Царица Мария в это время сидела в своем тереме ни жива ни мертва. Она слышала, как в покоях мужа происходит что-то нехорошее, но вмешаться не могла. Ей оставалось только горячо молиться и лить слезы. Вскоре она услышала, что и к ней ломятся какие-то люди. Служанки в страхе забились в угол. Первым вошел свояк Воротынский и громко сказал, что царь Василий свергнут с престола, поэтому и сама Мария больше не царица. Отныне ее жилищем станет боярский дом, следует быстро собраться и переехать туда, пока разгневанные москвичи не причинили ей зла и все не разграбили. В итоге Марии не позволили взять подаренные мужем царские сокровища и лишь с одной служанкой и самыми необходимыми вещами отвели на двор Шуйских. Там уже были не только Василий, но и его брат Дмитрий с женой Екатериной и неженатый младший брат Иван. Все со страхом стали ждать дальнейшей своей участи, вспоминая о жестокой расправе над Годуновыми.
Через два дня к Шуйским вновь вломились мятежные дворяне во главе с князем Тюфякиным. Они схватили Василия Ивановича и потащили в Чудов монастырь для пострижения. Бывший царь упорно сопротивлялся, зная, что навсегда лишится и престола, и любимой супруги. Но силы были не равны. С него сорвали мирское платье и напялили черные монашеские одежды. Поскольку во время пострижения Василий хранил гробовое молчание и не отвечал на обрядовые вопросы, то князь В. В. Тюфякин сделал это за него.
Узнав о том, что муж пострижен, Мария горько заплакала. Выбежав во двор, она громко запричитала, так, что многие ее услышали: «О свет мой прекрасный! Жизнь моя! Как оплачу тебя, что смогу теперь сделать для тебя? Самодержцем всей Русской земли ты был. Ныне де от рабов своих посрамлен и ничем уже не владеешь. Многие страны ты примирил, был славой и красотой мира сего. Где теперь злато, серебро и дани твои? Где честь бесчисленная и гордение бояр твоих? Уже не будет этого у тебя никогда! Всего этого ты лишен. Где багряницы брачные и ризы царские многоцветные? Вместо них рабами своими ты одет в черные ризы. О милый государь мой, великий княже! Как ты от рабов своих, от безумных москвичей, от света отречен и в монашеский образ облачен! Я теперь своего супруга и царя лишена и остаюсь сирой вдовой. За веселье и радость теперь плачу слезами и плачем. За утеху и покой — болезненное сетование и многие скорбные труды свалились на меня. Когда настигнет меня смерть, кто будет вспоминать обо мне? Все твое человеческое уходит в небытие и предается забвению вместе со мной».
Мария правильно поняла, что с пострижением супруга жизнь заканчивается и для нее. Впереди не будет ни веселья, ни радости, ни утех, ни развлечений. В совсем еще молодом возрасте ей предстояло навсегда отречься от мира и превратиться в монастырскую затворницу. Такой стала плата за два года жизни в царском дворце с мужем-стариком. На следующий день Марию отвели в Вознесенский монастырь и постригли под именем Елена. Как и Василий, она отказывалась давать обетные ответы, но совершавших обряд это не смутило. Пленница была полностью в их власти.
После свержения Шуйского бояре сформировали временное правительство, прозванное в народе «Семибоярщиной». Они решили, что выгоднее вступить в переговоры с коронным гетманом Жолкевским, чем с неизвестным бродягой Лжедмитрием II. В польский стан были отправлены послы, которые договорились о том, что новым царем будет избран польский королевич Владислав. Из противника гетман превратился в союзника и должен был отогнать самозванца от столицы. Зная переменчивый нрав москвичей, Жолкевский потребовал, чтобы бывший царь Василий-Варлаам был переведен в Иосифо-Волоколамский монастырь. Но и там его не оставили в покое. Осенью поляки схватили царя-монаха и вместе с братьями отправили в ставку Сигизмунда под Смоленск.
Марию-Елену бояре оградили от унижения и плена, помня о заслугах ее отца и уступая просьбам сестер. Монахиню отправили поначалу в Новодевичий монастырь, но ненадолго. Пока же Мария-Елена сама оказалась под боярским судом. Ее обвинили в растрате царской казны.
27 октября 1610 года члены временного боярского правительства начали осмотр царской казны и сверять с описью казначея наличие драгоценностей. Вскоре они обнаружили отсутствие двух пар золотых серег с драгоценными камнями. Это побудило бояр начать розыск. Выяснилось, что бывшая царица отдала своей матери Марфе Буйносовой и сестре Марии низанное жемчугом платье. Те спороли украшение и продали его. Кроме того, во время осады Москвы Лжедмитрием II бывшая царица отдала на хранение старой княгине Шуйской сундуки со столовым бельем и сорочками, а также маленький кипарисовый ящичек с крестами.