Престарелый царь прекрасно понимал, что не сможет внушить к себе любовь юной и красивой девушки. Поэтому, чтобы добиться расположения Марии, он стал осыпать ее дорогими подарками: ожерельями, браслетами, кольцами, всевозможными нарядами. Последние остатки царской казны перекочевали в терем царицы. Для молодой жены устраивались увеселительные загородные поездки, путешествия по монастырям, церковные празднества. Сам Василий существенно изменился: стал веселее, общительнее, щедрее. От прежней скупости и подозрительности не осталось и следа. По всем признакам царь был очень счастлив и обожал свою красавицу-жену. Вряд ли сначала роптала на свою судьбу и Мария. В царском тереме она чувствовала себя надежно защищенной и абсолютно ни в чем не нуждалась, в то время как страна вновь раздиралась на части.
Летом 1608 года к столице подошла большая армия второго самозванца и расположилась на лугу у Тушино. В итоге в стране образовалось двоевластие: часть территории сохраняла верность Василию, часть — перешла на сторону Лжедмитрия II. Наиболее тяжелым было положение Москвы, окруженной со всех сторон противником. Продовольствие поступало в город крайне нерегулярно, и многие люди начали голодать. У царя не было сил что-либо изменить. В этой критической ситуации В. И. Шуйский решил попросить помощи извне и отправил М. В. Скопина-Шуйского в Новгород для переговорах о военной помощи со шведским королем. Миссия оказалась успешной, и в начале 1609 года объединенное войско освободителей через северные земли двинулось к Москве. Но ждать его пришлось целый год.
Во время упорного противостояния царя Василия и Тушинского вора Мария родила дочь Анну. Она была очень счастлива, что стала матерью. Однако ребенок оказался очень слабеньким и вскоре умер. Та же участь постигла и вторую дочь, Анастасию, родившуюся через год. Больше детей в царской семье не было, а значит, и надежд на основание династии. Как видим, Марии не удалось обрести полного семейного счастья. В чем была причина ранней смерти ее дочерей, неизвестно. Может быть, они были слабы от природы, поскольку их отец находился в преклонном возрасте, а может, они стали жертвами инфекционных заболеваний, распространенных в осажденной и голодающей Москве.
Обстановка в городе в 1609 году была очень тяжелой. Продовольствия катастрофически не хватало, чтобы отогнать Тушинского вора, не было войска, москвичи были готовы в любой момент поднять восстание извергнуть «полуцаря» Шуйского. Мария все это прекрасно знала и пребывала в состоянии тревоги и беспокойства. Царь Василий осознавал опасность своего положения и старался держать кремлевские ворота на запоре. Но они были не слишком хорошей защитой в условиях массового предательства и измен.
17 февраля стража донесла, что на Лобном месте собирается огромная толпа москвичей. Предводителями выступали князь Гагарин и дворяне Г. Сунбулов и Т. Грязной. Они требовали, чтобы патриарх Гермоген и старшие бояре вышли к ним и объяснили сложившуюся ситуацию. Гермоген не захотел вступать в переговоры со смутьянами, тогда те ворвались в Кремль и силой вытащили святого старца на площадь. Разгоряченные своими «подвигами», они кричали, что царя Василия необходимо ссадить с престола, поскольку он воцарился с помощью своих потаковников незаконно, не спросив согласия всей земли, т. е. жителей всех городов. Наиболее смелые даже утверждали что Шуйский — совершенно недостойный человек: глупый, нечестивый, пьяница и блудник. Такая характеристика возмутила патриарха, и он твердо заявил, что Василия Ивановича избрали старшие бояре, что никогда он не был ни глупцом, ни пьяницей, ни блудником. Напротив, царь — исключительно благочестивый человек и примерный семьянин. Последнее могла подтвердить и Мария, поскольку супруг все еще питал к ней почти по-юношески пылкие чувства. Других женщин для него просто не существовало. Речь Гермогена поддержали сбежавшиеся на шум служители двора. Видя, что их акция проваливается, крамольники решили запугать самого царя. С криком и шумом они ринулись ко дворцу. Но царь Василий, опытный политик и достаточно смелый человек, отважно вышел на Красное крыльцо и гневной речью заставил смутьянов ретироваться. На этот раз мужество Шуйского спасло его и царицу. Возможно, силы ему придала ответственность за судьбу молодой женщины, полностью доверившейся ему. Восстание сошло на нет, а его участники, опасаясь наказания, бежали в Тушино.
Волнения среди дворян показали царю? что следует больше опираться на родственников жены. Поэтому боярами стали ее дядя В. И. Буйносов-Ростовский и князь В. И. Бахтеяров-Ростовский. Брат Иван, правда, так и остался в должности стольника — из-за молодости и отсутствия способностей к государственной деятельности. Поскольку Мария была царицей, то ее младшие сестры смогли достаточно выгодно выйти замуж. Пелагея стала женой князя А. Г. Долгорукого, Мария — князя и боярина И. М. Воротынского, считавшегося одним из ведущих полководцев.