Однако всё время пребывания в эвакуации Прокофьев не забывал о Лине Ивановне и детях. Из Алма-Аты он посылал в Москву дефицитные сахар, варенье, мыло, а если случалось, то редкие даже в Алма-Ате рис и сушёные фрукты, переводил деньги (к концу войны регулярные переводы составляли пять тысяч рублей в месяц), отдавал Лине гонорары за получаемые от Комитета по делам искусств заказы. Так, 28 июля 1942 года в разгар немецкого наступления на юге России он посылает письмо главному бухгалтеру КДИ с настоятельным запросом о трёх тысячах рублей, которые комитет должен был выплатить остававшейся в Москве Лине Ивановне за кантату «Баллада о мальчике, оставшемся неизвестным», к работе над которой Прокофьев только приступал: «Прошу Вас сообщить мне в г. Алма-Ата по вышеуказанному адресу, выплатили ли Вы эту сумму Л. И. Прокофьевой полностью или за вычетом налогов, и, во 2-м случае, каковы размеры налогов. Мне нужна точная справка о размере уплачиваемого мною военного налога». Сам же композитор в казавшейся относительно благословенной Алма-Ате отнюдь не роскошествовал. Даже принимая в расчёт хорошие киногонорары. 3 ноября 1942 года он писал Лине Ивановне: «Цены… сейчас они здесь приблизились к московским, а иногда и обогнали их. В общем, не думай, что здесь Эльдорадо: никакая гимнастика не согнула так живот, как постоянные полухолодные макароны».
Начатая 16 августа и оконченная 15 октября кантата для драматического сопрано, драматического тенора, смешанного хора и симфонического оркестра на слова из публицистического стихотворения Павла Антокольского «Баллада о мальчике, оставшемся неизвестным», — может быть, не самая удачная в композиторском наследии Прокофьева, — с редкой достоверностью передаёт боль и отчаяние трагических лета и осени 1942 года, чувств, которые Прокофьев стремился не впускать в своё творчество. Построенная на принципиально немелодическом драматическом речитативе, она повествует о подвиге безымянного мальчика-партизана, ценой собственной жизни подорвавшего машину с эсэсовцами, истребительная деятельность которых на оккупированных территориях была уже широко известна. В качестве мобилизационной музыки Прокофьеву куда лучше удавались патриотические, победительные хоры. Но фронт летом и осенью 1942 года трещал по швам. Больше такой музыки о войне Прокофьев писать никогда не будет.
Как ни хотел Прокофьев с Мирой вернуться в Москву, по большому счёту, возвращаться ему было некуда. Дмитрий Рогаль-Левицкий, к которому Прокофьев в конце 1943 года обратился за помощью в восстановлении, как ему казалось, утраченной партитуры «Шута», вспоминал, что композитор и его спутница переезжали из гостиницы в гостиницу. Сначала они жили в просторном номере в гостинице «Москва» (ныне перестроенной), напротив Кремля и Манежа, потом композитор вынужден был переехать в «Метрополь» и, весной 1944 года, из «Метрополя» в «Савой» — в помещение, по впечатлению Рогаля-Левицкого, «очень жалкое и убогое, очевидно, для него не нашлось более приличного и поместительного номера вроде тех, какими он пользовался в «Москве» или «Метрополе».
Композитор в это время думал, что партитура «Шута» погибла под бомбардировками в Германии. В берлинской конторе РМИ — эти сведения он получил окольными путями (несмотря на то, что с Германией шла война, косвенная связь с РМИ, как это ни фантастично, сохранялась) — рукопись Прокофьева, как он сказал Рогалю-Левицкому, «искали и не нашли». Действительно, в декабре 1943 года советская авиация уничтожила здание берлинской конторы, а в январе 1944-го сгорела лейпцигская типография, печатавшая издания РМИ, однако благодаря усилиям руководителя немецкого отделения Фёдора Вебера, всю войну остававшегося в Германии, подвергшегося за свою деятельность аресту гестапо и отправленному на время в трудовые лагеря, кое-что удалось спасти. Полная партитура «Шута» уцелела тоже. Но Прокофьев этого ещё не знал.