Безотлагательными мерами по решению аграрно-крестьянского вопроса Иванюков считал также расширение крестьянского землепользования (в том числе путем продуманной колонизационной политики), предоставление крестьянам дешевого кредита, развитие народного образования, расширение прав уездного и губернского земств, создание всесословной волости, упразднение института земских начальников и т. д.
Вполне закономерно, что начиная с 1906 года, в пору проведения столыпинской аграрной реформы, Иванюков выступил ее противником. По словам В.Г. Яроцкого, он видел в ней «насилие над духом, бытом и правосознанием нашего крестьянства». «Новейшая земельная ломка» с ее «ставкой на сильных» происходила вразрез с убежденностью Иванюкова в возможности и благотворности постепенного перехода крестьян к высшим формам обработки земли «на готовой почве навыков к совместной работе и улучшению систем хозяйства». Он считал неизбежным следствием столыпинской политики ускорение процесса пролетаризации крестьянства.
К голосу авторитетного ученого прислушивались и представители предпринимательских кругов. Так, в январе 1906 года Иванюков стал одним из основных докладчиков на открытии в Петербурге I съезда Союза промышленных и торговых предприятий Российской империи. Выступая на тему «Промышленно-торговые организации за границей», он свидетельствовал о значительном влиянии торгово-промышленных союзов Великобритании, Германии, Франции, Австро-Венгрии, Италии на экономическую политику и законодательство этих стран, формирование общественного мнения. Ученый считал, что успехи русской промышленности в области металлургии, хлопчатобумажного и сукноткацкого производства, горном деле, строительстве железных дорог настоятельно диктовали неотложность разработки торгово-промышленного законодательства и в России. Важную роль в этом деле Иванюков отводил деятельности Союза, который, по его мнению, должен был стать «представителем интересов промышленности и торговли… перед Государственной думой, правительственными и общественными учреждениями», способствовать развитию статистики, экономического образования и просвещению широких масс.
В событиях революции 1905–1907 годов И.И. Иванюков не счел для себя возможным примкнуть ни к одной из наиболее крупных политических партий. Сохраняя верность либерально-демократическим принципам и надежду на «мирное обновление» России, вместе со своими давними единомышленниками и коллегами из числа питерцев, деятелей круга «Вестника Европы» и «Русских ведомостей», преподавателей столичного Политеха (М.М. Стасюлевич, К.К. Арсеньев, М.М. Ковалевский, Д.В. Стасов, В.Д. Кузьмин-Караваев, Н.А. Меншуткин, М.И. Носач, К.П. Боклевский, А.Г. Гусаков), он вошел в состав Организационного комитета Партии демократических реформ (ПДР) – первого опыта партийного объединения русских либералов-центристов (условно – союза кадетов и октябристов). Именно Иванюкову была отведена одна из главных ролей в издании фактически органа ПДР – газеты «Страна» (1906–1907). Ее основатель и руководитель М.М. Ковалевский характеризовал своего незаменимого помощника как «благожелательного и мирно настроенного радикала», занимавшего позицию «между либералом и радикалом». Ковалевский отмечал, что успех газеты был во многом связан с «обширными связями Иванюкова, общим доверием, каким он пользовался». Личные качества и авторитет ученого, взгляды на общественное переустройство вскоре обусловили его сближение с Партией мирного обновления – своего рода «преемницей» ПДР, «генетически» связанной с ней на уровне идей и руководящего состава. В декабре 1906 года, в преддверии выборов во II Думу, он был включен в избирательный список этой партии по Петербургу уже как «внепартийный кандидат». Верность либерально-центристскому течению Иванюков сохранял до последних дней, еще в феврале 1912 года (незадолго до своего ухода из жизни) посещая собрания думской фракции прогрессистов во главе с И.Н. Ефремовым.
В период революции 1905–1907 годов выявилась новая грань просветительского таланта Иванюкова. Редактор-издатель влиятельной газеты «Биржевые ведомости» С.М. Проппер, сочувствовавший идеям «мирного обновления» (и даже упоминаемый современниками в составе членов ПДР), пригласил Иванюкова в качестве редактора популярных общественно-политических брошюр, выходивших отдельными выпусками в серии «Политическая библиотека „Биржевых ведомостей“». Имя Иванюкова в качестве редактора стояло тогда и на обложках «книжек политического и общественного содержания», публиковавшихся в серии «Библиотека самообразования», основанной известными учеными П.И. Броуновым и В.А. Фаусеком. Только в 1906 году через его руки прошло более двух десятков подобных изданий («очерков»), охватывавших широкий круг тем (гражданские и политические свободы, избирательное право, национальный вопрос, аграрная и налоговая реформы, мелкая земская единица, история освободительного движения, политические партии в России и т. д.).