Значительные расходы на армию были связаны с ее ре формой, которая также продолжалась в течение нескольких десятилетий и была завершена Федором Алексеевичем. Целью реформы была замена старого дворянского ополчения регулярным войском, которое уже составляло 60 75 % всей армии. В целом царь располагал армией примерно в 200 000 человек, включая украинских казаков, но еще более важным было изменение структуры, начавшееся с формирования первых «полков нового строя» в 30-е годы (см. главу «Михаил Федорович»). Зримым выражением этого было снижение доли дворян в армии с 34 до 8 %. Однако в интересах дворянства и по финансовым соображениям ополчение было пока не полностью ликвидировано, и даже попытка введения единого названия «солдаты» по случаю большого рекрутского набора 1680 г. удалась не сразу. Стрелецкие офицеры бунтовали даже против новых чинов «полковник» и «капитан» вместо «старшина» и «сотник» (см. главу «Иван V и регентша Софья»), Напротив, успешным была организация сначала девяти, а затем восьми военных округов по всей территории государства, значительно облегчившая проведение рекрутских наборов. Впоследствии они послужили Петру Великому основой для деления страны на губернии.
С военной реформой, или реформой службы, связана ликвидация местничества. Эта система иерархии при дворе и служебных назначений, представлявшая собой смешение родовых и выслуженных прав, из-за множества местнических споров, решавшихся иногда в судебном порядке, препятствовала эффективному исполнению служебных обязанностей и поэтому уже дважды ограничивалась: в 1550 г. из-за военного времени, в 1621 г. из-за дипломатических миссий — оба раза с умеренным успехом, так как высшее дворянство, которое в отличие от западноевропейского дворянства было полностью закреплено службой, закладывало в основу иерархии преувеличенное понятие о чести. Местнические правила не соблюдались уже при коронации Федора 16 июня 1676 г., а затем с 1679 г. местнический порядок вообще не предписывался, даже при религиозных процессиях. В это время разумным государственным людям было ясно, что местничество больше не соответствует духу времени, так как оно, с одной стороны, уже проникло в нижние слои (дьяков, крупных торговцев), а с другой — все большее значение приобретали заслуги. С середины века быстро сошли на нет и местнические процессы. Все же к полной отмене местничества пока шли окольными путями.
Предположительно в августе 1681 г. три фаворита царя: выходцы из низов Языков и Лихачев, а также представитель старинного рода Голицын, представили проект четырех па кетов реформ, одобренных Федором. Первый пункт предусматривал отмену местничества и составление вместо него табели о рангах из 35 (во второй редакции 34) классов, по которым были распределены 83 из существовавших в то время сановников. Второй проект касался учреждения наместничества, при котором назначение осуществлялось исключительно по принципу заслуг. В качестве титулов такие «должности» в разных городах до сих пор присваивались только в индивидуальном порядке дипломатам, которые должны были вести переговоры с титулованными иностранцами, чтобы не поставить их в невыгодное положение по сравнению с последними. Двенадцати вновь созданным наместничествам в третьем подпроекте соответствовало увеличение количества крупных епархий до 12, причем роль здесь, по-видимому, играла и символика двенадцати апостолов, как и число 70 (70 учеников Христа), до которого предлагалось увеличить количество мелких епархий. Наконец, четвертый пункт предусматривал переустройство судебных и административных учреждений. При этом авторы опирались на реформу боярской думы, которая уже состоялась осенью 1680 г. Поскольку дума из за множества назначений насчитывала около 170 членов и, несмотря на целый ряд бюрократических предписаний, регламентирующих совещания, была неспособна принимать решения, то — также в духе абсолютистской рационализации была образована постоянная расправная палата, в которую входили до двадцати членов, выносившая решения в тех случаях, когда этого не могли сделать приказы. Проект предусматривал ограничение компетенции этой палаты, как высшей судебной инстанции, в то время как общее управление должна была принять на себя ответная палата. Во главе ее ставился «дворовый воевода» Голицын, которому таким образом отводилась бы роль премьер-министра.