Первый кризис случился в конце 60-х гг. XII в. Мы уже говорили об обстоятельствах отречения магистра Жильбера д’Эссайи и о требованиях Конвента на капитуле к магистру выполнить определенные обещания, прежде чем принять его обратно в орден. Разумеется, это были новые условия, и Жильбер отказался признать их, но они были важны. Конвентуальные братья просили, чтобы в будущем магистр не приобретал замков на границе владений сарацин, не обременял финансовое положение Госпиталя излишними расходами и не начинал какое-либо большое предприятие, не поставив их в известность. Когда два года спустя папа Александр III утвердил избрание преемника Жильбера, он одновременно ввел новые ограничения власти магистра, которые вошли в текст его присяги. Вновь избранный магистр должен был придерживаться старых и полезных обычаев ордена. Он не должен был предпринимать каких-либо важных решений без согласия капитула или большей части его членов. Это касалось выборов провинциальных администраций, вопроса приобретения и строительства замков на границе владений сарацин. Ни один брат не был обязан приносить ему присягу лично, но только на собрании капитула, не мог он присягать и кому-либо еще без согласия на то большинства капитула. После кризиса 1170 г. магистр мог решать любой важный вопрос, не получая согласия Конвента, и его действия ограничивались законами, принятыми при его предшественниках.
Следующий важный шаг Генеральный капитул предпринял, вероятно, в 1206 г. во время правления Афонсу Португальского. В 1299 г. до Конвента дошло известие, что Афонсу лишился поста магистра по причине того, что он собрал капитул вне границ Иерусалимского королевства. В XIII в. господствовало мнение, что конвентуальные братья отказались выполнить его приказ и что он не одобрял статуты, принятые капитулом. Мы предположили, что эти истории были частью той же самой традиции и что действия этого Генерального капитула вызвали еще один конституционный кризис: определенно статуты трактовали не в пользу магистра. После своего избрания ему пришлось обещать в присутствии собравшихся братьев, что он будет соблюдать обычаи и статуты Госпиталя и поступать по совету Конвента и придерживаться решений Генерального капитула. И хотя он созывал Генеральные капитулы и председательствовал на них, каждый раз он был обязан следовать предложенному ему совету. Он не имел права голоса при назначении капитулярных бейлифов, хотя формировал выборный комитет и назначал его председателя, который консультировал его по всем вопросам. Участие в работе комитета компаньонов магистра, входивших в него по должности, давало возможность последнему опосредованно влиять на принятие решений. Именно Генеральный капитул был обязан вызывать административных руководителей провинций для участия в судебном разбирательстве. Результаты применения статутов понятны. Права магистров трактовались ими не в его пользу. Магистр был связан в своих действиях присягой, которая предполагала коллективное управление, и магистр не мог непосредственно контролировать назначение руководителей своей администрации, высшей инстанцией для которых был Генеральный капитул.