Гарнье де Напль стал магистром в конце 1189 или в 1190 г. Он мог происходить из известного франкского семейства Мийи, представители которого были сеньорами Неаполиса (Наблуса) и Заиорданья, а Филипп де Мийи был Великим магистром ордена тамплиеров в 1169–1170 гг. Карьера Гарнье в ордене была блистательной. Возможно, он был кастеляном Бетгибелина с 1173 по 1176 г. Затем он был назначен Главным командором и оставался на этом посту до 1184 или 1185 г., когда Гарнье стал приором Англии. Он вполне мог совмещать пост приора Англии и
Главного командора Франции в то время, когда его избрали магистром. Госпитальеры вряд ли могли выбрать более опытного вождя, поскольку в бытность свою приором Англии он должен был хорошо знать короля Ричарда, который питал расположение к его ордену. Возможно, именно благодаря их ранним взаимоотношениям Гарнье занимал известное положение в Третьем крестовом походе.
Госпитальеры уже сыграли важную роль в возрождении Латинской Сирии. К сожалению, они мало чем могли помочь воинам, оборонявшим Иерусалим; после короткой осады его защитники посчитали, что город невозможно удерживать дальше. Неожиданно в город явился из Тира Балиан Ибелин, который остался в живых после битвы при Хаттине. Патриарх и военачальники духовно-рыцарских орденов попросили его остаться и возглавить оборону Иерусалима. Однако вскоре Балиан понял, что нет иного выхода, как только сдаться. Госпитальеры и тамплиеры приняли участие в переговорах с сарацинами. Некоторая сумма денег, предназначавшаяся для подготовки крестового похода и высланная в Палестину английским королем Генрихом II, хранилась в Госпитале в Иерусалиме. Когда стало известно о желании Саладина, чтобы жители города дали за себя выкуп, Балиан, патриарх и почетные граждане города потребовали использовать для его выплаты английские деньги. Они напомнили, что тамплиеры потратили свою часть денег Генриха II для набора рыцарей для Ги де Лузиньяна еще до битвы у Хаттина и пригрозили выдать сарацинам командующего госпитальеров, если он не даст своего согласия. Посовещавшись с братьями, командующий согласился передать деньги. Ба-лиан вторично встретился с Саладином, чтобы окончательно обговорить условия соглашения, а госпитальеры и тамплиеры присутствовали на собрании защитников города, где эти условия были приняты. Одновременно Балиан попросил братьев орденов, патриарха и богатых горожан выкупить как можно больше жителей. Духовно-рыцарские ордена не были столь щедры, как от них ожидали, но покидавших город жителей, разделенных на три колонны, вели тамплиеры и госпитальеры, Балиан и патриарх. Десяти госпитальерам было позволено остаться в городе на год, чтобы присматривать за больными. Затем войска Саладина заняли город. С церкви госпитальеров сбили венчавший ее шпиль, а сама она была обращена в шафиитское училище. В 1192–1193 гг. Саладин передал здание своему сыну, где он проживал во время своего пребывания в Иерусалиме.