В день своего триумфа склонный к широким жестам Теодор Рузвельт допустил, по всеобщему признанию, грубейший просчет. На встрече с репортерами он объявил, что не намерен выдвигать свою кандидатуру на очередной срок в будущем, поскольку считает доставшиеся ему от Мак-Кинли годы президентства своим полным первым сроком. Это решение 46-летнего президента означало, что многие из его обширных планов и начинаний останутся незавершенными.
Жители новорожденной Панамской республики с нетерпением ожидали продолжения строительства канала. Помнившие оркестры, банкеты, парады и виконта де Лессепса на коне панамцы остались разочарованными. 4 мая 1904 года лейтенант Марк Брук получил ключи от складов и прочих помещений бывшей французской компании и поднял звездно-полосатый флаг над балконом гостиницы, где остановились американцы. На этом церемонии завершились.
Первым из специалистов, которых Рузвельт направил в зону «Большой канавы», был полковник Медицинского корпуса армии США Уильям К. Горджес. Он составил план тотальной ликвидации москитов, переносящих малярию и желтую лихорадку, и с редким упорством провел его в жизнь. Для начала требовалось вырубить и выжечь десятки квадратных километров кустарников и мелких деревьев, выкосить и сжечь траву на такой же площади. Для осушения болот в зоне канала вырыли дренажные траншеи общей протяженностью около 2700 километров. Для предотвращения размножения насекомых поверхность прудов и луж заливали керосином, смешанным с карболовой кислотой, ежемесячный расход которых составлял десятки тысяч литров.
Недоброжелатели на Капитолийском холме говорили, что каждый убитый Горджесом комар обходится Соединенным Штатам в десять долларов. Однажды полковник Горджес заказал в Вашингтоне две тонны старых газет, которые были нужны для заклейки щелей в помещениях перед их окуриванием. Столичные чиновники поначалу решили, что полковник заказывает газеты для развлечения выздоравливающих в госпитале и ответили, что «просьба о двух тоннах» чрезмерна. Неутомимый Уильям Горджес проводил рейды в жилищах местного населения, уничтожая любые открытые водосборники, бочки и сосуды с водой. Вызывая неудовольствие католических священников, он требовал ежедневной смены «святой воды» в храмах.
К осени 1906 года титанические усилия полутора тысяч человек под руководством полковника Горджеса навсегда покончили с желтой лихорадкой. Малярию полностью искоренить не удалось, но заболеваемость сократилась с 84 до 8 процентов, и это было невиданным успехом. Для местного населения, поначалу недолюбливавшего требовательного военного врача, он стал «симпатико» и большим другом.
Теодор Рузвельт постоянно контролировал ход строительства, а в ноябре 1906 года отправился в зону канала. За всю историю США ни один из действующих американских президентов не покидал пределы страны. Рузвельт в отличие от Лессепса прибыл в зону канала в сезон дождей, чтобы наблюдать работы в самое тяжелое время года. Первым делом президент сбежал с торжественной церемонии через заднюю дверь отеля и отправился вместе с Горджесом в больничные бараки. Затем, вместо запланированного официального банкета, он отобедал в рабочей столовой. За тридцать центов Рузвельт получил тарелку горохового супа, картофельное пюре с овощами и кофе. Он инспектировал железную дорогу, залезал в самую грязь в лагерях строителей, совал нос в погреба на кухнях. Инженер Фрэнк Молтби вспоминал: «Президент был буквально зациклен на идее, что от него могут что-либо скрыть… Он непрерывно выяснял суть вещей, просил все ему показывать. Он многократно останавливал рабочих и спрашивал, есть ли жалобы или какая нужда».
В прошлом президенты Соединенных Штатов, джентльмены в строгих костюмах, традиционно фотографировались за письменным столом, на политических церемониях или в кругу семьи. Один из репортеров в зоне канала сумел поймать в объектив главу Белого дома в слегка помятом летнем костюме и панаме, когда тот забрался в кабину гигантского 95-тонного парового экскаватора. Удачливый фотограф на какое-то время стал самым известным корреспондентом Америки.
В ответ на непрекращающуюся критику своих действий в Панаме, Теодор Рузвельт разразился тирадой: «Если бы я следовал обычным консервативным методом, я должен был бы представить в Конгресс величественное государственное послание объемом чуть ли не в двести страниц, и оно дебатировалось бы по сей день. Но я захватил зону канала и предоставил Конгрессу дебатировать меня, и, пока идут дебаты, идет и строительство канала».