Церковной верхушке царь указывал на жалобы населения о том, что иерархи присвоили себе треть страны, развернули бурную торговлю, с людей любого звания берут «мыт» за проезд по монастырским землям и т. д. Интересно и другое: критика иосифлян шла и по линии веротерпимости к другим конфессиям, против чего настойчиво выступали последователи Иосифа Волоцкого. Пример здесь подавал непосредственно Иван Грозный. Как сообщают источники того времени, его нисколько не смущало присутствие в православной церкви приверженцев ислама. Выражавший недовольство подобной практикой митрополит Филипп был выгнан царём из храма. В другой раз на него наложили денежный штраф за какую-то обиду немецкому пастору, приехавшему в Москву и получившему разрешение посещать разные города.
Таким образом, опричнина задала тренд, определявший политическое лицо Московии вплоть до 1605 года, то есть до начала Смуты. И хотя репрессии после 1572 года спали, однако это не привело к восстановлению позиций литовско-украинского клана, остававшегося в подавленном состоянии весь этот исторический отрезок. После смерти Ивана Грозного в 1584 году на престол вступил его сын Фёдор Иоаннович, а главным субъектом власти была группировка, состоявшая из представителей коренных регионов страны. В ней выделялся Борис Годунов, чью родную сестру Ирину выбрал в жёны наследник. Конечно, такой расклад не сулил оттеснённым на вторые роли вельможам светлого будущего. Не случайно романовская историография изображает эти десятилетия в негативных тонах, а Фёдор Иоаннович не пользуется её симпатиями. Красноречива характеристика царя — ширококостный карлик с маленькой головой и огромным носом, а также ограниченными умственными способностями.
Тем не менее смерть Ивана Грозного побудила литовско-украинских мужей попытаться если не переломить, то улучшить ситуацию, прибегнув к испытанному способу. В 1586 году при дворе заговорили о бесплодии Ирины Годуновой, вспоминали Василия III, когда тот из-за той же причины развёлся с С. Сабуровой и вступил в брак с Е. Глинской, дабы трон не остался без наследников. И теперь целая группа во главе с Шуйскими и Милославскими собиралась бить челом царю о разводе. В новые жёны сватали не кого-нибудь, а одну из сестёр Милославских, чей отец погиб в опричнину. РГ. Скрынников отмечал, что названные деятели являлись лидерами польской партии в Москве. В случае же смерти бездетного Фёдора, что их вполне устраивало, они возлагали надежды на унию, то есть фактически на вхождение Московии по аналогии с Литвой в состав Польши.
Однако Борис Годунов нейтрализовал этот замысел: несосто-явшаяся невеста пострижена в монахини, а зачинщиков с Шуйскими выслали. Но младшие представители рода, остававшиеся на свободе, продолжали «семейное дело», выезжая под видом охоты к границе для сговоров с литовскими панами. Там рождались слухи о раздорах в семье царя, о его стычках с Годуновым, доходивших до поножовщины. Во всём этом обращает на себя внимание одно обстоятельство: пропольскую партию возглавили Шуйские. Мы сталкиваемся здесь с новой тактикой: после опричнины никто из откровенной пропольской публики не решался на лидерство, уступая первые роли кому-то из местных бояр. Это позволяло минимизировать риски, связанные с раздражительным восприятием тех, кто симпатизировал польским порядкам.
Второстепенные позиции литовско-украинского клана в элитах уточнялись и идеологически. Концепция Московии как центра «всея Руси» актуальности не теряла, но предназначалась, что особенно важно понимать, сугубо для внешнего потребления. Попытки использовать идеологему для внутренних целей, то есть для первенства во внутриполитических раскладах, пресекались. Подчеркнём одно обстоятельство: большинство тех, кто оказался у руля государства с конца 1560-х годов и далее, являлись опричными выдвиженцами, но главное, они не вели своё происхождение от разнообразных князей Киевской Руси или Литвы. Отсюда их совершенно иное восприятие общерусской «колыбели».
Отказываться от дополнительных территорий никто, конечно, не собирался. Сохранение же литовско-украинского элемента имело вполне определённый смысл. Представители этих родов, присутствовавшие в элитах нынешней Московии, как бы олицетворяли связь с западными территориями, подкрепляли справедливость претензий на обладание этими землями. Конечно, это далеко от главных ролей, но вполне достаточно, чтобы оставаться встроенными во власть. Поэтому в конце 1580-х годов даже инициаторы неудавшегося развода Фёдора Иоанновича и Ирины Годуновой были помилованы. По случаю рождения у царской четы дочери объявили амнистию, включая тех, «кои мятеж творили о безчадии благоверной царицы». Так, Шуйские с компанией были возвращены в столицу, в 1591 году именно Василий Шуйский будет расследовать в Угличе гибель царевича Дмитрия (младшего сына Ивана Грозного) — судьбоносную для российской истории.