Центральная ось собора представляет собой модель церкви. С запада расположен вход – это придел Входа в Иерусалим, в центре – Покровский придел – это собственно церковь, а с востока – Троицкий придел – священный алтарь. Посвящения храмов по центральной оси представляют собой основные религиозные события. Первый символизирует вход в священный город Иерусалим, как это представлялось русским. Именно к нему направлялся крестный ход из Кремля в Вербное воскресенье. Основная церковь – Покровская – знаменует один из самых главных праздников Русской православной церкви, корни которого идут еще из Византии Х столетия: в видении Богородицы юродивому Андрею она накрыла всех молившихся в церкви покровом (покрывалом), и тогда византийцы отразили нападение сарацин на город. Посвящение центрального столпа празднику Покрова Богородицы представляется как нечто более важное, чем воспоминание о приготовлении к штурму, что само по себе не такое уж и важное событие. Посвящение было обусловлено тем, что этот праздник означает покровительство Богоматери вообще над Русской землей по понятиям того времени. Последний храм на этой линии – Троицкий – находится на обычном месте алтаря, на востоке.
Поставленный не в царской резиденции (где, конечно, можно было найти свободное место), а на посаде, на главной торговой площади – московском форуме, новый храм, как предполагают некоторые, не только олицетворял собой победу, одержанную Иваном IV, но и выражал опору, которую царь Иван хотел найти не в боярской аристократии, а в широких массах.
Новопостроенный собор всегда именовался по основной церкви Покровским, но вот что любопытно – во многих сочинениях иностранных путешественников он неизменно называется Иерусалимским, но никогда так – в русских. Посол императора Рудольфа II Николай Варкоч, видевший Москву в 1593 г., написал, что «перед Кремлем находится красивая московитская церковь, превосходное здание, и называется Иерусалимом». В «Известии о путешествии герцога Ганса Младшего Датского» говорится, что «перед замком (то есть Кремлем. –
Можно предположить, что на недоуменные вопросы иностранцев о символике невиданного сооружения, так разительно отличавшегося от других русских церквей, их московские сопровождающие отвечали, что собор является символом «небесного града», зримым образом Иерусалима. Возведение такого рода сооружений было призвано, по мнению московских властей, упрочить престиж и государства, и церкви.
В 1917 г. настоятелем Покровского собора служил протоиерей Иван Иванович Восторгов, миссионер и проповедник, тесно связанный с Григорием Распутиным, известный противник наступающей революции в России. Он считал себя обязанным бороться с узурпаторами законной власти и создал при храме военную организацию, убеждал патриарха Тихона организовать церковный мятеж и выступал в соборе с проповедями, в которых обличал большевиков. Результат не замедлил последовать – 2 июня 1918 г. он был арестован и расстрелян.
В советское время храм выжил и не был разрушен. Это можно объяснить необычностью его образа и тем, что он был уж очень широко известен и для всего мира являлся своеобразным символом России. Правда, рассказывали о намерении главного московского партийного деятеля Кагановича его снести, как и о протесте незабвенного спасателя русской культуры от современных варваров Петра Дмитриевича Барановского, обещавшего приковать себя к ограде собора, если его будут взрывать. Конечно, это вряд ли остановило бы коммунистов, но характерно появление подобных рассказов. Как свидетельствовал сам Барановский, ему в Моссовете официально предлагали начать обмеры собора в связи с намечающимся сносом… Через несколько дней его арестовали, но собор устоял.
С 1923 г. собор был преобразован в музей – филиал Исторического. В продолжение XIX и XX вв. собор неоднократно реставрировался, а в советское время были проведены большие работы по его исследованию.