В Поволжье по-прежнему действовал «царевич» Петр, мнимый сын царя Федора Ивановича, пользовавшийся поддержкой терских казаков, среди которых он распространял лозунги о борьбе с боярством, изолировавшим царя от народа. От посланного из Москвы военного отряда он ускользнул, подавшись на Украину. В приграничных районах государства возникло широкое, направленное против «боярского царя», движение под руководством Ивана Исаевича Болотникова. Этот холоп убежал к казакам, затем попал в татарский плен и был рабом на галерах, пока ему не удалось бежать через Венецию. В районе Путивля он собрал своих первых приверженцев и заручился содействием воеводы, князя Г. П. Шаховского, который был послан туда в порядке наказания. Последний по меньшей мере не препятствовал распространению слуха о том, что «царь» Дмитрий (Лжедмитрий) выжил во время восстания в Москве — второй случай «чудесного» спасения. Зона действий была выбрана восставшими весьма удачно: Комарицкая волость (в треугольнике между городами Путивль Рыльск Добрыничи) была ареной первых успехов Лжедмитрия, который в свое время пообещал жителям десятилетнее освобождение от налогов, отмененное лично новым царем. Слухи о том, что «царь Дмитрий Иванович» еще жив, нашли благодатную почву. Они ширились, тем более что Болотников выдавал себя за его воеводу и заявлял, что хочет этим содействовать осуществлению его наследственного права. «Царевич» Петр Федорович со своими приверженцами вступил в район восстания, кроме того к движению присоединились и другие казачьи отряды. Осенью 1606 г. движение приобрело такую силу, что вынудило царское войско отступить. Существенным подкреплением стали тульские и рязанские служилые дворяне под руководством П. П. Ляпунова, Г. Ф. Сумбулова и И. Пашкова, представителя служилых казаков, с отрядом из 500 человек. Они также заявили о своем желании выступить против «боярского царя», урезавшего их права. Участие некоторых представителей боярства в восстании предположительно основывалось на личном соперничестве с бывшим товарищем по сословию Шуйским.
Если исходить из социального состава сил, направленных против Василия Шуйского, то интерпретировать происходившее в дальнейшем как «крестьянскую войну» можно только с оговоркой. В советской исторической науке до последнего времени это считалось доказанным, одновременно в восстании видели апогей Смутного времени, конфликт, протекавший под знаком классовой борьбы. Недовольство и страх перед карательными акциями фактически стали отправными точками для агитации, мобилизующей крестьянство и казачество. Однако и в этом случае для пробуждения надежд на будущее и обоснования собственных действий использовали фигуру «истинного» царя, а привлечение в качестве сторонников даже представителей именитых боярских родов было полезным для легитимации предприятия. Более проблематичным было сотрудничество со служилыми дворянами, поскольку они, как владельцы поместий, не могли согласиться с призывом к крестьянским «свободам», не угрожая своему собственному существованию. Очевидно, они не были расположены к изменению социальной структуры. Если они поначалу и принимали социально-революционные лозунги, то, вероятно, в надежде использовать движение в своих целях, имея в виду наследование землевладений или сокращение служебных обязанностей. С точки зрения Болотникова, участие в восстании служилых дворян было очень полезным, хотя он и осознавал расхождение интересов.
Несмотря на неоднородный состав сил, восстание добилось значительных успехов; в октябре удалось окружить столицу. Для царя решающее значение имело то, что большинство служилых дворян, находившихся в войске восставших, впоследствии перешли на его сторону. Победа восставших не отвечала бы их интересам. Болотников и его сторонники были вынуждены отойти к Туле. Для подавления крестьянского восстания политическая целесообразность требовала от царя коррекции его образа «боярского царя». Два законодательных акта провозгласили начало нового курса: указ от 7 марта 1607 г. отменил принудительную передачу холопам порядных записей. Если это должно было оказать влияние на сторонников Болотникова из этого слоя, то Уложение от 9 марта того же года имело целью приобретение симпатий служилых дворян-помещиков: были не только возобновлены право на возврат беглых крестьян и запрещение принимать таких крестьян, но и продлен с пяти до пятнадцати лет срок соответствующих мероприятий. Де-факто это означало ужесточение положений, устанавливавших, начиная с 1592 г., прикрепление крестьян к земле (крепостное право) и приписываемых противнику Шуйского, Борису Годунову. Это соответствовало желаниям служилых землевладельцев.