Если уже через несколько недель можно было почувствовать растущее недовольство новым режимом, то трудности царя еще больше возросли, когда Сигизмунд III и нунций Рангони стали напоминать о выполнении обещаний, данных в свое время «царевичем». Если бы их содержание стало известно, то это стало бы концом новой власти. Царю оставалось надеяться только на время. Формирование войск для участия в походе Польско-Литовского государства против Ливонии вряд ли было возможно, а о передаче территорий (король дополнительно увеличил свои требования) нечего было и думать. Положение Сигизмунда III было угрожающим: нужно было отбивать нападения шведов с территории Ливонии, наметились столкновения с образовавшейся против него конфедерацией. Связей с этой конфедерацией и искал Лжедмитрий. Соблюдение формальностей не исключало дипломатических уколов, таких, как отказ признать царский титул Лжедмитрия.
Нужно было успокоить и Рим. Через Антония Поссевино, иезуита, посредничавшего на переговорах о перемирии 1581 г., новый царь мог доносить планы нового похода против турок одновременно с жалобами на Краков, не признававший царский титул. Папа Павел V в своем ответе взял инициативу в свои руки и предложил союз с Габсбургами, разумеется, он напомнил об обязательствах Лжедмитрия в церковной сфере. Как явный успех оценили в Москве осуществление прямых контактов с папским престолом. Тем самым становилась ненужной посредническая роль краковского нунция. В Кремле могли с удовлетворением отметить, что в посланиях курии использовалось обращение «Serenissimus et invectissimus Imperator» («светлейший и непобедимейший император»). Оно, возможно, подразумевало отдаление от Польско-Литовского государства и приобретение Рима в качестве посредника.
Бракосочетание царя состоялось в Кракове осенью 1605 г. по доверенности согласно католическому обряду. Дьяк Афанасий Власьев, представлявший Лжедмитрия, являл собой при этом не очень счастливую фигуру. Отъезд будущей царицы затянулся до весны 1606 г., ее сопровождала необычайно большая свита, насчитывавшая, по сообщениям, 2000 человек. В начале мая она въехала в Москву. Ее отец настойчиво напомнил об обещаниях и получил первые выплаты. Православное венчание состоялось 8 мая, празднества начались на следующий день. Москвичи посчитали выбранное время неудачным, поскольку 9 мая пришлось на пятницу, то есть день поста, и, кроме того, день особо почитаемого святого Николая. Многие напряженно ожидали, будет ли польская невеста соблюдать в Успенском соборе литургические правила православной церкви. Как ни старались совершить обряд причастия тайно, но все же пошел слух о том, что царица предпочла католический ритуал. Празднества следующего дня шокировали москвичей, для которых балы маскарады и фейерверк были чем-то поразительно чуждым. Барское поведение прибывших на праздник польских гостей приводило к тяжелым инцидентам. Царь неоднократно получал предупреждения об опасности мятежа, но отмахивался от них. Между тем он пустился в весьма примечательное предприятие. Среди терских казаков объявился человек, утверждавший, что он сын царя Федора Ивановича. Его сопровождал казачий отряд, для которого он принял распространенное в народном эпосе имя «Илья Муромец». Как бы абсурдна ни была эта легенда, но царь пригласил своего «племянника» с его сторонниками в Москву. Тот опоздал.
Нараставшая в Москве нервозность стала для главных лиц группы заговорщиков, возглавляемой братьями Василием, Дмитрием, Иваном Шуйскими, удобным случаем для осуществления их замысла. Они распространили среди населения и в гарнизоне слухи о том, что царю угрожает его польское окружение, и что он нуждается в защите. Этот призыв мобилизовал людей, после чего сравнительно легко удалось с помощью других лозунгов превратить недовольство в ярость и обратить ее против царя: он-де, католик, инструмент в руках поляков, обманщик и предатель. 16 17 мая 1606 г. произошли массовые нападения на польских панов, которые все еще присутствовали на празднествах. Большей части их удалось спастись в домах. Тем не менее число жертв по оценкам составило 500 человек. Сторожевые отряды в Кремле оказали лишь слабое сопротивление, приближенные царя были убиты. Сам царь умер после попытки бегства, во время которой он, 17 мая 1606 г., был тяжело ранен выстрелом из ружья. Его труп был выставлен на Красной площади, затем сожжен. Пеплом выстрелили из пушки в направлении Запада.
Царицу Марину, ее отца и их многочисленную свиту доставили в Ярославль и интернировали там. Польских пленных вывезли в разные города. Не тронули только королевское посольство, доставившее поздравления от Сигизмунда III: посланников продержали под домашним арестом до осени 1608 г. Патриарха Игнатия сослали в Чудской монастырь. Мать «царевича» выступила свидетельницей против самозванца, ставшего царем. Теперь она заявила, что признала мнимого сына под нажимом.