В десантном отделении могут разместиться семь полностью экипированных пехотинцев. Для ведения огня из их штатного оружия десанта в бортах имеется по три бойницы с шаровыми опорами, которые закрываются герметическими бронезаслонками. Конфигурация передних бойниц, обеспечивающих возможность ведения огня и из ручных пулеметов РПК, позволяет стрелять вперед под углом в 45° к оси машины. Еще одна бойница расположена справа в передней части корпуса. Вторая по счету пара бойниц прорезана на верхних половинах двухстворчатых люков, служащих для посадки и высадки десанта. Нижние половины люков, как и у БТР-80, в откинутом положении облегчают покидание бронетранспортера на ходу, однако размеры самих люков больше, чем у предшественника. Используя половины люков как подножки, пехотинцы, стоящие в них, могут вести огонь из ПЗРК «Игла» или гранатометов.
БТР-90 оснащен многотопливным дизельным двигателем 2В-06-2С с жидкостным охлаждением и турбонаддувом. Мощность дизеля, расположенного в корме машины, 510 л.с. Доступ к двигателю возможен как изнутри машины, так и через два крупногабаритных люка на крыше моторно-трансмиссионного отделения. Для предотвращения поражения зажигательными боеприпасами радиатор, расположенный у кормового броневого листа, защищен специальными крышками. В задней части машины находятся топливные баки, заправочные горловины которых выведены в кормовой лист. Для движения на плаву используются два водометных движителя.
Коробка передач — автоматическая гидромеханическая реверсивная. Поток мощности от двигателя распределяется на два параллельных потока по бортам машины. Посредством гидрообъемной передачи обеспечивается разность скоростей вращения по бортам, что позволяет в дополнение к повороту четырех передних колес выполнять разворот «по-танковому». В результате удалось вдвое уменьшить радиус поворота БТР-90 по сравнению с предшествующими машинами. В сочетании с возможностью движения БТР вперед и назад с одинаковой скоростью за счет реверсивной коробки передач удалось весьма существенно увеличить его маневренные характеристики.
Независимая торсионная подвеска всех колес на поперечных рычагах за счет большого хода, энергоемких телескопических гидроамортизаторов и широкопрофильных пулестойких шин с системой централизованного регулирования давления обеспечивает возможность движения по пересеченной местности со скоростью более 50 км/ч, а по шоссе — до 100 км/ч. При этом машина сохраняет подвижность даже при полном повреждении четырех из восьми колес. Колеса двух передних мостов управляемые.
Водные преграды машина преодолевает вплавь без предварительной подготовки. Движение на плаву осуществляется за счет двух водометных движителей. Их водозаборные отверстия находятся в днище, за задними колесами и закрыты защитными решетками. Максимальная тяга водометов в режиме на швартовых достигает 11,3 кН. Для предотвращения заливания передней части корпуса волнами, бронетранспортер снабжен волноотражательным щитком, который в походном положении откидывается на верхний передний броневой лист корпуса. БТР-90 может плавать при волнении до трех баллов, а так же надежно входить с воды на десантный корабль и сходить с него. Скорость на плаву — до 9 км/ч.
БТР-90 — первый отечественный бронетранспортер, оснащенный бортовой информационно-управляющей системой (БИУС), обеспечивающей автоматизированное управление двигателем и трансмиссией, а также контроль и диагностику основных систем машины.
Первый образец бронетранспортера («Росток») оснащен боевым отделением, заимствованным у БМП-2. Вооружение включает 30-мм автоматическую пушку 2А42 (боекомплект 500 патронов), 7,62-мм пулемет ПКТ (2000 патронов), 30-мм гранатомет АГС-17 (смонтирован снаружи башни, боекомплект — 400 выстрелов), а также ПТРК «Конкурс» (четыре ракеты с полуавтоматическим наведением по проводу). Углы наведения оружия по вертикали от -5 до +75°, по горизонтали — 360°.
Наводчик-оператор имеет в своем распоряжении комбинированный (дневной и ночной) прицел БПКЗ-42, а командир — дневной прибор наблюдения Ш-13. По требованиям зарубежных заказчиков допускается возможность оснащения машины прицелом наводчика-оператора БПК-М с французским тепловизионным модулем фирмы SAT.
Боевое отделение стабилизировано в двух плоскостях, что обеспечивает возможность ведения огня с места и в движении. ПТРК обеспечивает возможность борьбы с танками на дальности до 4000 м, вертолеты могут поражаться пушечным огнем на дальности до 2000–2500 м, а живая сила и небронированные транспортные средства — на 4000 м.
На выставке вооружения и военной техники IDEX-2001 в Объединенных Арабских Эмиратах был продемонстрирован образец бронетранспортера, оборудованный боевым отделением «Бахча-У».