Никон, который издал первое реформаторское постановление в феврале 1653 г., хотел повернуть вспять начавшееся с середины 15 в. и санкционированное «Стоглавным собором» 1551 года особое развитие русского православия и, тем самым, восстановить культовое единство с киевской митрополией, имея в виду и воссоединение с Украиной, которому он особенно способствовал (см. ра нее). Для этой цели он запрашивал множество материалов у восточных патриархов и дважды посылал Арсения Суханова на Ближний Восток для покупки источников. При этом Никон мог сослаться на отмену подлинных нарушений, например на запрет «многоголосия», то есть одновременного пения разных частей литургии для сокращения богослужения, который был, наконец, принят в 1651 г., несмотря на сопротивление его предшественника. Сам он провел, кроме прочего, следующие реформы: уменьшение количества земных поклонов (метаний), трехкратная аллилуйя вместо двухкратной, изменение направления движения вокруг алтаря (теперь с запада на восток), изменение покрова алтаря, уменьшение количества просфор с семи до пяти, введение четырехконечного креста наряду с продолжавшим находиться в обиходе восьмиконечным, написание слова «Иисус» вместо «Исус», троеперстие (в знак триединства) вместо двоеперстия (в знак двух ипостасей Христа).
Реформы Никона вызвали глубокое беспокойство среди населения, особенно запрет писать иконы в распространившемся к тому времени западном стиле, в то время как греческие книги часто печатались в католической Венеции. Разразившуюся в 1654 г. эпидемию чумы расценили как гнев божий, обращенный на Никона. Отмена двуперстного крестного знамения, которое, впрочем, часто выполняли пятью пальцами, привела к резкому протесту его бывших друзей из кружка ревнителей, с которыми он совершенно нс советовался.
На их стороне все активнее выступал упорный противник Никона протопоп Аввакум Петрович, который стал вождем всех тех, кто придерживался освященных длительным употреблением ритуалов и таким образом защищал национально религиозные представления, то есть «старообрядцев», или «староверов». Он хотел спасти идею Москвы как «третьего Рима» в отличие от греков, будто бы отступивших от истинной веры и наказанных константинопольскими событиями 1453 г. Оба, Аввакум и Никон, были непреклонны, но Никон обладал властью и дружбой царя. Аввакум и его сторонники уже были арестованы в 1653 г., а сам он был впервые сослан в период с 1655 по 1663/64 г., а затем еще раз на два года за новые обвинения против Пикона. Алексей Михайлович, стремившийся к согласию, лично говорил с Аввакумом, надеясь примирить его с церковью, но церковный собор 1667 г. не видел другой возможности, кроме отлучения его от церкви, и таким образом начал в год Андрусовского мира церковный раскол. Последние пятнадцать лет до того, как его сожгли на костре, Аввакум провел в ссылке, где наряду с множеством челобитных написал свое житие, знаменитый памятник литературы и образец стиля.
Конечно, глубинные причины раскола заключались не только в приверженности старинным обрядам, хотя догматизм и невежество русских попов, которые не могли отличить догматическую сущность веры от деталей литургии, были важным фактором. Речь шла также о социальном движении, в котором выражался протест против закрепощения крестьян, стремления правительства к централизации и увеличения количества западных новшеств. Поэтому движение Аввакума ширилось перед лицом грядущего конца света (реформы называли первым актом апокалипсиса), особенно на севере, и привело к множеству жертв, первой из которых стал уже в 1656 г. святой мученик епископ коломенский Павел. Мощный староверческий центр образовался с 1658 г. в Соловецком монастыре на Белом море. Сопротивление новым обрядам 450–500 монахов и других жителей монастыря, многие из которых бежали туда во время движения под руководством Разина, между 1668 и 1676 гг. выросло до настоящего восстания, которое царь подавил стрелецкими войсками, вдвое превосходившими по численности количество восставших. Хорошо укрепленный монастырь в конце концов пал в результате предательства, а правительство таким образом создало новых мучеников. Крестьянское восстание под руководством Разина также имело широкий резонанс среди староверов.