У первых двух магистров, Герарда и Раймонда дю Пюи, было несколько разных титулов. Именно в правление дю Пюи титул magister
получил всеобщее распространение, хотя в дальнейшем на некоторых особенно важных документах и на печатях встречается надпись pauperum Christi custos. Титул Великий магистр (magnus magister) появляется в XII в., но во всеобщее употребление он входит только после 1489 г. К 1206 г. были разработаны этикет его двора и все остальные атрибуты, полагавшиеся ему по должности. Генеральный капитул разрешил магистру иметь боевого коня, арабского скакуна и мула. Его должны были сопровождать грум (слуга) и 3 эсквайра (оруженосца), все на конях, и 2 брата-рыцаря, его компаньона, каждому из них полагалось по 4 коня. За домашним хозяйством магистра следил брат-сержант, который был его сенешалем. Магистра сопровождали священник и причетник, которых обслуживали эсквайр, писарь, туркопол, повар и ковочный кузнец. Багаж перевозили на двух вьючных животных, к которым был приставлен погонщик. Количество обслуги в следующем столетии почти удвоилось. В 1268 г. у магистра уже было два писца, а к 1300 г. его уже обслуживали камердинеры. В 1302 г. Гийому де Вилларе было разрешено иметь до 4 коней и мулов, 4 грумов, 3 конных эсквайров, комнатного пажа, мальчика на посылках, 3 сержантов-пехотинцев, знаменосца, 2 рыцарей-компаньонов с 3 лошадьми, 2 эсквайрами и 2 грумами. У его сенешаля было 2 коня, эсквайр и слуга. В услужении у него также были священники, каждый из них имел коня и эсквайра, который управлял мулом или конем, которые перевозили их имущество; 2 писца, каждый с лошадью и грумом, кузнец, повар и поваренок, дворецкий и цирюльник.Во второй половине XII в. символами магистерской власти были ремень, кошелек и печать. Магистр имел свою печать почти со времени учреждения своей должности. Однако в течение XII в. у него появились еще два предмета: свинцовая висячая печать, которая первоначально была большой печатью ордена, и восковая печать, которой скреплялись менее важные документы. Несмотря на то что форма печати в середине XIII в. немного изменилась, свинцовые печати в своей основе выглядели как прежние: свинцовые диски, свешивавшиеся на белой и красной шелковой тесьме. На лицевой стороне было изображение магистра, преклонившего колени перед патриаршим крестом, по обеим сторонам которого стояли буквы альфа и омега, а по окружности диска было написано его имя. На обратной стороне находились два изображения одного человека: возлежащего на тюфяке и на похоронных дрогах. Восковую печать начали использовать до 1206 г. Она была отпечатана на черном воске и не имела обратной стороны, но на лицевой стороне был изображен поясной портрет магистра с крестом на левой стороне груди. Вокруг него тоже было написано его имя.
В управлении орденом магистр опирался на ведущих членов Конвента. Термин «конвент» обозначал любой дом, где постоянно проживали братья, но в узком смысле слова он обозначал резиденцию администрации ордена в Иерусалиме, Акре и Лимасоле и госпитальеров, там проживавших. Впервые это название появляется в 1140 г.; к 1170 г. он обрел узнаваемые черты, а в XIII в. уже было несколько известных конвентов.
Сначала появились конвентуальные бейлифы, игравшие важную роль в руководстве ордена. Госпитальеры продолжали экспериментировать, создавая новые должности для руководителей. В 1126 г. появились канцлер и констебль, последний, вероятно, был подчиненным маршала до, самое позднее, 1169 г. В период между 1141 и 1152 гг. существовали госпитальные дворецкие, в 1141 г. появилась должность сенешаля. Между 1157 и 1186 гг. появились magistri
или custodies asinariae, которые, вероятно, были ответственными за собственность Госпиталя и сбор ренты в Иерусалиме. Ни одна из этих должностей долго не просуществовала, но постепенно образовались должности пяти конвентуальных бейлифов: Главного командора, маршала, госпитальера, драпьера и казначея. В начале XIV в. их количество увеличилось – появились должности адмирала и туркопольера. Еще один высокопоставленный руководитель ордена, конвентуальный приор, имел больше прав, чем конвентуальные бейлифы, среди которых были наиболее важными Главный командор и маршал. В 1206 г. казначей занял более высокое положение в ордене, чем госпитальер и драпьер; позднее он не только оказался ниже их на служебной лестнице, но уступил место адмиралу и туркопольеру. За исключением конвентуального приора капитулярные бейлифы назначались и были ответственны перед Генеральным капитулом. К концу XIII в. они получили большие привилегии. Всех их считали, каждого на своем месте, представителями магистра. Гийом де С. Стефано подчеркивал их независимое положение; он сравнивал магистра с капитаном корабля, который ведет его вперед, но сам не поднимается на мачты и не ставит паруса. Точно так же, писал он, магистр не вмешивается в ежедневные рабочие дела своих администраторов.