфных линий на его территории и строительства железной дороги из столицы в Карши, Керки и Термез. Логофет возмущался, что в нарушение договора 1873 года русским не разрешают покупать землю за пределами четырех русских поселений и таможенного поста в Сарае, а также создавать предприятия за пределами этих территорий и железнодорожной зоны.