Плохая доступность оставалась главным препятствием для дальнейшего роста русско-хивинской торговли. Первой прямой и современной транспортной линией, связавшей ханство с внешним миром, стала Амударьинская флотилия. В 1894 году Министерство финансов предложило установить регулярную коммерческую навигацию по Амударье, но вместо этого Петербург решил совместить экономические интересы со стратегическими. С 1895 по 1901 год размер флотилии вырос с двух пароходов до шести (плюс 13 барж и других мелких судов). Флотилия получила разрешение перевозить частные грузы, и с марта до конца октября действовало регулярное расписание рейсов между Петро-Александровском и Чарджоу и дальше до Керки, а в дальнейшем до Термеза. Несмотря на то что к 1908 году флотилия ежегодно перевозила в два с половиной раза больше частных грузов, чем государственных, основная часть которых шла из Хивы или в Хиву, служба работала с серьезными убытками. Местные суда и караваны, шедшие вдоль берега, продолжали перевозить большинство коммерческих грузов между ханством и железнодорожной станцией в Чарджоу. Вторая попытка установить современную транспортную артерию между Хивой и Россией была сделана частной русской акционерной компанией, которая примерно в 1910 году наладила регулярное пароходное сообщение на Аральском море и в низовьях Амударьи, между Аральской станцией Оренбургско-Ташкентской железной дороги и Чарджоу. Однако даже в течение восьми месяцев в году, когда этот путь не был скован льдом, мелководье в восточной половине Аральского моря и в устье Амударьи усложняло судоходство и не позволяло этому предприятию считаться безусловным успехом.
Русско-хивинской торговле мешали не только географические, но и политические препятствия. Хотя до появления железной дороги русские торговцы были в Хиве столь же редки, как в Бухаре, те, кто все же занимался торговлей в ханстве, подвергались притеснениям со стороны местных властей. Статья 9 договора 1873 года освобождала русских купцов от закята и других коммерческих сборов, но в первые годы после заключения договора правительство хана брало с русских
Центральноазиатская железная дорога привела к быстрому росту числа русских купцов в Хиве, и вскоре в Ургенче возникла довольно большая торговая колония. При таких обстоятельствах незаконные хивинские налоги вызывали растущее недовольство. В 1895 году правительство хана превзошло само себя, когда обратилось к Ташкенту с просьбой разрешить брать с русских купцов различные другие налоги, существовавшие в ханстве, такие как налог на использование базарных весов и налог на лавки и торговые места на базарах. Действующий генерал-губернатор граф Ростовцев отклонил просьбу Хивы, сославшись на статью 9 договора 1873 года. Он также запретил брать далльяли, которым русские облагались в течение двадцати лет, и в октябре 1895 года предписал начальнику Амударьинского отдела провести переговоры с Хивой об отмене закята на чай.