Хотя Эйзенштейну было предложено создать эпос о царе-революционере, ведущем за собой, говоря языком Сталина, «прогрессивное войско опричников» — на борьбу со старой, традиционной Русью, в результате получилось повествование о деспоте-ниспровергателе, оказавшемся пленником собственного, тут же, на его глазах, воплощаемого замысла. Разве всякий художник не чувствует себя абсолютным властелином по отношению к собственному материалу? Разве, воплощая в материале свой замысел, он не оказывается — чем дальше, тем больше — пленником удачного воплощения, не ассоциируется впредь только с ним? Эйзенштейн снимал не столько фильм о предтече Сталина, не жалеющем никого и ничего «ради Русского царства великого», сколько о себе самом: революционере от кино, железной волей диктующем молодому искусству собственные законы — тот же «вертикальный монтаж» — и оказывающемуся их же пленником, вплоть до вытеснения потаённейших, интимнейших переживаний на мерцающий экран. А воплощённый революционный замысел оборачивается только разгулом кромешных сил, олицетворяемых опричниками, только сполохами алого адского пламени (единственный эпизод, снятый в цвете) на стенах Ивановых палат. Впору покаяться и ужаснуться. Мысли о том, как фильм следует снимать, возникли у Эйзенштейна именно с эпизода покаяния Ивана у фрески Страшного суда, который намечался, как мы уже говорили, для третьей, заключительной серии.
Помимо работы над музыкой к «Ивану Грозному» Прокофьев сразу по прибытии в Алма-Ату составил — по первоначальному проекту режиссёра Альберта Гендельштейна — окончательный план музыкального оформления фильма «Лермонтов». Работа над музыкой к «Лермонтову» была начата ещё в мае 1941 года. А 23 мая 1942-го Прокофьев сам отпечатал на пишущей машинке детальнейшие пожелания и метраж двадцати эпизодов фильма, к которым требовалось музыкальное оформление. В июле он сочинял недостающие куски и даже включил в «Лермонтова» полонез, впоследствии использованный в «Иване Грозном». Прокофьевым, впрочем, было сочинено только несколько номеров: остальную музыку дописал ученик Щербачёва Венедикт Пушков (автор советского хита 1930-х «Лейся, песня»).
Одновременно с завершением этого довоенного проекта Прокофьев написал музыку к трём военным кинокартинам мобилизационного характера: к «Тоне» Абрама Роома (к его довоенному «Строгому юноше», снятому по сценарию Юрия Олеши, музыку написал Гавриил Попов) — фильм этот на экраны не вышел; к «Партизанам в степях Украины» Игоря Савченко (по пьесе Александра Корнейчука) и к «Котовскому» Александра Файнциммера, с которым Прокофьев уже сотрудничал, создав в 1933 году музыку к его «Поручику Киже». Наиболее известен из трёх фильмов 1942 года именно «Котовский» — история о бессарабском Робин Гуде, в годы первой немецкой оккупации Украины (после позорных брест-литовских соглашений) и Гражданской войны ставшем крупным военачальником Красной армии. Наиболее интересна музыка к «Партизанам в степях Украины». Она создана на основе сюиты «1941 год» — ибо действие «Партизан» разворачивается именно летом — осенью 1941-го, — но не путём механического перенесения отдельных кусков из сюиты в фильм, а за счёт творческого расширения сюиты тремя украинскими хорами-эпиграфами к каждой из трёх частей-«песен» фильма и дополнительными симфоническими эпизодами, в том числе с использованием известной песни «Галя» («Їхали козаки»). В одном из написанных специально для фильма оркестровых кусков одновременно звучат и мелодия «Козаков», и тема из сюиты «1941 год». Музыка «Партизан» значительно интересней самого фильма, повествующего об ужасах оккупации — с предательством, массовыми расстрелами мирного населения, — но уж очень на официозный манер (кульминацией фильма оказывается речь Сталина 7 ноября 1941 года, которую партизаны слушают по радио). Однако для Прокофьева «Партизаны» имели личное измерение: родная Солнцевка оказалась под немцами. В музыке тема неизбежной «победы в борьбе», без изменений перенесённая из сюиты «1941 год», господствует даже во второй части эпизода «Могила», в котором руководитель партизан Часнык произносит речь над массовым захоронением, где лежит и его расстрелянная жена. А музыка в сцене сожжения партизанами хлебов достигает потрясающей контрапунктической — по отношению к визуальным образам — выразительности.