Затем приступали к рассмотрению самого важного вопроса. Магистр назначал подкомитет в составе самых опытных братьев из каждого ланжиса. Конвентуальный приор и компаньоны магистра входили в него по должности. Магистр обращался к братьям на капитуле с вопросом, не хотели бы они выбрать кого-то еще в комитет, который удалялся для совещания вместе с магистром. Он принимал законы для ордена в случае необходимости и заслушивал послания с заморских территорий. Затем происходило назначение капитулярных бейлифов. Магистр играл при этом второстепенную роль, так как комитет продолжал обсуждение вопросов уже в отсутствие магистра под председательством назначенного им брата. Комитет рассматривал кандидатуру бейлифа, вызывал магистра, чтобы выслушать его мнение, и, когда он уходил, голосовал за кандидатов. Вначале назначали Главного командора, затем – одновременно госпитальера и казначея, и уже потом – одновременно маршала и драпьера. Комитет завершал свою работу выбором бейлифов Сирии и капитулярных приоров, кастелянов и командоров Европы.
Магистр и братья затем принимали отзывные грамоты. Тем, кто хотел отложить рассмотрение жалоб до следующего капитула, предоставляли такую возможность. Любой из братьев, который оставил орден, мог в последний день работы капитула обратиться к нему с просьбой о прощении. Магистр произносил краткую речь, разъясняя значение статутов, что были приняты, и капитул заканчивался молитвой, которую произносил конвентуальный приор.
В начале XIV в. в ордене произошли некоторые организационные изменения. Возможно, это объяснялось усложнением системы управления. Появилась необходимость в создании новых должностей: еще двух конвентуальных бейлифов и нескольких капитулярных бейлифов в Европе. В 1304 г. к тем должностным лицам, что представляли отчеты о своей деятельности, добавили инфирмария – попечителя госпиталя. Все произошедшие изменения можно разделить на две группы. Одни изменения носили процессуальный характер. Должно быть, в ордене пришли к пониманию того, что недели для проведения Генерального капитула недостаточно. Статуты 1300 г. позволили продлить работу капитула до десяти дней. В добавочные дни можно было рассмотреть новые вопросы и принять по ним решение, при условии, что оно не противоречит статутам, принятым прежде. К 1304 г. десятидневные заседания капитула стали нормой. И их продолжительность теперь в случае необходимости могла быть увеличена до 18 дней. Тем временем светские сеньоры предпринимали постоянные попытки назначить капитулярными бейлифами своих фаворитов. В 1301 г. было принято постановление, что никакие просьбы сеньоров не могут быть приняты к рассмотрению до тех пор, пока капитул не рассмотрит свои дела.
Изменения, которые относятся ко второй группе, связаны, видимо, с намерением Гийома де Вилларе проводить капитулы чаще. В XII–XIII вв. Генеральные капитулы созывались нерегулярно, хотя позднее они начали собираться с пятилетними и десятилетними интервалами. Имеется свидетельство, что европейские приоры не всегда присутствовали на капитулах, как того от них требовалось; и редко бывало, чтобы все бейлифы посещали Генеральные капитулы. Для них слишком частые путешествия на Восток представляли определенные трудности, хотя их затраты на поездки компенсировались из казны ордена.
Вероятно, к концу XIII в. стало обычаем совершать визиты в Центральный конвент один раз в пять лет. И в 1296 г. одна из жалоб конвентуальных бейлифов заключалась в том, что новых приоров вызывали сразу же после их назначения. К этому вопросу вернулись вновь, когда Гийом де Вилларе вознамерился собрать Генеральный капитул в 1300 г. в Авиньоне, всего лишь три года спустя после капитула в Марселе. Конвентуальные бейлифы вышли победителями в трудном споре с магистром. Но, по-видимому, они пошли на компромис в вопросе о необходимости частого созыва Генеральных капитулов. Последние собирались ежегодно между 1300 и 1306 гг. Согласно статуту 1301 г. каждый год для участия в работе капитула должны были вызывать двух или больше приоров, и в первую очередь тех, кто дольше всех не был на Востоке. По-видимому, планировалось проводить капитул каждый год, и принимать в нем участие должны были конвентуальные бейлифы и братья, бейлифы с Востока и только несколько администраторов из Европы. Эксперимент, по-видимому, закончился провалом, поскольку статут был аннулирован в 1304 г., и нет свидетельств о созыве Генеральных капитулов между 1306 и 1311 гг.