Отдельный блок правовых актов был посвящен организации судебной власти в русских поселениях: в течение 1887–1909 гг. был принят целый ряд нормативных документов, определявших судебную систему в русских поселениях, вводивший новые судебные должности (прежде всего — мировых судей) в отдельных населенных пунктах, подведомственность дел и т. п. При этом каждый новый акт все более расширял компетенцию русских судей в отношении местного бухарского населения: со временем к их ведению стали относиться дела не только с участием русских и бухарцев, но и с участием других иностранцев христианского вероисповедания. Высшей инстанцией по отношению к судам русских поселений (от мировых судей до самого политического агента включительно) являлся Самаркандский областной суд, что, в свою очередь, подтверждает полную интеграцию системы русских поселений в имперскую административно-территориальную и правовую системы. Расширение компетенции судебных органов русских поселений стало еще одним направлением для поэтапной интеграции эмирата в состав Российской империи и приобщения подданных эмира к российским правовым ценностям[44]
.Наконец, для Памирского отряда с центром в Хороге в 1897 г., как уже отмечалось, была разработана туркестанским генерал-губернатором А. В. Вревским «Инструкция начальнику Памирского отряда». В первоначальном варианте Инструкции начальнику отряда было предписано осуществлять контроль за действиями бухарского наместника — бека Шугнана и Рушана и его чиновников (особенно в налоговой сфере), но при этом не вступать в прямые контакты с местным населением, а при поступлении жалоб от него — рекомендовать бухарским чиновникам изменить решения. Однако подобные ограничения довольно часто игнорировались и начальниками отряда, и их офицерами, как правило, более активно взаимодействовавшими с местным населением и занимавшими весьма жесткую позицию по отношению к бухарским чиновникам. В частности, нередко они брали под защиту местных жителей, которых бухарские беки подвергали несправедливым и жестоким наказаниям, не позволяли эмирским чиновникам совершать злоупотребления при сборе налогов и проч. Это вызвало необходимость издания нового варианта «Инструкции начальнику Памирского отряда» в сентябре 1902 г. В ответ на постоянные жалобы бухарских чиновников на самоуправство русских офицеров на Памире (а также и на аналогичные претензии русских политических агентов в Бухаре) в инструкции прямо предписывалось офицерам отряда не вмешиваться «в дела бекства», а передавать информацию, полученную от местного населения вышестоящему начальству — военному губернатору Ферганской области и генерал-губернатору Туркестанского края, которые уже дипломатическими методами должны были решать возникшие проблемы [Халфин, 1975
Революционные события начала XX в. и их отражение в имперском законодательстве лишь подтвердили, что российские власти всех уровней рассматривали русские поселения на территории Бухарского эмирата как неотъемлемую часть империи, полностью интегрированную в ее политико-правовое пространство. Во время волнений 1905–1907 гг. в русских поселениях, как и в Туркестанском крае, было введено чрезвычайное положение, переброшены дополнительные войска [Фомченко, 1958, с. 34–35]. В дальнейшем именным указом от 29 июля 1909 г. в ряде административно-территориальных единиц Туркестана чрезвычайное положение было заменено на «состояние усиленной охраны», причем Чарджуй фигурирует среди них наравне с Самаркандом и Ташкентом [ПСЗРИ, 1912, № 32 437, с. 704]. Позднее именным указом от 28 августа 1912 г. это состояние было продлено «в городе Ташкенте, в Ташкентском, Чимкентском, Аулиэатинском, Перовском и Казалинском уездах Сырдарьинской области, в Верненском и Пишпекском уездах, Семиреченской области, в Самаркандской, Ферганской и Закаспийской областях
Во время мощного восстания 1916 г. в Казахстане и Центральной Азии по распоряжению Штаба Туркестанского военного округа территории, прилегающие к Туркестанской железной дороге, для более эффективной их охраны были разбиты на 12 участков, и одним из них (12-м) стал участок «Бухара — Термез с веткой Карши-Китаб» [Восстание, 1960, с. 727]. В данном случае нельзя не отметить, что в условиях чрезвычайной ситуации на территорию формально независимого Бухарского эмирата в полной мере распространялись распоряжения туркестанской военной администрации.