Поздняя история княжества Антиохия едва ли была менее бурной, чем история Иерусалимского королевства. В первое двадцатилетие XIII в. шла война за наследство между Раймундом-Рубеном, которого поддерживали армяне и госпитальеры, и Боэмундом IV, в союзниках у которого были тамплиеры. К середине 1220-х гг. Боэмунд одержал победу, но в 1233 г. умер. Энергичный, но беспринципный, он был опытным политиком и имел репутацию знающего законоведа. Его наследники продолжали называть себя князьями Антиохийскими, но редко посещали город, который сохранял полуавтономию и был в течение длительного времени отрезан мусульманами Лаодикеи от своих властителей и территорий в графстве Триполи. В 1268 г. Бейбарс появился у города Триполи, но не смог взять его, и, поведя свои войска на север, обрушился всеми своими силами на Антиохию. Взятие города сопровождалось страшной резней.
Боэмунд V имел поддержку вассалов Триполи и, в отличие от своего предшественника, находился в хороших отношениях с Римом, несмотря на то что предоставил убежище Томмазо д’Аччера, представителю императора Фридриха II. После смерти Боэмунда V в 1252 г. его вторая жена Люсьен управляла княжеством, но ее регентство не имело поддержки в народе. Вмешался Людовик IX Святой, отстранил ее от власти и устроил брак Боэмунда VI с дочерью царя Киликийской Армении Хетума I, который привел к тесному союзу между обоими государствами. В 1258 г. Боэмунд попытался добиться права наследования Иерусалимского трона для своего племянника короля Кипра Гуго. Однако его внимание было отвлечено событиями в Триполи, где генуэзское семейство Эмбриако, сеньоров Гибелета, пыталось создать независимое государство. Их восстание поддержали сеньоры, недовольные правлением Боэмунда. Графство было спасено только благодаря вмешательству отряда тамплиеров, а Бертран Эмбриако убит.
Тем временем Боэмунд последовал примеру Армянского царства и начал искать союза с монголами. Благодаря договору с ними, хотя его не поддерживали сеньоры в Акре, Боэмунд смог вернуть Лаодикею. Но повторное возвращение греческого православного патриарха в Антиохию, состоявшееся с согласия Боэмунда, привело к его отлучению. После падения Крак-де-Шевалье в 1271 г. он заключил с Бейбарсом перемирие на десять лет, а спустя четыре года умер, оставив 14-летнего сына Боэмунда VII и дочь Люсию. Регентом стала его вдова Сибилла. Боэмунд VII начал править в 1277 г. и в 1281 г. продлил перемирие с мамлюками. Но его вассалы недолюбливали его; и тамплиеры, епископ Триполи и семейство Эмбриако подняли восстание. Госпитальерам удалось примирить враждовавшие стороны, но в 1282 г. итальянцы и тамплиеры восстали вновь. Планируемый ими переворот в графстве Триполи провалился, и они бежали к госпитальерам, которые выдали сдавшихся заговорщиков князю, поставив ему единственное условие, что их жизни будут сохранены. Боэмунд VII не выполнил договоренности.
Лаодикея была захвачена мамлюками в 1287 г. Боэмунд VII умер бездетным в том же году, и ему наследовала его сестра Люсия, которая хотела дать место в администрации непопулярному епископу Тортосы. Тогда дворяне, объединившись с купцами, провозгласили династию низложенной и учредили коммуну, первый мэр которой был один из семьи Эмбриако. Однако в начале 1288 г. Люсия явилась, чтобы занять свою резиденцию, и была признана графиней. Произошло это отчасти потому, что ее поддержали духовно-рыцарские ордена, а отчасти из-за того, что члены коммуны опасались амбиций семейства Эмбриако и генуэзцев.
Триполи не был готов к обороне. В конце марта 1289 г. султан Калаун осадил город, который защищали отряды тамплиеров, госпитальеров, итальянцев и киприотов. Осадные машины мусульман оказались эффективными, и стены начали обваливаться. Итальянцы дезертировали, и это подорвало дух оборонявшихся. И когда 26 апреля войска султана пошли на приступ, они не встретили особого сопротивления. Ботрон и Нефин были заняты несколькими днями позже. Только Гибелет все еще оставался в руках франков, и крестоносцы удерживали его еще восемь-девять лет под пристальными взорами мусульман.
Царство Киликийская Армения