Так случилось, что построенное трудами и заботами городского головы, много сделавшего для Москвы, Николая Александровича Алексеева здание городской думы стало для него последним прибежищем в земной жизни. Газета «Московские ведомости» сообщила, что 9 марта 1893 г. «в 10 часов утра, по своему обыкновению, Николай Александрович приехал в Думу, где должно было состояться заседание для выбора кандидатов на должность городского головы. Собиралось уже духовенство на молебен пред началом заседания и для привода гласных к присяге. В Думе находились все служащие и ожидавшие городского голову просители. Из них Николай Александрович принял некоторых и, провожая бывшую между ними даму, вышел в коридор, где его ожидал еще один неизвестный проситель, бедно одетый, в старом пиджаке. Пригласив его следовать за собой, Николай Александрович вернулся из коридора в приемную… Остановившись недалеко от дверей, Николай Александрович спросил вошедшего просителя, который в одной руке держал какую-то бумагу: „Что вам угодно?“ „А вот что“, – ответил тот, и тотчас же затем последовал выстрел. Николай Александрович вскрикнул и схватился за косяк двери. Стоявший у дверей сторож бросился к преступнику и схватил его сзади за руки. В это время последовал второй выстрел. Но вторая пуля миновала свою жертву и пробила дверь в кабинете на вышине человеческого роста. Николай Александрович, делая усилия сдержать стоны, вошел в кабинет и опустился в кресло».
Перевезти его домой не было никакой возможности, и Алексеева положили в кабинете. Тяжело раненный, он находил в себе силы шутить с окружавшими его друзьями и сослуживцами и только беспокоился, как будет переживать его жена, когда же она приехала в здание думы, то, по словам очевидцев, «произошла потрясающая сцена».
У думского крыльца до глубокой ночи толпился народ. Были некоторые признаки улучшения, вносили Иверскую икону, раненого лечили лучшие московские эскулапы, делали операцию, но уже ничем не могли помочь. К ночи его состояние начало ухудшаться, и 11 марта 1893 г. в половине четвертого утра после страшной агонии при полном сознании Н.А. Алексеев скончался. Ему шел 41-й год…
Он понимал, что умирает, и говорил: «Я умираю, но счастлив, что со мною случилось это на службе и что я верен данной присяге служить до последней возможности». В некрологе говорилось: «Не стало одного из энергичнейших деятелей по городскому благоустройству, сделавшему столь многое для горячо любимой им Москвы, в которой он родился и вырос и достойным гражданином которой был в течение всей своей жизни… Мир праху твоему, добрый христианин и честный гражданин-москвич!»
Убийца был сумасшедшим, а Алексеев так хлопотал о строительстве больницы для душевнобольных, – вот горькая ирония судьбы…
Отпевали Н.А. Алексеева в храме Христа Спасителя, а хоронили, как вспоминал писатель А.В. Амфитеатров, «с почестями, какие редко выпадают на долю общественных деятелей не только у нас, в России, но и за границей. Таких похорон Москва не видела после того печального торжества, когда она всенародно переносила на Рязанский вокзал прах безвременно погибшего Скобелева. Говорят, будто толпа похоронной процессии достигала до двухсот тысяч человек. Речей на могиле не было произнесено. Да и что было говорить? У этой могилы надо было не разглагольствовать, а просто махнуть рукой на жестокий каприз судьбы и молча отойти с обидой и горем в оскорбленной душе. Нужны были не слова, а слезы. И слез было много. Оплакивали Алексеева дружно и приятели его, и враги».
Могила его находилась на кладбище Новоспасского монастыря; она не сохранилась, так как кладбище уничтожили при советской власти. На здании, где скончался Н.А. Алексеев, давно уже надо было бы установить мемориальную доску.
Любые учреждения имеют тенденцию к бесконечному расширению, и им всегда не хватает помещений. Не была исключением и Московская дума. В 1912 г. обсуждали вопрос, что же делать: надо бы строить, но где? Увеличивать существующее было бессмысленно, да и думское здание уже прижилось в Москве и стало неотъемлемой частью городского пейзажа. Строить рядом тоже плохо, потому что появление на площади здания в 8–10 этажей (меньше не получалось) вызвало бы резкие протесты общественности и, в частности, влиятельного Московского археологического общества, пекущегося о защите исторического облика города. Решили строить либо на Цветном бульваре, либо на острове, на Винно-соляном дворе (там в советское время поставили Дом Правительства), однако началась война, потом революция, и все переменилось.