Однако полную свободу еще предстояло завоевать. В результате интриг Суздальского княжества хан Тохтамыш совершил набег и сжег Москву в 1382 году. Но с тех пор власть хана над Русью, хотя и признается, но представляется тягостью, от которой все русские готовы избавиться, тем более что к концу XIV века военный союз с Ордой уже не приносил Москве прежних выгод.
К середине XV века Великий Новгород практически потерял былую самостоятельность. Пассионарность его жителей за прошедшие века рассеялась в дальних походах и завоеваниях на северо-востоке – в Новгородской Пятине. Благодаря давним торговым связям здесь было сильно влияние пролитовской партии, выступавшей за отпадение от России. В 1471 году Новгород заключил военный союз с великим князем Литвы и королем Польши. Тем самым Новгород вступил во враждебную коалицию против Москвы вместе с Литвой и Золотой Ордой. Москвичи рассматривали этот поступок как измену общерусскому делу. Как выбравших союз с католиками, они даже приравнивали новгородцев к язычникам. Московиты, как новый этнос на Руси, перестали воспринимать новгородцев, этот осколок Древней Руси, как «своих».
Война против антимосковской коалиции не заставила себя долго ждать. Первым пал Великий Новгород. В результате двух походов под началом Ивана III новгородцы были повержены и подчинились воле великого князя. Символ старинной новгородской вольности – вечевой колокол – был снят и увезен в Москву. Л. Гумилев: «Пример Новгорода – это блестящий пример умирания этнической системы, при котором, как правило, исчезают не сами люди. Люди-то как раз остаются и входят в состав новых этносов, но окончательно исчезает определенная система поведения, некогда связывавшая этих людей воедино, делавшая их «своими»».
В XV и XVI веках в Московской Руси, освободившейся от татаро-монгольского ига, происходит бурный рост пассионарности. Пассионарии из числа бояр образовывали свои политические партии, активно участвуя в выработке политической линии княжества. Пассионариям из низких сословий становилось тесно в княжеском городе, и они устремлялись к границам для реализации своей избыточной энергии. Так границы княжества раздвигались во всех направлениях. На Дону они даже образовали особый субэтнос – казаки. Они принимали к себе всех беглых крестьян, и чувствовали себя совершенно самостоятельными.
Другим направлением приложения сил русских пассионариев в XVI веке стали свобода совести и «правдоискательство». Широко начали распространяться разные «ереси» – иные толкования христианских учений. Это сопровождалось внутренней борьбой, влияло на политику княжества, поэтому сопровождалось репрессиями и сожжением еретиков на кострах.
С воцарением Ивана Грозного энергия молодого царя направилась, прежде всего, на упрочнение восточной границы, кровоточащей нескончаемыми набегами, грабежами и захватами в рабство. Молодой царь был заинтересован и развитием экономических отношений с Западной Европой.
Враждебная татарская Казань была покорена Иваном Грозным в 1552 году, и на ее месте был построен русский город. При этом казанские мирные жители в большинстве не пострадали. Другие народы, входившие в Казанское ханство, занимавшиеся работорговлей русскими людьми на Волге, были присоединены к России на весьма «щадящих» условиях. По окончании этой войны на землях Казанского ханства было освобождено до 100000 русских пленников и рабов. Последовавший затем захват Астрахани, завоевание всей Волги, выход к Кавказу и Каспию облегчили торговые связи России с Персией и другими дальними странами.
Высокий пассионарный уровень русских людей той эпохи привел их к победам и на западе, в Ливонии. Непрекращающиеся многие столетия кровавые стычки с ливонскими немцами на западной границе, привел к внезапному захвату русскими пограничниками крепости Нарва. Последовавшая затем тяжелая многолетняя война присоединила к России половину прибалтийской Ливонии. В той войне русские противостояли всей северной Европе: к ливонским немцам присоединились наемники из Швеции, Дании, Польши. К сожалению, война с Ливонией оказалась для России напрасной и неудачной.
Сильный удар по пассионарности русского этноса нанесла опричнина, созданная психически нездоровым к концу жизни царем Иваном Грозным. Задачей опричников было «изводить государеву измену», причем определять измену должны были они сами. За семь лет на Руси установился жестокий произвол. Голословного обвинения или доноса было достаточно, чтобы казнить человека самой зверской казнью.
Однако пассионарность в глубине России сохранялась, и была намного активнее, чем в Москве, пострадавшей от геноцида опричнины. Позже это стало одной из причин крупного восстания под началом Ивана Болотникова, объединившего силы всех недовольных «шатанием» в центре и избранием нового царя Василия Шуйского. Но это было только началом грядущих несчастий. Ослабленная внутренними распрями, под натиском внешних врагов с Запада, Московская Русь вскоре погрузилась в разрушительную Смуту.