Для Иванюкова и его соратников «многозначимую роль всероссийской трибуны» играла периодическая печать. Он входил в редакторский круг таких авторитетных умеренно-либеральных изданий, как газета «Русские ведомости» (публиковался там с 1884-го) и журнал «Русская мысль» (в 1893–1898 годах – ведущий «Внутреннего обозрения», автор ежемесячных обзоров «Очерки провинциальной жизни», которые принесли ему широкую популярность). «Такие вопросы, как обеспечение крестьянина землею, расширение школьной сети, устройство читален для народа, развитие кустарных промыслов с помощью дешевого кредита, доставляемого государственным банком, земледельческие артели и банки, создание всесословной волости, подобной во многом англо-американской общине, или town, расширение самодеятельности уездного и губернского земств, устройство всесословного городского управления, постоянно привлекали его внимание», – вспоминал М.М. Ковалевский, свидетельствуя о том, что и в 1912 году проблемы, волновавшие Иванюкова, не утратили своей актуальности. В разное время статьи ученого появлялись в «Вестнике Европы», «Юридическом вестнике», «Вестнике самообразования», «Запросах жизни» и ряде других газет и журналов.
Важной вехой в научной биографии Иванюкова стал выход в 1882 году книги «Падение крепостного права в России», в основу которой была положена серия статей («Роль правительства, дворянства и литературы в крестьянской реформе»), напечатанных им в 1880–1881 годах в журнале «Отечественные записки». Эта работа принесла автору широкую известность и была удостоена Московским университетом премии Ю.Ф. Самарина, учрежденной в 1876 году «За лучшие исследования по крестьянскому вопросу». В состав авторитетной комиссии, принимавшей решение о награждении Иванюкова, входили А.И. Кошелев, К.Д. Кавелин, М.М. Ковалевский.
На примере важнейшего события в русской истории автор развивал ряд идей, содержавшихся в его докторской диссертации. В частности, он признавал недопустимой прямую аналогию общества с животным миром, где, согласно дарвиновской теории, идет непрестанная борьба за существование. Сторонник многофакторного изучения истории, ученый указывал на то, что социальные явления «суть явления самые сложные, результаты многих причин. На эти явления, кроме причин физических, действует также вся совокупность качеств природы человека, как эгоистических, так и альтруистических, и ни одно из этих качеств не действует в слабой степени, чтобы его можно было не принимать в рассмотрение».
По-прежнему относясь с уважением к К. Марксу, Иванюков вместе с тем полагал, что «ход жизни указал на ошибочность многих весьма существенных положений марксистской теории». В частности, считая исключительной заслугой Маркса обоснование важности экономического фактора в изменении социальной жизни, он предостерегал от того, чтобы все объяснять только влиянием экономики, поскольку «факторов много, и все они находятся во взаимодействии». Наряду с классовой борьбой Иванюков обращал внимание и на «другой социальный фактор, обусловливающий изменения в общественных учреждениях, а именно: влияние на умы гуманно-прогрессивных идей», подчеркивал «громадное значение в человеческих делах идеи и чувства правды».
Ученый утверждал, что «сила просвещения, расширяющая кругозор, побеждает препятствия к правильному пониманию вещей, создаваемые личным интересом». При этом он не только отмечал постоянное усиление («в геометрической прогрессии») указанного им фактора «в новейшей истории Европы» (трактуя это явление как «бесспорнейший и важнейший социальный закон»), но и выражал уверенность в том, что именно ему «предстоит в дальнейшем ходе исторического развития заменять все более и более элемент борьбы, имевший доныне преобладающее значение в деле изменения социальных форм жизни». Отводя науке важную роль в формировании убеждений людей, автор предсказывал: «По мере развития социальной науки и проникновения ее в общественное сознание, элемент борьбы в деле изменения социальных условий жизни, игравший до сих пор преобладающую роль, будет более и более заменяться элементом просвещенного научного сознания; и последний, по естественному ходу вещей, сделается когда-нибудь господствующим, а может быть, и единственным руководителем в установлении социальных условий жизни, покоящихся на солидарности и гармонии интересов людей».