Знаменательным фактом эволюции взглядов И.И. Иванюкова, их «переклички» (в смысле не только совпадений, но и критического восприятия) с опытом западных коллег стала его докторская диссертация «Основные положения теории экономической политики с Адама Смита до настоящего времени», защищенная в Московском университете в 1881 году. Фундаментальный труд сохранял свою значимость вплоть до начала XX века, о чем свидетельствуют неоднократные переиздания книги (последнее – в 1904 году). Разделяя принципы новейшего направления экономической мысли в лице катедер-социалистов – представителей немецкой историко-реалистической школы (с ее признанием исторической обусловленности экономических явлений, их эволюции в зависимости от конкретного места и времени, провозглашением идеалов социальной справедливости как главного критерия в оценке экономических явлений), Иванюков подверг критике «ортодоксальную экономическую доктрину» так называемой манчестерской школы о «неограниченной свободной конкуренции». Он указывал на объективную ограниченность влияния этого учения определенными хронологическими рамками: «Соответствие теории свободной конкуренции интересам имущих классов, отсутствие до последнего времени обширных, целесообразно-классифицированных данных по экономической статистике, недостаточное знакомство экономистов с существующими статистическими данными были причинами, что эта школа в течение семидесяти лет сохраняла за собой господство в экономической науке». Ученый констатировал закономерность утраты позиций данной теории уже ко второй половине XIX века, в связи с развитием научной мысли и под влиянием рабочего движения, когда «на университетские кафедры взошли профессора, не считающие ее учение десятью заповедями; явилась пресса, вступившая в борьбу с нею, сомнение в ее благотворности проникло в советы министров и парламенты».
Иванюков убедительно обосновывал несостоятельность «антисоциального учения манчестерской школы», далекого от подлинной защиты человеческой свободы, настаивал на том, что декларируемая ею «система свободной конкуренции» оказывается на деле «системой монополий»: «Либерализм хотел сделать труд свободным, а вместо того подчинил его игу капитала. Он мечтал об общественном благосостоянии, а создал крайнюю шаткость, необеспеченность общественных отношений, нищету и крайнюю бедность большинства населения. Он поставил себе целью уничтожение монополий, но устраненные им юридические монополии заменились гигантской фактической монополией». В итоге Иванюков приходил к выводу о том, что «либерализм по-манчестерски» «как теория есть утопия», а «представления, которые соединяются с понятием „либерализм“, „свободная конкуренция“, не соответствуют их реальному значению…»
Однако в отличие от наиболее радикальных представителей «научного социализма» И.И. Иванюков, как и его немецкие соратники-«реалисты», не видел предпосылок для быстрого переустройства общества «на социалистический лад»: «Только профаны в социологии и мало знакомые с действительной жизнью фантазеры могут считать возможным осуществление в любое время социалистических идеалов». В то же время он полагал возможным и необходимым пройти между Сциллой свободно-конкурентной системы и Харибдой социалистического уклада путем установления «такой организации общественного хозяйства, которая, соответствуя современным условиям жизни и по возможности не умаляя производительности народного хозяйства, распределяла бы блага культуры между всеми классами населения и приближалась к обоснованию распределения на труде и заслуге».
Кроме того, Иванюков расходился с «научными социалистами» по вопросу о будущности частной собственности и частного капитала. Он видел в стремлении социалистов утвердить тезис о «неизбежности гибели частной собственности» всего лишь ни на чем не основанную «претензию». Однако, подчеркивал Иванюков, «право частной собственности не есть естественный факт, данный самою природою человека, а учреждение общественной власти, писаного или неписаного закона». Отсюда – уверенность русского экономиста в целесообразности и необходимости государственного регулирования частнохозяйственной системы.
По словам Иванюкова, «государство должно принимать на себя те действия к удовлетворению потребностей граждан, которые не могут выполняться ни частными, ни свободно-общественными хозяйствами, или были бы выполнены ими не вполне удовлетворительно».
Иванюков был одним из первых российских ученых, познакомивших научную общественность нашей страны с взглядами представителей «новой исторической школы» в Германии. Его убежденность в том, что большая часть социально-экономических проектов катедер-социалистов может быть «удобно применена к условиям нашей жизни», разделяли тогда многие российские ученые.