Разбирательство и допросы очень возмутили бывшую царицу. Своим судьям она заявила: «Мало ли кого муж мой и я жаловали? Разве можно все это отнимать? Расстрига был не лучше нас, да его дачи ни у кого не отнимают». После допроса слуг и ближних бояр Мария-Елена сказала, что была вынуждена продавать драгоценности из царской казны, потому что мужу нечем было платить шведским наемникам, служилым дворянам и дьякам. Всего она продала ценностей на 12 000 руб. Помогали ей в этом князь Семен Прозоровский, Иван Чепчугов и братья Измайловы. После этого прислужницы бывшей царицы принесли опись проданного и подаренного. На этом допросы закончились. Подследственной было позволено покинуть Москву и отправиться в Покровский монастырь в Суздале, где она смогла наконец-то обрести покой и оплакать свою несчастную судьбу.
На время молодая женщина была оставлена в покое, хотя ее беспокоила судьба мужа. Редкие гости рассказывали ей о том, что польский король пытался заставить Василия поклониться ему. Но бывший царь гордо сказал: «Не подобает московскому царю кланяться. Так уж судьба сложилась и Бог повелел, что оказался я в плену. Не вашими руками взят, а московскими изменниками, рабами отдан». Но мужественным Василий был совсем недолго, вскоре плен и униженное положение окончательно его сломили. Король приказал отвезти его с братьями в Варшаву и там иногда заставлял появляться на официальных приемах при иностранцах. Хотя монашескую одежду никто не заставлял его носить, более того, по приказу Сигизмунда бывшего царя одели достаточно красиво, но кланяться все же приходилось. Присутствующие отмечали, что В. И. Шуйский превратился в дряхлого старика с седой головой, длинной бородой и крючковатым носом. На всех он смотрел сурово, исподлобья и не произносил ни слова, видимо, с трудом перенося унижения. Окончательным местом заточения Шуйских стал Гостынский замок. Здесь они были полностью изолированы от внешнего мира и вели исключительно уединенный образ жизни. Василий запирался в своей комнате и никого не хотел видеть. Перед его глазами проходила жизнь, наполненная борьбой за престол. Особенно страдал он от того, что не смог сделать счастливой свою единственную страсть и любовь — Марию и из-за собственного непомерного честолюбия обрек на тоску и боль. Многие часы проводил заключенный в молитвах у образа Богоматери, которая своим печальным неземным ликом напоминала о загубленной им красавице Екатерине Буйносовой. 12 сентября 1612 года Василий Шуйский умер. Возможно, ему уже было известно, что планы короля Сигизмунда посадить на русский престол сына Владислава провалились. Ополченцы-патриоты отбили все атаки польских войск от Москвы и осадили в Кремле польский гарнизон вместе с «седмо-численными» боярами. В некотором отношении свергнутый царь мог чувствовать себя отомщенным.
Весть о смерти несчастного супруга, несомненно, повергла Марию-Елену в состояние грусти и печали. Она понимала, что вернуть былое величие все равно нельзя, но надеялась, что Василий Иванович когда-нибудь получит возможность вновь оказаться на родине. Ведь для русского человека не было ничего хуже, чем быть похороненным на чужбине. Особенно расстроило бывшую царицу то, что Шуйский был погребен на перепутье трех дорог, в далеком от православной церкви месте, и что на его могиле был установлен столб с позорной надписью: «Здесь покоится прах московского государя Василия. Полякам на похвалу, Московскому государству на укоризну». Поэтому она дала себе клятву при изменении ситуации в лучшую сторону добиться реабилитации супруга и возвращения в Россию его останков. Но до этого было очень далеко.
Монастырская затворница
В Покровском монастыре Мария-Елена вскоре подружилась с другой затворницей из царского рода — Александрой. Она была первой женой царевича Ивана Ивановича и в миру носила имя Евдокии Юрьевны Сабуровой. Бывшая царевна проживала в суздальской обители с 1575 года и давно уже относилась к жизни исключительно философски. Ведь на ее памяти были все события, связанные с борьбой за московский престол и Бориса Годунова, и двух Лжедмитриев, и Василия Шуйского, и короля Сигизмунда, и всех других менее значимых претендентов. Хотя монахини жили за каменными стенами и были изолированы от внешнего мира, им приходилось страдать от бесконечной междоусобной войны и иностранной интервенции. Во второй половине 1610 года Суздаль оказался во власти казачьего атамана Андрея Просовецкого, бывшего сподвижника Тушинского вора. Для него не существовало понятий законности и порядка, поэтому знатные монахи немало натерпелись страха в ожидании грабежей и насилия, но на этот раз Бог их помиловал. Атаман решил примкнуть к патриотическому движению Прокопия Ляпунова и вскоре покинул город. Лишь его сподвижники продолжали хозяйничать до начала 1612 года, пока Суздаль не был освобожден от казаков братом князя Дмитрия Пожарского Романом.