В центре внимания Иванюкова находился также и вопрос «о влиянии учреждений на нравы». Полезным для его уяснения ученый считал иностранный опыт, в частности США – страны, где самоуправление и гражданское равенство получили наибольшее развитие, а государственные учреждения «действуют на громадном пространстве и осуществляются населением в шестьдесят миллионов человек». «Американцы правы в своем горделивом сознании, что они делают в самых обширных размерах самый замечательный эксперимент новой системы управления, какой еще никогда никто не испытывал; что они выработали более высокий тип свободы, равенства и цивилизации, чем какой когда-либо был достигнут другими государствами, и уверены, что их дело служит и будет служить на пользу всего человечества», – писал Иванюков в 1891 году в статье, посвященной американской демократии. Он полагал, что «из всех факторов, способствующих смягчению нравов, уравнивание общественных положений является самою могущественною причиною», а развитию в американском народе чувства равенства способствовали такие «важнейшие характерные основы общественного строя Америки», как «общий материальный достаток, распространенность образования в массах, отсутствие аристократии и других социальных рангов, политическая равноправность». Вывод Иванюкова гласил: «Такая нация, которая руководствуется в своей деятельности не интересами некоторых общественных классов, но благосостоянием всей народной массы, может рассчитывать найти в своей среде достаточно и законодательного искусства, и политико-экономической мудрости, чтобы без потрясений развивать свои государственные учреждения и умножать благоденствие народа».
Научные взгляды и общественная позиция Иванюкова находили отклик у С.Ю. Витте, который в 1898 году пригласил его для работы при Ученом комитете Министерства финансов. К этому времени ученый уже около шести лет жил в провинции и занимался почти исключительно журналистикой. Однако долго в «верхах» Иванюков не задержался, сделав выбор в пользу преподавательской работы. Осенью 1899-го он возглавил кафедру политической экономии в только что открывшемся Варшавском политехническом институте. Но уже в 1902 году ученый переехал в Петербург, где и оставался до конца жизни. Решающую роль сыграло приглашение, поступившее от А.С. Посникова – давнего (с 1873 года) коллеги и единомышленника, сподвижника С.Ю. Витте в деле организации Петербургского политехнического института, а также инициатора организации там же первого в России экономического отделения.
Иванюков был членом Совета отделения, читал лекции по сельскохозяйственной экономии, первым в России начал преподавать экономическую историю («историю хозяйственного быта»). Тогда преподавание этой дисциплины было недостаточно распространено и на Западе, а немногие публикации на эту тему ограничивались характеристикой развития экономики в отдельных странах и в определенные периоды времени. По свидетельству М.М. Ковалевского, отличительными чертами учебных курсов профессора Иванюкова были «совершенно исключительный по широте размах» в сравнении с подобными примерами в западных университетах, а также «качества простоты, ясности, общедоступности и логической последовательности, умение жертвовать деталями для более выпуклой передачи основной мысли, удачный выбор терминов и примеров, наконец, изящество самой речи».
По предложению Витте, продолжавшего держать ученого в «поле зрения», Иванюков в конце 1904 – начале 1905 года участвовал в работе Особого совещания о нуждах сельскохозяйственной промышленности. По его убеждению, «благосостояние крестьян есть первостепенный национальный интерес России; от экономического, умственного и нравственного состояния крестьянского населения зависит весь наш быт». В своих выступлениях он призывал не «рубить сплеча», принимая решения по аграрно-крестьянскому вопросу, учитывать его исключительную сложность, поскольку «ни в законе, ни в теории, ни в самой жизни нет твердо установленного взгляда на право крестьян на землю… да и в самом народе нет ясного представления о своих правах на землю».
Защитник исторически сложившихся в России форм хозяйства (община, артель), Иванюков, по словам В.Г. Яроцкого, видел в них прежде всего «лучшую школу» для развития кооперативного движения и постепенного перехода к «дальнейшим высшим коллективным формам хозяйства»: «Он не считал поэтому необходимым переживание, по шаблонной доктрине развития, промежуточного периода всех прелестей капитализма, в том числе и в земледелии, на почве развития начал… частной собственности на землю». Однако Иванюкову было чуждо и слепое поклонение общинному землевладению как некоей застывшей и в то же время наивысшей форме землевладения и землепользования. Он предлагал «поставить общину в такое же положение, какое занимает частный собственник», предоставить крестьянам полную свободу и реальное самоуправление в их хозяйственных и имущественных делах. Таким образом, полагал ученый, судьбу общины должна определить сама жизнь.