Совет при магистре, ставший важным органом управления в последующей истории ордена, в это время, должно быть, уже существовал. Но нет надежных свидетельств этого, и решения Конвента обычно готовились на капитуле. Это было наиболее характерной чертой администрации Госпиталя. Капитул представлял собой собрание братьев какого-либо одного конвента под началом своего настоятеля; и для всего ордена правила проведения капитула были одни и те же. Капитул помогал настоятелю в управлении и исполнял обязанности не только административного органа, но и суда. Его можно сравнить с институтом современных церковных орденов и светским парламентом. В сирийских документах ордена понятия «капитул» и «конвент» взаимозаменяемы. И магистры не переставали подчеркивать, что они не принимают решений самостоятельно, но обязательно советуются с Конвентом на заседании капитула и получают его согласие. В отсутствие магистра его заместитель или Главный командор председательствовали на собрании, которое созывалось каждое воскресенье. С ударом колокола собирались местные администраторы и братья и приезжие бейлифы из Сирии.
Каждый капитул выполнял одновременно и судебные функции. Но именно суд Конвента был высшим постоянно действующим судом в ордене. Только Генеральный капитул мог временно взять на себя выполнение его обязанностей. Он имел большие административные полномочия и, как утверждалось, управлял орденом вместе с магистром. В случае смерти магистра или его отречения он брал управление на себя.
Раз в год собирался провинциальный капитул на Востоке, на который приглашали всех сирийских кастелянов и командоров. В начале произносилась проповедь, а затем по велению магистра зачитывались отдельные статуты; особую молитву произносил конвентуальный приор.
Генеральный капитул делил власть с магистром и Конвентом, хотя собирали его нерегулярно. На капитуле присутствовали магистр и члены Конвента, все братья-воины, служащие в Сирии, и капитулярные бейлифы из Европы. Генеральный капитул отличался от обычного большим числом участников и торжественностью своих заседаний, но важнейшим был факт, что он был наделен не только административной и судебной властью, подобно обычным капитулам, но и законодательной. Только он мог принимать статуты, и его указы требовали неукоснительного выполнения. Он назначал и отзывал капитулярных бейлифов. Без его разрешения было невозможно отчуждение земельных участков. Это был суд в последней инстанции.
Трудно сказать, когда он окончательно сформировался. В преамбуле к первым статутам не говорится, существовала ли вначале необходимость вызывать европейских приоров в Иерусалим, или же магистр и Конвент сами принимали в торжественной обстановке статуты. С другой стороны, практика цистерцианцев, которая оказала влияние на многие ордена, уже утвердилась к середине XII в.; и трудно представить, чтобы управление отдаленными территориями могло продолжаться в отсутствие сотрудничества с центральными властями. Термин
Однако именно капитул 1206 г. утвердил порядок проведения Генерального капитула; и он сохранялся с небольшими изменениями до конца XIII в. Для участия в капитуле помимо магистра, Конвента и капитулярных бейлифов вызывали представителей провинций с одобрения Конвента. Если магистр желал собрать Генеральный капитул, но отсутствовал на тот момент в Акре, Конвент посылал своих представителей для участия в собрании. Капитул начинался со служения мессы Святому Духу. Собравшиеся братья пели Veni creator, читалось Евангелие Cum venerit filius hominis in majestate sua; затем священник произносил проповедь и зачитывался текст Устава. Магистр обращался к участникам капитула с напутственным словом, и любой брат, который помнил старые обычаи ордена, мог рассказать капитулу о них. После того как завершалась вступительная часть, капитулярные бейлифы давали подробную информацию о состоянии дел на подвластной им территории, слагали свои инсигнии и подавали отчеты в письменной форме. Их зачитывали. Капитул выслушивал жалобы магистра и братьев на других членов ордена и выносил решение после судебного разбирательства.