Колокольный звон, отдавшийся гулким эхом в скалах, оповестил о начале праздника. Гардиан вынес на золотом подносе мощи святой Екатерины и с ними обошел вокруг церкви, что стоит во дворе монастыря. Церковь эта была возведена императором Юстинианом и в 1710 году перестроена дамасским зодчим. Она считается одной из самых красивых на Арабском Востоке. Пол ее вымощен мраморными плитами, иконы украшены драгоценными камнями. Мечеть, построенная около монастыря в 1405 году, фактически бездействует, ибо местные арабы особой религиозностью не отличаются.
Зеетцену оказали высокую честь, разрешив поцеловать мощи, затем настоятель благословил его костями правой руки святой Екатерины и освятил его перстень с печаткой. За все это Зеетцен, к великому своему неудовольствию, должен был расплатиться золотыми монетами. После окончания праздника мощи были вновь заключены в небольшую раку из белого мрамора и спрятаны в алтаре. Показали Зеетцену и изображение святой Екатерины, выполненное хорошим художником. При виде этого миниатюрного создания он вспомнил огромный след ее ножки на камне и еще раз усмехнулся про себя: "Ну чего только не придумает религия в доказательство своей истинности!"
У себя в келье Зеетцен обнаружил записку, сообщающую о том, что такого-то числа такого-то года монастырь посетили два француза. Совсем как в лучших европейских гостиницах! Наш путешественник решил не отставать от других и на прощание также оставил пространную запись о своем пребывании.
18 мая 1807 года Зеетцен прибыл в Каир. К началу века в жизни города, как и всего Египта, произошли большие изменения. После французов в Египте пытались обосноваться англичане, затем власть снова перешла к туркам. Однако умелая политика султанского наместника, а фактически полновластного хозяина Египта Мухаммеда Али позволила сохранить независимость страны. Сюзеренитет Османской империи теперь сводился лишь к получению дани. Пребывание европейцев не прошло без следа для экономического и культурного развития Египта. Мухаммед Али начал развивать промышленность, интересовался успехами наук. Капр застраивался по европейскому образцу.
Остановился Зеетцен в доме барона фон Россетти. Новости, прибывшие сюда с европейской почтой, чрезвычайно огорчили его. Только здесь он узнал, что его родина — княжество Ангальт-Цербстское в 1806 году было насильственно присоединено к основанному Наполеоном Голландскому королевству. Узнал о смерти любимого брата Петера Ульриха, последовавшей в январе 1807 года.
Однако времени для переживаний не было. Зеетцен предпринимает несколько поездок по Египту, и весьма успешных. Под видом египетского купца он посещает провинцию Эль-Файюм и вывозит оттуда множество ценных манускриптов. Он первым из европейцев обходит озеро Шарон [29]
— это кажется ему легкой прогулкой после Мертвого моря! — и открывает там неведомый европейцам остров, упоминавшийся в древности, а на юго-западе озера — остатки лабиринта непонятного происхождения, лишь много позже в нем признают храм, воздвигнутый фараоном Аменемхетом III в XIX веке до нашей эры. Он первым обнаруживает развалины главного города оазиса Файюм — Арсинои. У деревни Бенхирт (или Бегиг) видит никем еще не замеченный памятник, имеющий форму обелиска, и переписывает с него иероглифы, которые в 1820-е годы расшифрует археолог из Лейпцига Густав Зейферт. Наконец, он сам начинает раскопки некрополя на развалинах Мемфиса и находит множество черепов, так хорошо сохранившихся, что впоследствии по ним немецкие ученые смогут определить, к какому антропологическому типу принадлежало население древнего Египта.Находясь в Каире, Зеетцен значительно пополнил восточные коллекции Готы и Геттингена, предоставив богатейший материал для естествоиспытателей и лингвистов и заложив основы будущего музея Готы. Он торопился спасти для науки то, что истлевало, разрушалось, грозило исчезнуть совсем. 10 января 1808 года Зеетцен писал фон Цаху: "Число приобретенных мною в Каире манускриптов достигло уже 1162, а предметов древности — 1464. Египет чрезвычайно этим богат".
Два года Зеетцен провел в Каире. Не слишком ли большая передышка? Однако пребывание в тиши каирского дома не было для него отдыхом. Покой не для него. Собранных материалов оказалось гораздо больше, чем он думал. Времени на обработку не хватало; в том виде, в каком существовали его записи, они не имели никакой ценности. Надо было привести в порядок путевые дневники, написать письма, отправить несколько научных работ в "Ежемесячную корреспонденцию" Бернгардта фон Линденау, в венскую "Сокровищницу Востока" фон Хаммера и в "Опыты немецкой лингвистики" Иоганна Фатера. С 1809 года Многие из его писем и отчетов перепечатываются в парижских "Анналах путешествий" М. Мальт-Брюна, публиковавших "открытия, исторические мемуары о языках, нравах и искусстве народов, о климате, производстве и коммерции стран, о которых известно мало и плохо".