В 1867 году создается, наконец, первое крупное оркестровое сочинение — «Иванова ночь на Лысой горе».
60-е годы — время ожесточенной борьбы между Балакиревским кружком и так называемой консервативной партией, к которой принадлежат профессора недавно открывшейся первой русской консерватории, поддерживаемые великой княгиней Еленой Павловной. Балакирев, который некоторое время был директором Русского музыкального общества (РМО), в 1869 году от своей должности был отставлен. В противовес этому учреждению он организует цикл концертов Бесплатной музыкальной школы, но борьба заведомо была проиграна, так как, в отличие от РМО, БМШ никем не субсидируется. Мусоргский загорается идеей изобразить в музыке противников «Могучей кучки». Так возникает «Раек» — уникальное сатирическое вокальное сочинение, по словам Стасова, шедевр «талантливости, едкости, комизма, насмешки, блеска, пластичности… Хохотали до слез даже сами осмеянные, так была талантлива и заразительно весела, забавна эта оригинальная новинка».
Пристрастие композитора к юмору, насмешке как нельзя более соответствовало характеру другого его замысла. По совету Даргомыжского Мусоргский начал писать оперу «Женитьба» на сюжет Н. В. Гоголя. Задача его была нова и неслыханна до того: написать оперу на прозаический текст гоголевской комедии. Однако опера не была закончена по причине, о которой сам автор сказал: «Женитьба» — это клетка, в которую я засажен, пока не приручусь, а там, на волю» (в XX веке «Женитьба» была закончена М. М. Ипполитовым-Ивановым). И в то же время это был очень смелый эксперимент композитора — вокальные партии основаны на непосредственном претворении интонаций живой разговорной речи.
«Ну, этот заткнул меня за пояс!» — сказал в сердцах мэтр русской музыки Даргомыжский (чье творчество, надо сказать, оказало на Мусоргского огромное влияние), познакомившись с фрагментами «Женитьбы».
Все товарищи расценивали «Женитьбу» как новое яркое проявление комедийного таланта Мусоргского и его умение создавать интересные музыкальные характеристики. Но при всем том было ясно, что «Женитьба» — не более чем увлекательный; эксперимент, что не по этому пути должно пойти развитие настоящей оперы. Надо воздать должное Мусоргскому: он сам первым осознал это и не стал продолжать сочинение.
Посещая Людмилу Ивановну Шестакову — сестру Глинки, Мусоргский познакомился у нее с Владимиром Васильевичем Никольским. Это был филолог, литературовед, специалист по истории русской литературы. Он и обратил внимание Мусоргского на трагедию «Борис Годунов». Никольский высказал мысль, что эта трагедия могла бы стать замечательным материалом для оперного либретто. Эти слова заставили Мусоргского глубоко задуматься. Он погрузился в чтение «Бориса Годунова». Композитор почувствовал: опера, созданная на основе «Бориса Годунова», может стать удивительно многогранным произведением.
«Никто так, как Мусоргский, не культивировал в музыкальном театре исключительно национальный, русский эпос. В глубинах панславянского языка он сумел найти созвучность страданиям и радостям каждого человека, которые выразил совершенными и всегда современными средствами», — говорил о Мусоргском Густаво Маркези.
«Борис Годунов.» Мусоргского, написанный по одноименной драме Пушкина (а также под большим влиянием трактовки этого сюжета Карамзиным), — одно из лучших произведений мирового музыкального театра. Его музыкальный язык и драматургия принадлежат уже к новому жанру, который формировался в XIX веке в самых разных странах — к жанру музыкальной драмы. Все композиторы, обратившиеся к этому жанру, стремились порвать с рутиной тогдашнего оперного театра и раскрыть драматическое действие специфически музыкальными средствами. Обе авторские редакции «Бориса Годунова» (1869 и 1874 годов), хоть и значительно отличаются друг от друга по драматургии, являются по сути дела двумя равноценными авторскими решениями одной и той же трагической коллизии. Особенно новаторской для своего времени оказалась первая редакция (которая из-за этого и не ставилась на сцене вплоть до — середины XX века). Она сильно отличалась от господствовавших во времена Мусоргского романтических стереотипов оперного представления. Именно этим объясняется первоначальная резкая критика «Бориса», увидевшая в новациях драматургии «неудачное либретто», а в музыке «многие шероховатости и промахи».
Действие пушкинской трагедии «Борис Годунов» происходит в «смутное время» начала XVII века — одну из переломных эпох в истории русского народа. Фабула пьесы, позволяла провести смелые параллели с новейшими временами. Поэтому, когда друг Мусоргского, видный историк профессор В. В. Никольский подал композитору мысль обратить внимание на драму А. С. Пушкина, тот воспринял эту идею с энтузиазмом.
«Я разумею народ как великую личность, одушевленную единой идеей, — писал он, предвкушая возможность претворить в жизнь актуальную тему взаимоотношения царя и народа. Это моя задача. Я попытался решить ее в опере».