Преподавание на восточном факультете Ольденбург сочетал с интересом к современным политическим течениям. К концу века его постоянно сопровождала тревога из-за неослабевающего вмешательства самодержавия в академическую жизнь. Прочитав в The Times статью о новых правилах, предписывающих университетской администрации более пристально следить за своими студентами, он признавался в письме Розену, что мечтает о том дне, «когда можно будет дышать свободно в России, а не теперь, когда все что честно, все что мыслит, пригнетается и душится»791
. Летом 1899 г. после новой волны студенческих беспорядков в Санкт-Петербурге университет уволил нескольких профессоров, подозревая их в симпатиях к протестующим. Ольденбург был в ярости и писал Розену, «что ввиду изгнания из университетов людей, с которыми яПрофессор полностью осознавал, что с увольнением из университета закончится его академическая карьера. Какое-то время он рассматривал идею переезда в провинцию, чтобы работать в земстве. Но его коллеги были с ним не согласны. В Академии наук как раз в тот момент освободилась кафедра санскрита. И благодаря инициативе Розена в первую очередь Ольденбург был принят большинством голосов в академики в феврале 1900 г.
На протяжении 34 лет своей жизни Ольденбург в разных статусах был тесно связан с жизнью Академии. Именно здесь расцвели его управленческие таланты. В 1903 г. он получил звание полного академика, на следующий год его избрали непременным секретарем, и эту должность он сохранил вплоть до увольнения в 1929 г. Вся деятельность Ольденбурга была направлена на защиту интересов Академии. Он успешно пролоббировал в Думе увеличение вечно дефицитного бюджета Академии, ему также удалось сохранять политическую независимость организации.
Это совершенно не означает, что Ольденбурга больше не интересовала политика. В январе 1905 г., когда непопулярная война с Японией вызвала в империи революционные беспорядки, он вместе с 16 академиками подписал открытое письмо «О нуждах образования (меморандум 342 ученых)». Опубликованное в петербургской ежедневной газете «Русь» письмо призывало самодержавие прекратить вмешиваться в дела школ и университетов. В заявлении провозглашалось, что «академическая свобода несовместима с современным государственным строем России», и далее осуждалась «внушаемая преимущественно соображениями полицейского характера» политика в области образования793
. Не удивительно, что этот шаг вызвал острое неприятие со стороны президента Академии великого князя Константина Константиновича, высказавшего резкие упреки членам Академии за вмешательство в политику. Однако Ольденбург и его коллеги не отступили. Он с вызовом писал великому князю: «Я не только академик, а я и человек и гражданин, и мне неизвестный такой закон… который запрещал бы мне высказывать открыто свои взгляды на просвещение в России»794. Константин Константинович вскоре согласился и даже извинился перед членами Академии.Более всего Ольденбурга беспокоило нетерпимое отношение самодержавия к национальным меньшинствам империи. Поддержав Ламу Доржиева в деле строительства дацана в Санкт-Петербурге, он также участвовал в деятельности Академии по борьбе с русификацией Украины. Свои опасения академик выразил в письме 1910 г. сыну Сергею (взгляды которого были более правыми): «Ужасно, что эта травля “инородца” идет всюду – Кавказ, Польша, Поволжье, мусульмане, не говоря уже о евреях, – травят десятки миллионов людей»795
. Взгляды Ольденбурга по этому вопросу разделяли многие коллеги. В отличие от миссионеров и некоторых правительственных чиновников, академические и университетские ученые высказывались против русификации, а некоторые даже осмеливались поощрять национальное движение среди «инородцев»796. Как указывает Натаниэл Найт, симпатия к объектам своих ученых занятий «была распространенным профессиональным риском» среди российских ориенталистов797.Одним из наиболее ярких высказываний Ольденбурга по вопросу отношений между образованием и обществом стала статья для влиятельного сборника «Проблемы идеализма», изданного за год до избрания его академиком. Это издание 1902 г. стало первым в ряду контратакующих выпадов против жесткого догматизма русской революционной интеллигенции со стороны либералов и бывших марксистов798
. Статья Ольденбурга «Ренан как поборник свободы мысли» была посвящена французскому религиоведу XIX в., которого высшее католическое духовенство преследовало за объективистский подход к истории жизни Иисуса799.