Одним из существенных доводов в пользу антироссийских настроений, по мнению местных авторов, стало существенное повышение налогов, которые шли в российскую казну. Прежде всего, речь идет об огромной контрибуции, для выплаты которой эмир практически грабил своих подданных [Айни, 1960, с. 182; Дониш, 1967, с. 69]. При этом, как отмечает А. Дониш, русских подобная позиция вполне устраивала: «Между тем русские чиновники хорошо понимали, что контрибуцию они сами не смогут собрать в казну, поскольку открытая тирания и насилие не свойственны их законам и поскольку они сверх установленного порядка на большее не осмеливаются. Они видели, что эмир пьет кровь своего народа, и им это было приятно и они говорили, согласно стиху: „Откуда бы ни совершалось убийство, — все нам на пользу. Когда жители города станут бессильными, то после того, как одержим победу и завладеем им [городом], — сохранить и удержать их в подчинении будет легче“». Другие сборы осуществлялись эмиром для даров и взяток российским властям. Так, чтобы получить воду от самаркандских властей, эмир Музаффар объявил чрезвычайный сбор в 100 тыс. таньга, которые были переданы русским чиновникам, в ведении которых находилось водоснабжение Самарканда и Бухары. Его сын Абдул-Ахад, отправляясь в Санкт-Петербург, собрал 45 млн таньга «на подарки и подношения», т. е. для даров императору и взятки сановникам [Дониш, 1967, с. 80, 110, 115].
Многие члены движения джадидов происходили из купеческой среды (сам лидер движения А. Фитрат был сыном богатого бухарского торговца), а некоторые и лично занимались предпринимательской деятельностью [Carrère d'Encausse, 2009, p. 88, 95]. Неудивительно, что в своей политической программе младобухарцы большое внимание уделяли вопросам развития торговли и промышленности в Бухаре. Соответственно, в сочинениях А. Фитрата и С. Айни дается анализ экономического положения эмирата, подчеркиваются преимущества ведения дел русскими купцами и промышленниками. Так, А. Фитрат отмечает, что бухарские купцы стараются не столько получить прибыль, сколько подчеркнуть масштабы своей деятельности, при этом нередко действуя себе же в убыток — например, стараясь купить максимум товара и переплачивая за него, чтобы прослыть самым крупным торговцем. В таких условиях, продолжает ученый, купцы конкурируют между собой, не имея возможности обрести крупный капитал для ведения действительно крупных дел — в отличие от русских купцов, которые издавна организуют товарищества и используют объединенные капиталы для выгодных сделок [Фитрат, 1913, с. 94–97]. Еще А. Дониш предлагал создать в Бухарском эмирате государственный банк, который оказывал бы поддержку местным предпринимателям [Юлдашев, 1963, с. 58], однако его идеи вызвали осуждение со стороны ревностных приверженцев ислама, заявлявших, что дача денег под проценты противоречит шариату [Кадимисты, 2017, с. 72, 74].
Русские, пользуясь отсутствием промышленных традиций в Бухаре, открывали на территории эмирата собственные заводы и фабрики, тем самым разоряя местных мелких производителей. В какой-то мере этому способствовали эмиры и сановники, сами обращавшиеся к русским властям с предложениями организации в Бухаре промышленных предприятий. Так, вскоре после вступления на трон Абдул-Ахад (по совету А. Дониша) предложил создать в Бухаре завод для изготовления сахара и сладостей из овощей и фруктов, большое количество которых пропадало из-за невозможности продать их [Дониш, 1967, с. 116].
Весьма противоречиво складывалась ситуация в сельскохозяйственной сфере. С одной стороны, бухарские власти и население негативно относились к европейским методам обработки земли — по их словам, так «обрабатывают землю в аду черти» [Фитрат, 1913, с. 65–66]. В результате все попытки русских властей и отдельных специалистов по сельскому хозяйству внедрить передовые технологии неизменно заканчивались провалом. С другой стороны, эмирские власти не могли отказать российским предпринимателям в аренде земель, которые те орошали и возделывали так, как считали нужным. Впрочем, время от времени отдельные консервативно настроенные региональные правители-беки осмеливались отказать русским, несмотря на их привилегированное положение. Мирза Салимбек с гордостью пишет в своих мемуарах, как он сумел заставить русского инженера Ананьева отказаться от претензий на участок земли, который тот (по его собственным словам) оросил и возделал за свой счет — пришлось ему ограничиться арендой участка за 400 руб. в год, причем вся сумма шла самому Салимбеку. Когда же четыре других предпринимателя попытались также взять в аренду земли (причем достаточно запущенные и не слишком плодородные), обратившись непосредственно к кушбеги, Салимбек, не имея возможности получить от них доход, добился, чтобы центральные власти отказали им [Салимбек, 2009, с. 116–120].