Старт был дан 3 декабря 1564 года, когда царь внезапно направился в село Коломенское под Москвой. Причём его отъезд не напоминал прежние, поскольку государь взял с собой иконы и кресты вместе с казною. Затем он проследовал в Александровскую слободу, прислав оттуда в адрес митрополита список, где указывались боярские измены и убытки, причинённые государству, начиная аж со времён его несовершеннолетия. Заметим, что царскую грамоту, а также обращение к купцам, мещанам доставили в столицу и огласили дьяки по фамилиям Поливанов, Михайлов и Васильев, а не кто-либо из литовско-украинских служивых. Спешно прибывшая в слободу столичная делегация пыталась урегулировать положение. В ответ Иван ІѴ требовал покарать виновных, имения их отобрать в пользу государства, учредив особый удел — опричнину. Кроме того, обвинил церковь и лично митрополита Афанасия в покрывании предателей. Как пояснял государь, его обиды и гнев ни в коей мере не касаются народа. Несомненно, это означало полный разрыв с прежним окружением. В Москве царь не пожелал находиться в Кремле и приказал выстроить дворец, куда переселился в самом начале 1567 года. Хотя в последующие годы он нечасто наезжал в столицу, предпочитая Александровскую слободу или поездки по стране.
Все эти события хорошо описаны в литературе: их традиционно квалифицируют как вероломство с изрядной долей умственного помешательства. Только в последние годы исследователи смогли осмыслить их иначе, не модернизируя средневековое сознание на современный лад. Это позволило понять, что у людей той эпохи действия Ивана ІѴ ассоциировались со Страшным судом. В контексте подобных представлений слово «опричники» означало не «кроме», как считалось ранее, а «избранные». Кстати, точно так переводили его иностранцы, рассказывавшие о Московии. Обратили внимание и на тот факт, что приказания о казнях давались царём главным образом во время пребывания в церкви. Ведь признание в грехах требуется не Всевышнему, которому и так всё известно, а самому грешнику. Да и сами казни в подавляющем большинстве через утопление или расчленение также не случайны: это отражало определённый религиозный смысл, связанный с исцеляющим свойством мук для грешников в преддверии Страшного суда, что малопонятно современному человеку. Даже возведение Опричного дворца велось в соответствии с видениями пророка Иезекииля о строительстве Божьего храма, изложенными в Ветхом Завете.
Эсхатологический гнев Ивана Грозного обратился не просто на боярскую аристократию, а в первую очередь на представителей литовско-украинского происхождения. Ведь те не прекращали плести интриги, поддерживая связи с командующим польскими войсками А. Полубенским. Были также перехвачены письма самого короля к видным боярам — выходцам из Литвы и с Украины — с предложением схватить царя в ходе поездки по прифронтовой полосе и доставить в Польшу. Это сильно потрясло Ивана Грозного, чью реакцию на подобное и без эсхатологической окраски понять несложно. Тем не менее литература нас уверяет, что основной опричный удар пришёлся по владимиро-суздальским родовым гнёздам. Однако, на наш взгляд, говорить о целенаправленном сокрушении указанного сегмента знати неправомерно. Зато вот в отношении литовско-украинского боярства, особенно на фоне его поведения на войне, такая оценка более справедлива и логична.
Романовский официоз предпочитал не углубляться в подобные детали, ограничиваясь общими рассуждениями о насилии против «своих», включая полонизированные кадры. Действительно, они тоже владели землями и вотчинами, раскинутыми по всей территории страны. При поверхностном взгляде кажется, что речь идёт об уже ассимилированных людях, попавших под репрессивный каток. Вместе с тем более внимательный просмотр данных о жертвах обнаруживает избирательность репрессий. Возьмём репрезентативную выборку синодиков опальных, опубликованную советским историком с дореволюционным стажем С. Б. Веселовским. Из неё следует, что около 30–40 процентов репрессированных — выходцы из Новгорода и Пскова. Из оставшихся почти половина, то есть ещё треть, — литовско-украинские выходцы и их слуги.
К примеру, Горенский (ветвь Оболенских), пойманный при бегстве в Литву и казнённый вместе с 50 приближёнными. Далее — Друцкой, Заряжский, Желнинский, Дубровский, Дашков из смоленской шляхты и т. д. Примерно такая же картина складывается по прочтении известной «Истории о великом князе Московском» А. Курбского. Автор перечисляет убиенных, которые по родословной зачастую оказывались из тех же краёв. Как некая польского происхождения Мария с пятью сыновьями, благородный Пётр Оболенский, Пётр Щентяев из князей литовских, братья Одоевские, Михаил Воротынский из рода Михаила Черниговского, разнообразные потомки Ягайло, каких-то австрийский князей. Немало родственников подобной публики отправлено в ссылку, причём в восточные районы страны, в Поволжье.