Работа над оперой началась осенью 1868 года. Мусоргский сам написал либретто, используя материалы «Истории Государства Российского» Н. М. Карамзина и другие исторические документы, несколько сократив количество сцен и действующих лиц, а также переписав некоторые стихи.
По мере сочинения отдельные сцены исполнялись в кружке «кучкистов», собиравшихся то у А. С. Даргомыжского, то у сестры Глинки Л. И. Шестаковой. «Радость, восхищение, любование были всеобщими», — вспоминал В. В. Стасов.
К концу 1869 года опера была завершена. Осенью 1870 года партитура оперы в четырех частях была представлена в дирекцию императорских театров, однако вскоре Мусоргский получил по почте конверт со штампом директора императорских театров Гедеонова. Композитору сообщали, что комитет в составе семи человек отверг его оперу. Ее посчитали слишком нетрадиционной. Одна из причин отказа — отсутствие крупной женской роли. Поэтому два следующих года композитор посвятил переработке «Бориса»: появляются польские сцены и роль Марины Мнишек, сцена под Кромами.
Все переработки оперы были горячо одобрены его товарищами. Особенно близкие отношения в этот период сложились у Мусоргского с Римским-Корсаковым. Они даже жили одно время вместе. Вот как вспоминал это время Римский-Корсаков: «Наше житье с Модестом было, я полагаю, единственным примером совместного житья двух композиторов. Как мы могли друг другу не мешать? А вот как. С утра часов до 12 роялем пользовался Мусоргский, а я или переписывал, или оркестровал что-либо, уже вполне обдуманное. К 12 часам он уходил на службу в министерство, а я пользовался роялем. По вечерам дело происходило по обоюдному соглашению… В эту осень и зиму мы оба мнбго наработали, обмениваясь постоянно мыслями и намерениями. Мусоргский сочинял и оркестровал польский акт «Бориса Годунова» и народную картину под Кромами; Я оркестровал и заканчивал «Псковитянку».
Но и этот вариант не удовлетворяет комитет, ведающий приемом опер к постановке. Лишь настойчивость певицы Ю. Платоновой, избравшей оперу Мусоргского для своего бенефиса, помогает «Борису Годунову» увидеть свет рампы. Премьера «Бориса Годунова» состоялась 27 января 1874 года. Успех ее был огромен.
Однако вскоре оперу стали давать с произвольными сокращениями, а в 1882 году вообще сняли с репертуара. «Ходили слухи, — писал по этому поводу Н. А. Римский-Корсаков, — что опера не нравится царской фамилии; болтали, что сюжет ее неприятен цензуре»;
«Борис Годунов» был возобновлен в Петербурге много лет спустя (в 1896 году) на частной сцене в редакций и инструментовке Н. А. Римского-Корсакова. Исполненная в этой редакции на сцене Русской частной оперы С. И. Мамонтова в 1898 году, опера снова получила полное признание. Партию царя Бориса пел Ф. И. Шаляпин.
«Борис Годунов» оказался первым в истории мировой оперы произведением, в котором с такой глубиной, проницательностью и правдивостью показана судьба народа. Свое детище Мусоргский посвятил товарищам по кружку.
С момента окончания оперы в новой редакции началась и новая фаза борьбы за ее сценическую постановку. Партитура вновь была представлена в театральный комитет и… вновь отвергнута. Помогла актриса Платонова, использовавшая свое положение примадонны в Мариинском театре.
Нетрудно представить себе возбуждение Мусоргского, все усиливавшееся по мере приближения премьеры. И вот наступил долгожданный день. Он превратился в подлинное торжество, триумф композитора. Весть о новой опере молниеносно разнеслась по городу, и все последующие спектакли проходили в полных залах. — Казалось бы, Мусоргский мог быть вполне счастлив.
Однако неожиданно тяжелый удар обрушился на Мусоргского с той стороны, с которой он его менее всего ожидал. Когда в феврале 1874 года в «Санкт-Петербургских ведомостях» появилась разгромная рецензия со знакомой подписью «***» (так всегда подписывался Кюи), это было точно нож в спину.
Все проходит, и постепенно улеглось возбуждение, связанное с премьерой «Бориса», рецензией Кюи и шумом, поднятым вокруг оперы прессой. Вновь наступили будни. Опять изо дня в день хождение в Лесной департамент (он работал теперь по следственной части), изготовление «дел» по нескольку тысяч листов каждое. А для себя — новые творческие планы, новые работы. Жизнь, казалось, вошла в прежнюю колею. Увы, вместо этого начался последний и самый мрачный период его жизни.
Немало было причин для того — внутренних и внешних. И прежде всего — распад «Могучей кучки», который Мусоргский воспринимал как измену старым идеалам.
Его угнетали бесконечные хлопоты, связанные с постановкой «Бориса Годунова», утомляла необходимость служить, теперь в Лесном департаменте. Угнетало и одиночество: Римский-Корсаков женился и выехал из их общей квартиры, а Мусоргский, частью по собственному убеждению, частью под влиянием Стасова, считал, что женитьба помешает творчеству. Поэтому он жертвует ради него личной жизнью. Стасов надолго едет за границу.