Но главной надеждой царя Василия был все же М. В. Скопин-Шуйский, медленно, но верно продвигавшийся к Москве. Одну за другой он одерживал победы над отрядами Лжедмитрия II и очищал север страны от тушинцев. Вести о его победах заставляли крамольников держать рот на замке и не пытаться выступать против государя.
Из-за осады Москвы тушинцами Марии пришлось отказаться от всех развлечений. Выезжать за город было невозможно, празднества были явно неуместными, подарки из истощенной казны прекратились. Утешало только то, что брат и сестры были рядом и можно было их достаточно часто навещать. Вскоре выяснилось, что Мария, жена Воротынского, ждет ребенка и весной 1610 года должна родить. Царица ей по-хорошему позавидовала.
Летом 1609 года всем стало казаться, что долгожданное освобождение от осады близко. Скопин взял Торжок, Тверь, Калязин. Ф. И. Шереметев с Понизовой ратью держал под контролем Поволжье. Рязанский воевода П. П. Ляпунов очистил от «воров» Зарайск, Пронск, Михайлов. Крымские татары, заключившие союз с Василием, обещали напасть на Орел, Оскол и Ливны, находящиеся под контролем Лжедмитрия II. В самом Тушинском лагере царили «разброд и шатание». Однако осенью 1609 года к «царику» добавился еще один враг — польский король Сигизмунд III, недовольный дружескими связями Москвы со шведским королем Карлом IX, ярым противником Речи Посполитой. Он вторгся на русскую территорию и осадил Смоленск. Эти известия очень расстроили Марию. Теперь ей стало казаться, что бедам и напастям не будет конца. В своем положении царицы она обнаружила много отрицательных моментов, поскольку создавалось впечатление, что вокруг были одни враги, пытавшиеся любым путем отнять престол у нее и мужа. Окончательно убили царицу слухи о том, что даже князь-освободитель М. В. Скопин-Шуйский может быть соперником царю Василию. Шептуны утверждали, что молодой полководец столь популярен среди дворян, что только его они хотят видеть своим государем. Более того, рязанский воевода П. Ляпунов направил князю Михаилу грамоту, в которой прямо назвал его «истинным русским царем» и всячески поносил действующего правителя.
В разговорах с мужем Мария заметила, что ей кажется подозрительной медлительность Скопина. Вместо того чтобы снять осаду столицы и разгромить Тушинский лагерь, он зазимовал в Александровой слободе, обрекая москвичей на еще одну голодную и холодную зиму. На царя Василия слова жены подействовали, как красная тряпка на быка, он и сам постоянно возмущался медлительности племянника и без конца слал ему грамоты с просьбами поторопиться. Но тот на них никак не реагировал. Причина была не в тайных замыслах Скопина, а в том, что наемникам-шведам нужно было платить деньги, да и продовольствие приходилось добывать по дороге, в северных городах. В столице, как всем было известно, ни казны, ни еды не было. Разоренными были и ее окрестности. Ослепленный подозрениями Шуйский все это не хотел понимать. В его голове твердо засела мысль о том, что племянник представляет главную угрозу для его трона: не только Мария, но и другие родственники на это намекали. Особенно усердствовал брат Дмитрий, вновь возомнивший себя наследником царя.
Наконец 12 марта 1610 года войско М. В. Скопина-Шуйского торжественно въехало в Москву. Жители восторженно приветствовали своего освободителя. Царю Василию не оставалась ничего другого, как очень ласково принять племянника и осыпать всяческими милостями. Но все это было лишь притворством. В глубине души коварный монарх отчаянно завидовал молодому и удачливому полководцу и думал лишь о том, как бы его погубить. Такие же мысли зрели в голове его брата Дмитрия Ивановича. Оба ждали подходящего момента для исполнения своих замыслов.
Тем временем в Москве устраивались всевозможные празднества. Жители наслаждались свободой и чувствовали себя исключительно защищенными, пока в городе был князь Скопин со своими шведскими союзниками. В середине апреля князь И. М. Воротынский устроил пир по случаю крестин сына Алексея, недавно родившегося у сестры царицы. В числе гостей были самые знатные князья и бояре. Кумом стал М. В. Скопин-Шуйский, кумой — жена Д. И. Шуйского Екатерина. По обычаю, она должна была поднести князю Михаилу большую чашу с вином. Когда тот опустошил ее, то вдруг почувствовал себя плохо. Голову будто стянуло обручем, а в животе начался пожар. Не дождавшись конца празднества, Скопин отправился домой. Там он буквально упал на руки матери и жены. Изо рта и носа у него хлынула кровь, лицо побагровело. Все признаки говорили о том, что в чаше с вином была отрава, но доказать это было невозможно. Вызванные доктора-иностранцы ничем не могли помочь князю, испытывавшему страшные боли. Несколько дней его могучий организм боролся с ядом. Но 23 апреля наступил конец.