Вряд ли царица Мария была посвящена в заговор против полководца-освободителя. Но она сразу догадалась, чьих рук было убийство Скопина. Возможно, она решила, что для царя Василия без племянника будет спокойнее, а организатор смерти соперника, Дмитрий Иванович, сможет его заменить и возглавить войско. Действительно, уже летом Д. И. Шуйский был назначен главным военачальником. Предстояло сразиться с польским гетманом С. Жолкевским, отправленным королем Сигизмундом к Москве.
23 июня 1610 года у села Клушино состоялась решающая битва. Но вскоре оказалось, что Дмитрий Иванович и в подметки не годится племяннику. Он был совершенно бездарен как полководец и к тому же, как и царь, алчен и скуп. Вместо того чтобы заплатить жалованье шведским наемникам вперед и этим воодушевить их на битву, он решил выгадать — отдать плату после сражения, поскольку некоторые воины могли погибнуть. Скаредность царского брата стала всем ясна, поэтому шведы в разгар схватки покинули поле боя и направились прямиком к Новгороду, который потом захватили путем обмана. Оставшиеся русские воины пришли в смятение и побежали. В итоге обоз с деньгами и продовольствием достался полякам. Сам князь Дмитрий едва спасся и был настолько перепуган, что скакал без отдыха до самой Москвы.
Гибель Скопина и «клушинский разгром» имели самые тяжелые последствия для царя Василия и царицы Марии. Если раньше подданные относились к ним с прохладой, то после этих событий ненависть к правителям достигла высшего предела. Многие стали говорить, что не желают больше служить кровавому узурпатору Шуйскому, сгубившему единственного защитника Руси — молодого полководца Скопина. Душой заговора против царя стал рязанский воевода П. Ляпунов. Рассылая грамоты по городам, он призывал дворян скинуть ненавистного «шубника». Такое прозвище носили бояре Шуйские за то, что организовали в своем родовом городе Шуя производство шуб и другой меховой одежды.
Вскоре выяснилось, что не только собственные дворяне представляют для царя опасность. Клушинское поражение побудило Лжедмитрия II выступить в поход к Москве. Он взял сначала Боровский Пафнутьев монастырь, потом Николо-Угрешский и, наконец, достиг Коломенского. Не бездействовал и гетман Жолкевский. Ему удалось достичь Новодевичьего монастыря. Сражаться ни с тем, ни с другим было некому.
Крах надежд
Царица Мария чувствовала, что правлению ее мужа приходит конец. Бояре не являлись во дворец, отсиживаясь по домам. На площади перед Кремлем все время собирались толпы кричащих людей: «Не хотим царя Василия, не желаем, чтобы он властвовал нами, нет ему чести в государстве». От этих слов на глаза старого Василия Ивановича наворачивались слезы, и он с горечью говорил жене: «Что я им сделал? За что они так меня ненавидят? Ведь я смело боролся с двумя самозванцами, разоблачал их авантюры, защищал православие от их еретичества. Без меня русская церковь давно бы погибла и стала добычей римского папы». Мария, как могла, утешала супруга, но про себя думала, что слишком много врагов собралось около столицы и что царь бессилен в борьбе с ними. Будущее сулило катастрофу.
Только патриарх Гермоген пытался образумить разбушевавшихся москвичей. Он говорил им, что нельзя преступать крестное целование, что хотя Бог и наказывает Русь, но не до конца же он разорил страну. Можно вновь всем объединиться, собраться с силами и отогнать врагов. Однако мало кто его слушал. 17 июля вновь на Лобном месте собралась большая бушующая толпа. Во главе нее стояли рязанец Захарий Ляпунов, брат Прокопия, князья Засекины и другие. Они стали требовать, чтобы ворота Кремля открыли и им разрешили поговорить с боярами. Хотя царь просил не делать этого, князь И. М. Воротынский, его свояк, вышел к народу и поговорил с ним, а потом вместе со всеми отправился в царский дворец.
В. И. Шуйский попробовал было вновь своей отвагой остановить крамольников и вышел к ним навстречу. Но те не испугались и потребовали, чтобы он добровольно оставил царство. Справедливые слова восставших возмутили царя. Он схватился за нож и закричал: «Как смеете вы мне это говорить!» Но заговорщиков это не остановило. Они набросились на низкорослого старика и выволокли на улицу под улюлюканье толпы. Князья, правда, не позволили надругаться над свергнутым царем и под конвоем отвели его на старый боярский двор Шуйских.