Религиозные радикалы стали обвинять даже самого эмира Абдул-Ахада в том, что он симпатизирует шиитам (которых большинство населения Бухары считало агентами российского влияния [Тухтаметов, 1977
Российские власти старались внести изменения в сфере уголовно-правовых и процессуальных отношений в Бухарском эмирате. С. Айни приводит яркие примеры вмешательства Российского политического агентства и туркестанских властей в судопроизводство эмирских чиновников. При этом имперские власти настаивали на отказе эмирской администрации от жестоких наказаний за ряд преступлений и до определенной степени преуспели в этом: вскоре после вступления на престол эмир Абдул-Ахад отменил самое варварское наказание — сбрасывание с минарета, а также закрыл зиндан — подземную тюрьму при своем дворце, перестал превращать казни в некое подобие общественных празднеств [Айни, 1960, с. 827].
Однако когда они попытались воздействовать на эмира с целью отмены суровых наказаний за религиозные преступления, их действия оказались не столь успешными. Дело в том, что Бухара на протяжении многих веков являлась среднеазиатском центром мусульманской культуры и образования, в том числе и в сфере правоведения, и установление над ней российского протектората не изменило этой ситуации [Khalid, 2000, р. 372]. С приходом к власти династии Мангытов (на рубеже XVIII–XIX вв.) начались конфликты между эмирами и мусульманским духовенством по поводу судебных полномочий: влиятельные улемы настаивали на том, что вмешательство правителей в дела правосудия противоречит шариату, и во время правления Абдул-Ахада существенно усилили позиции, взяв в свои руки решение большинства гражданских и уголовных дел [Abdirashidov, 2016, p. 104; Sartori, 2016, p. 196, 220]. Вмешательство же России в этих условиях они трактовали как посягательство на религиозные основы жизни населения эмирата и с подачи улемов несправедливый суд стали называть «русским судом» [Айни, 1960, с. 720–724]. Отметим, что такая позиция противоречит, в частности, сообщению А. Дониша о том, что, когда русские взяли Ташкент, они сразу же установили там справедливый суд, который даже принимал сторону слуг, споривших со своими хозяевами [Дониш, 1967, с. 57].
Впрочем, изначально поводом для вмешательства русских властей в уголовно-правовую сферу отношений в эмирате формально являлась защита интересов русских подданных: согласно действовавшему законодательству, все гражданско-правовые споры и уголовные дела с участием подданных Российской империи должны были решаться в русском суде (Политического агентства и Самаркандской области). Это, как отмечает тот же С. Айни, заставило многих бухарцев принимать российское подданство, тем самым приобретая судебный иммунитет в эмирате. Стражники эмира не имели права задерживать этих новоявленных русских подданных, а должны были через кушбеги (первого министра эмира) информировать императорского политического агента о правонарушении, и он либо сам выносил решение или приговор, либо же просто «принимал к сведению» такую информацию [Айни, 1960, с. 681].
В результате многие авантюристы, перестав быть подданными эмира, даже начали заниматься различной профессиональной деятельностью, не получая обязательного в таких случаях разрешения эмирских властей. С. Айни рассказывает, как его знакомый, пользуясь неграмотностью чиновников и стражников и их незнанием, как должны выглядеть русские паспорта, избежал ответственности, предъявив представителям власти некую яркую бумагу с изображением русских геральдических знаков — потом оказалось, что это была упаковка от русского мыла с изображением медалей, полученных им на специализированных выставках [Там же, с. 682–687]!
В экономической сфере современники весьма сурово критикуют отсталость эмирата по сравнению с Россией, затрагивая такие аспекты как налогообложение, промышленность, торговля, сельское хозяйство.