Итак, сейчас этот собор состоит из одиннадцати церквей, девять из которых построены первоначально. Вокруг центральной, самой высокой (67 м), освященной во имя праздника Покрова Богородицы, возвели восемь меньших; из них четыре стоят примерно по сторонам света: с севера – великомучеников Киприана и Иустины, с востока – Троицкая, с юга – Николая Чудотворца Великорецкого и с запада – Входоиерусалимская; между ними находятся четыре еще меньше: с северо-востока – во имя трех константинопольских патриархов (Александра, Иоанна и Павла Нового), с юго-востока – преподобного Александра Свирского, с юго-запада – преподобного Варлаама и с северо-запада – епископа Армении Григория. Выбор святых и праздников для освящения церковных престолов был, как отметил летописец, не случаен: «ставлены на возвещение чюдес Божиих о Казанском взятье, в которые дни Божиа помочь и победа была православному царю над бусурманы». Три константинопольских патриарха и преподобный Александр Свирский празднуются в тот день, когда одержали важную победу на Арском поле: «Того же месяца августа в 30 день, на память святых Александра и Ивана и Павла Новаго и память преподобнаго Александра Свирскаго чюдотворца, царь государь посла воевод своих на Арское поле, против князей Арских, Епанчи князя, Еуша князя и иных; бяше бо выезжаху по вся дни полки на Арское поле, хотяше бо коим ухищрением пробитися во град. И воеводы ходили великаго князя, князь Александр Борисовичь Горбатаго да князь Семен Ивановичь Микулинской и иные воеводы великаго князя, и полки многие с ними; Казанскихь людей побили многих и языков, Татар, и Черемисы, и Чюваши, привели 740 языков».
Память Киприана и Иустины приходится на день окончательного взятия города, армянского епископа Григория – на день взятия Арской башни Казанской крепости.
Не все посвящения придельных храмов Покровского собора выяснены, исследователи придерживаются разных мнений. Предположения различаются в зависимости от знаний авторов, их изобретательности, умения найти наиболее подходящее объяснение, но часто, к сожалению, не на фактах. Так, к примеру, посвящение основного престола празднику Покрова Богородицы (1 октября) связывается с победой над Казанским ханством, датируемой 2 октября, хотя было бы правильнее его соотносить вообще с покровительством Богоматери Московскому царству; Троицкий придел связывается с почитанием Троице-Сергиева монастыря, хотя он, конечно, был «унаследован» от предыдущей церкви, стоявшей здесь до постройки Покровского собора; Входоиерусалимская церковь – с торжественным въездом Ивана IV в Москву. Но с этим же событием связывают и посвящение юго-западной церкви Варлааму Хутынскому, хотя этот святой празднуется 6 ноября, а царь въехал в столицу 29 октября, и, скорее всего, церковь носит такое название потому, что отец Ивана перед кончиной постригся под именем Варлаама, хотя у него никакой связи со взятием Казани не просматривается (за исключением нескольких военных неудач). Об освящении южного придела в память Николы Великорецкого туманно сообщается, что оно тоже связано с казанскими событиями, хотя дни памяти этого святого – 9 мая и 6 декабря – не имеют какого-либо значения для военного похода.
Интересные мысли о посвящении приделов Покровского собора высказал американский исследователь Майкл Флайер, который не без основания считал, что приделы собора можно разделить на три группы по трем осям, перпендикулярным Кремлевской стене. По левой (от Кремля), северной оси находятся придельные церкви Григория Армянского, Киприана и Иустины и трех патриархов. Все они напрямую связываются с военными победами Казанского похода: большой храм Киприана и Иустины – в память штурма Казани 2 октября, меньшие – Григория и трех патриархов – в память взятия Арской башни 30 сентября и победы на Арском поле 30 августа. Правая, южная ось состоит из церквей, освященных в память русских святых – Варлаама Хутынского, Николы Великорецкого и Александра Свирского – и связанных с заступничеством русских святых и молением о продлении рода. Александр Свирский и Варлаам Хутынский были новгородскими святыми, где митрополит Макарий занимал архиепископскую кафедру: для него было естественным освятить престолы в Москве в их память.