Летом того же 1612 года все суздальцы с радостью встречали полководца-освободителя Дмитрия Михайловича Пожарского. Перед решающим походом на Москву он заехал в Спасо-Евфимьев монастырь, чтобы помолиться у родительских могил. Заходил ли он к знатным пострижницам в Покровский монастырь, неизвестно. Для них его приезд был, несомненно, важным событием. Он вселял надежду на скорое избавление страны от польских интервентов, которые для Марии-Елены были главными врагами, пленившими ее бывшего мужа и многих других знатных русских людей из Смоленского посольства и захваченного Смоленска.
Монахиням полагалось думать только о божественном и не интересоваться мирскими делами, но происходившие в стране события не могли не касаться их. С радостью встретила Мария-Елена весть о том, что в конце октября ополченцы полностью очистили Кремль от поляков и их приспешников. Патриоты не желали возводить на престол иностранных принцев и королевичей. В начале 1613 года был созван Земский собор, который после долгих дебатов назвал имя нового царя — Михаила Федоровича Романова, приходившегося родственником последнему царю из династии московских князей Федору Ивановичу. Для Марии-Елены эта весть была особенно радостной и обнадеживающей, поскольку она была в родственных и дружеских отношениях с матерью Михаила Марфой (на ее рано умершей дочери Татьяне был женат князь И. М. Катырев-Ростовский, происходивший из одного с ней рода).
Действительно, после воцарения Михаила Федоровича великая государыня старица Марфа Ивановна вспомнила о своей подруге и позаботилась об улучшении ее жизни. Из Покровского монастыря бывшую царицу перевели в Новодевичий монастырь, находящийся у самой столицы. Для ее содержания из казны были выделены более значительные суммы, чем раньше. Это дало возможность Марии-Елене отстроить для себя просторную келью с несколькими служебными помещениями и увеличить штат прислуги. Новоселье отметили в 1615 году. На него были приглашены мать царя Марфа и сестры-монахини Пелагея и Мария, жены князей Долгорукова и Воротынского. Все привезли подарки. От царя Михаила Федоровича было прислано сорок соболей, из которых Мария-Елена сшила потом роскошную шубу.
Последние годы жизни бывшей царицы были относительно благополучными. Только летом 1618 года опять пришлось натерпеться страха, когда к столице двинулись полки королевича Владислава. Однако польскому претенденту на трон не удалось взять Москву, потерпел он поражение и под другими городами, в том числе и под Троице-Сергиевым монастырем. В итоге королевич был вынужден заключить перемирие и согласиться на размен пленных. Для царя Михаила самым главным было то, что домой возвращался его отец Филарет. О бывшем царе Василии, конечно, никто не вспомнил. Всем было не до него, не до переноса его праха. Это, конечно, очень огорчило Марию-Елену. Когда ситуация нормализовалась, она с удвоенной энергией стала просить свою благодетельницу великую государыню старицу Марфу Ивановну, чтобы та не забыла и позаботилась о бренных останках ее несчастного мужа. В 1626 году Мария-Елена скончалась. Она была еще достаточно молодой женщиной, но жизненные невзгоды окончательно подорвали ее здоровье. К тому же после царствования она не видела в монастырской жизни для себя ни смысла, ни перспективы.
Значительно более удачной оказалась жизнь ее младшей сестры Пелагии, жены князя А. Г. Долгорукова. Она дожила до 1646 года и имела нескольких детей. Старший сын Юрий стал видным боярином и полководцем в царствование Алексея Михайловича. Другая сестра, Мария, жена князя И. М. Воротынского, умерла в 1628 году. У нее также были дети, служившие при царском дворе. Наибольших высот удалось достигнуть ее правнуку Михаилу Ивановичу, ставшему ближним боярином царя Алексея Михайловича. Сравнение судеб сестер говорит о том, что участь цариц не всегда была самой счастливой. После недолгого взлета многих из них ожидали годы забвения в монастырских кельях.
Смерть Марии-Елены была зафиксирована в официальном Новом летописце. Во вкладной книге Новодевичьего монастыря было записано, что 24 ноября следовало отмечать память благоверной царицы и великой княгини Екатерины, во иноцех Елены, схимницы. Но ни о каких вкладах для ее поминания данных нет. В монастыре бывшая царица, видимо, окончательно отказалась от своего нареченного в замужестве имени Мария и вновь приняла крестильное имя Екатерина.
Следует отметить, что завет нашей героини через много лет после ее смерти был исполнен. В 1635 году, после подписания Поляновского мирного договора между Россией и Речью Посполитой, в Польшу был отправлен князь А. М. Львов. Его задачей был перенос тел Шуйских на родину. В июне прах царя Василия встречал царь Михаил. Новым местом захоронения стал Архангельский собор — царская усыпальница.